Projets et candidats lauréats

Contexte

Par rapport à la population générale, les personnes ayant une infection chronique par le virus de l’hépatite C (VHC) ont un risque plus élevé d’insulinorésistance (IR), qui augmente le risque de diabète, d’atteintes cardiovasculaires, de stéatose et de fibrose hépatique avancée. La coinfection par le VIH et les modes de vie peuvent modifier l’évolution des complications liées au VHC, même après la guérison du VHC. Ils peuvent également influencer le fonctionnement du système endocannabinoïde (SEC) dont le rôle est d’exercer l’homéostasie sur tous les autres systèmes, y compris le système métabolique. Deux études chez des personnes coinfectées par le VIH et le VHC ont montré que le cannabis est associé à une réduction de la mortalité liée au VHC, et à un risque réduit de stéatose hépatique et d’insulinorésistance, et ce, probablement en améliorant le fonctionnement du SEC. La coinfection VIH-VHC permet d’étudier de manière innovante l’influence des comportements pro- et anti-inflammatoires, de la guérison du VHC et du fonctionnement du SEC sur les troubles métaboliques. Dans ce contexte, l’évaluation du modèle d’homéostasie de la résistance à l’insuline (HOMA-IR) est un biomarqueur intéressant, non seulement prédictif de la résistance à l’insuline mais également des complications métaboliques et hépatiques.

Objectifs

L’objectif principal de ce projet est d’étudier la relation entre cannabinoïdes sériques et insulinorésistance (HOMA-IR) avant la guérison VHC, chez les participants coinfectés VIH-VHC de la cohorte ANRS CO13 HEPAVIH. Les objectifs secondaires sont : évaluer l’association entre cannabinoïdes sériques et fibrose hépatique (mesurée par le FIB-4) avant la guérison VHC ; mesurer l’effet de la guérison VHC sur les endocannabinoïdes, les marqueurs inflammatoires, l’HOMA-IR et le FIB-4 ; estimer l’association entre d’autres xénobiotiques sériques (alcool, cannabis et autres drogues) et HOMA-IR, FIB-4 et marqueurs inflammatoires ; évaluer la concordance entre usage auto-déclaré de substances psychoactives et biomarqueurs sérologiques de consommation ; explorer l’effet de l’âge et du sexe sur les cannabinoïdes sériques.

Méthodes

Nous proposons une étude cas-témoins emboitée dans la cohorte ANRS CO13 HEPAVIH, comparant les participants avec un HOMA-IR>2,77 et ceux avec un HOMA-IR≤2,77 dans les 36 mois avant la guérison du VHC. Une seconde mesure du HOMA-IR est également prévue chez les mêmes participants dans les 36 mois après la guérison du VHC pour répondre aux objectifs secondaires de l’étude.

Seront éligibles pour l’étude les participants guéris du VHC, ayant des données disponibles sur l’HOMA-IR, la consommation de substances et le sérum prélevé dans les 36 mois avant la guérison et dans les 36 mois après la guérison du VHC. Nous récupérerons également les données médicales enregistrées dans la cohorte, ainsi que les données déclarées par les participants via les auto-questionnaires. Les analyses de laboratoire évalueront les cannabinoïdes sériques et les marqueurs de consommation de substances en utilisant la chromatographie liquide avec détection par spectrométrie de masse en tandem.

Des modèles de régression logistique seront utilisés pour étudier la relation entre cannabinoïdes sériques et HOMA-IR ou fibrose hépatique après ajustement sur le sexe et l’âge. Afin de comprendre la séquence causale potentielle, nous effectuerons une analyse de médiation et une modélisation d’équations structurelles. Les modèles mixtes linéaires ou logistiques permettront d’étudier l’effet de la guérison VHC sur les cannabinoïdes sériques, les marqueurs inflammatoires, l’HOMA-IR et la fibrose hépatique, ainsi que les effets d’autres xénobiotiques sur l’HOMA-IR et la fibrose.

Résultats attendus

Cette recherche offre l’opportunité d’identifier de nouveaux marqueurs des complications métaboliques et hépatiques, basés sur le système endocannabinoïde chez les personnes coinfectées.

Notre étude propose également d’exploiter de façon originale et innovante le potentiel de la sérothèque de la cohorte ANRS CO13 HEPAVIH permettant d’améliorer la prise en charge des participants à l’époque de la guérison du VHC.

Contexte :

La protéine régulatrice Rev du VIH-1, est une protéine nucléocytoplasmique de liaison à l’ARN, essentielle à la réplication virale. Rev est responsable de l’export nucléaire des ARN viraux non ou partiellement épissés, qui codent pour les protéines structurelles et enzymatiques virales et constituent l’ARN génomique incorporé dans les nouvelles particules virales. Rev est importée dans le noyau par le facteur de transport nucléaire de la cellule hôte, Importin β (Impβ). L’interaction entre Rev et Impβ est directe, et son inhibition bloque l’importation nucléaire de Rev et la réplication virale. Malgré le rôle essentiel du complexe Impβ/Rev dans le cycle d’infection virale, la base moléculaire de cette interaction reste mal comprise.

Objectif :

L’objectif à long terme de ce projet est de comprendre, à l’échelle atomique, comment Rev est importée dans le noyau de la cellule hôte. Pour atteindre cet objectif, nous cherchons à obtenir une structure 3D à haute résolution du complexe Impβ/Rev par cryo-microscopie électronique (cryo-ME). Nos efforts pour obtenir cette structure, en utilisant des méthodes conventionnelles, se sont jusqu’à présent avérés infructueux en raison de la petite taille et de la pseudo-symétrie du complexe Impβ/Rev. Pour surmonter ces obstacles, nous proposons une approche innovante, basée sur l’expérience que nous avons développée au sein du laboratoire, qui consiste à fusionner génétiquement Impβ à une protéine modèle dimérique. L’objectif spécifique du contrat d’initiation est de démontrer la faisabilité de cette approche, en déterminant une structure cryo-ME initiale du complexe Impβ/Rev à une résolution subnanométrique (idéalement inférieure à 5 Å).

Approche méthodologique :

Les données préliminaires révèlent que la fusion de Impβ au domaine de dimérisation d’une petite protéine bactérienne, EsxA de S. aureus, permet la production d’un homodimère soluble de 219 kDa, (EsxA-Impβ)2, qui forme des particules de taille et de forme attendues en microscopie électronique (ME) à coloration négative. Nos résultats montrent que cette construction initiale présente un degré de flexibilité au niveau de la liaison qui relie les deux protéines, et nécessite d’être optimisée afin d’obtenir un ensemble de particules plus homogène pour l’analyse par cryo-ME. L’optimisation sera réalisée en criblant un ensemble de mutants de délétion dans lesquels les résidus de liaison flexibles seront supprimés un par un. Chaque construction sera systématiquement exprimée et purifiée pour être caractérisée biophysiquement et visualisée par ME à coloration négative. Les constructions qui permettront d’avoir un ensemble de particules uniformes  seront ensuite analysées par cryo-ME à l’aide de notre microscope Glacios interne à l’institut, et les structures 3D correspondantes seront déterminées par analyse de particules uniques.

Résultats attendus :

L’approche développée devrait permettre d’obtenir une reconstruction cryo-ME du complexe Impβ/Rev à une résolution subnanométrique. Du fait que les hélices α sont visibles à cette résolution, et que Impβ et Rev sont des protéines hélicoïdales, ces premiers résultats nous permettront de positionner sans ambiguïté les structures atomiques connues de Impβ et Rev dans la carte cryo-ME et d’obtenir un premier aperçu de la façon dont Impβ reconnaît Rev. Il est important de souligner que ces résultats nous permettront de demander l’accès à un microscope cryo-électronique plus puissant (Titan Krios ou équivalent), qui nous permettra de déterminer une structure à haute résolution (idéalement mieux que 3 Å) qui révélera le détail des interactions impliquées dans la reconnaissance de Rev par Impβ. À plus long terme (au-delà de la portée de la présente demande de financement), nous exploiterons ces résultats pour identifier et générer des mutants qui compromettent l’interaction de Impβ et Rev. Ces mutants seront ensuite testés in vitro par des essais d’interaction et in vivo par des essais d’importation nucléaire de Rev dans des cellules, afin de confirmer l’implication des interactions moléculaires, structuralement identifiées, dans l’import nucléaire de Rev.

Contexte : Les personnes originaires d’Afrique subsaharienne sont le deuxième groupe le plus touché par l’épidémie de VIH en France. Une partie des infections VIH survient en France, en lien avec la précarité et les difficultés structurelles rencontrées lors de l’installation. Ces difficultés sont partagées par les immigrés originaires des Caraïbes non françaises (essentiellement Haïtiens). De nombreux acteurs œuvrent pour faciliter l’accès aux services de santé et à l’information pour ces immigrés, toutefois l’intégration de pratiques de prévention ou de soins nécessite plus que le simple apport de connaissances ou des réponses médicalisées. Il apparaît nécessaire d’agir sur l’empowerment, afin d’apporter des ressources aux individus et aux communautés pour améliorer leur pouvoir d’agir dans le contexte complexe et nouveau du pays d’accueil. Des associations et des chercheurs mènent ensemble une recherche interventionnelle intitulée MAKASI : « Mobilisation des Afro-Karibéens pour l’Appui à la Santé et l’Installation ». Elle vise à renforcer l’empowerment en santé sexuelle des immigrés, afin qu’ils s’approprient et mettent en œuvre les moyens de prévention et de soins pour réduire leur exposition aux risques sexuels.

Objectifs : La phase pilote de cette recherche (AO 2017-1) a permis de construire une intervention d’empowerment qui consiste en un entretien individuel unique basé sur les principes de l’entretien motivationnel, articulé à une orientation active vers les services sociaux ou de santé adéquats, éventuellement avec accompagnement lorsque nécessaire. Notre hypothèse est que cette intervention va renforcer chez les immigrés quatre dimensions de l’empowerment en santé sexuelle : la capacité à exprimer leurs besoins, les compétences en santé sexuelle (connaissances, accès aux services), l’estime de soi (autonomie, santé mentale, capacité de négociation), la conscience de l’exposition au VIH et aux IST. La recherche proposée vise à mesurer l’efficacité de l’intervention sur ces quatre dimensions, ainsi que d’en réaliser une évaluation des processus et de l’efficience (coût-efficacité).

Méthodes : L’intervention est délivrée au sein des unités mobiles d’Afrique Avenir qui proposent sur des lieux de passage fréquentés par des populations africaines et caribéennes (marchés, gares…) une sensibilisation à la santé sexuelle. Elle est proposée à toute personne originaire d’Afrique subsaharienne ou des caraïbes non françaises et déclarant des situations sexuelles qui peuvent les exposer au VIH ou aux IST, des situations de précarité sociale ou des difficultés d’accès aux services de santé. L’évaluation mobilise une approche par les méthodes mixtes intégrées, avec un volet quantitatif d’évaluation d’impact et en parallèle une recherche qualitative sur les processus, afin d’établir l’attribution causale des effets de l’intervention. La mesure d’impact se fera par la comparaison d’indicateurs caractérisant les 4 dimensions de l’empowerment en santé sexuelle citées ci-dessus et d’indicateurs d’exposition aux risques sexuels, entre un bras où l’intervention est immédiate, et un bras où cette intervention est différée de 3 mois (bras contrôle) (n=600 par bras). L’évaluation qualitative des processus de l’intervention (pertinence et pérennité) sera basée sur une approche ethnographique de l’intervention et du parcours des participants. Une collecte des coûts permettra de mesurer l’efficience.

Perspectives : Ce projet permettra de montrer l’efficacité et l’efficience d’une intervention innovante pour une réduction de l’exposition aux risques en santé sexuelle chez les immigrés venant d’Afrique sub-saharienne et des Caraïbes, et mettra en évidence les conditions de sa reproduction ou de son extension. Il s’inscrit en articulation étroite avec l’initiative vers Paris sans Sida qui développe les dimensions collectives de l’empowerment via différentes approches dans les communautés concernées.

            Le virus de l’hépatite B (VHB) est un virus enveloppé à ADN circulaire partiellement double brin de 3.2 kb qui appartient à la famille des Hepadnaviridae. Les traitements disponibles sont fondés sur l’utilisation d’interféron alpha et d’analogues de nucleos(t)ides (aujourd’hui entecavir ou tenofovir). Ces agents thérapeutiques ont significativement amélioré la prise en charge des maladies hépatiques associées à l’infection chronique par le VHB. Cependant, aucun traitement ne permet encore l’élimination complète du virus par les cellules infectées. Le développement de nouveaux agents anti-VHB, ciblant différentes étapes du cycle viral, reste indispensable pour envisager l’élimination de l’antigène HBs (AgHBs), voire à terme la guérison de l’infection.

Les Cyps sont une famille de protéines chaperonnes présentes dans le règne animal et végétal. Chez l’homme, les 17 Cyps connues possèdent un domaine commun d’environ 109 acides aminés, appelé CLD (pour « Cyclophilin-Like Domain »). Les Cyps sont dotées d’une activité enzymatique peptidyl-prolyl cis-trans isomérase (PPIase) puisqu’elles catalysent, en amont d’un résidu amino-acidique proline, l’interconversion cis-trans de la conformation de la liaison peptidique. Un grand nombre de virus semblent dépendant des cyclophilines pour accomplir leur cycle de vie mais leur rôle précis dans l’infection par le VHB reste mal compris et pourrait être multifactoriel.

Les structures tridimensionnelles compactes des cyclophilines en font des cibles très complexes pour le « drug design ». Afin d’apporter de nouvelles solutions thérapeutiques et cognitives, nous avons utilisé une approche complexe de FBDD (pour « Fragment-Based Drug Design ») fondée sur la résonance magnétique nucléaire et la cristallographie au rayons X pour générer une nouvelle famille de petites molécules non peptidiques inhibitrices des cyclophilines (SMCypI). Ces nouvelles molécules, sans parenté chimique avec la CsA, sont dépourvues d’activité immunosuppressive et possèdent une efficacité antivirale à large spectre, comme nous l’avons récemment publié dans Nature Communications

Dans ce cadre, notre hypothèse est qu’à l’instar de nombreux virus, une ou plusieurs cyclophilines pourraient être impliquées dans le cycle de vie du VHB. Les cyclophilines représenteraient donc une cible potentielle d’intervention antivirale et nos SMCypI pourraient être utilisées pour comprendre les mécanismes impliqués tout en représentant de nouvelles molécules anti-VHB à fort potentiel thérapeutique.

Ce contrat d’initiation nous permettra d’apporter la preuve de concept de l’efficacité anti-VHB des SMCypI et d’envisager ainsi le développement thérapeutique de ces molécules

Le projet proposé garantit des retombés majeurs puisqu’il pourrait ouvrir la voie à la validation des cyclophilines comme nouvelle cible anti-VHB, permettre la mise en évidence de nouvelle molécules anti-VHB et aider à la compréhension du mécanisme d’action antiviral des différentes familles d’inhibiteurs de cyclophilines (dépendant et/ou indépendant de NTCP).

Les infections par les papillomavirus humains (VPH), l’herpès (HSV-2), le virus d’Epstein-Barr (EBV) et le VIH comptent parmi les infections virales humaines les plus répandues à travers le monde. Ces virus se transmettent pour la plupart par voie sexuelle et la majorité des femmes est infectée par les VPH très tôt, lors des premiers rapports sexuels. De plus, les femmes africaines sont à la fois les plus infectées par les VPH (24%), l’herpès (37%) ou le VIH. En France métropolitaine, les femmes immigrées africaines pourraient présenter une épidémiologie de l’infection à VPH similaire de celle rencontrée dans leur pays d’origine. Pourtant, il n’existe que très peu, ou pas de données sur l’épidémiologie de l’infection à VPH dans cette population vulnérable et à haut risque. Il devient dès lors nécessaire d’étudier l’épidémiologie de l’infection à VPH dans cette population ainsi que les potentiels facteurs de risque (virologiques, sociodémographiques) qui pourraient l’influencer. En effet, cela pourra apporter de nouvelles informations importantes pour la prise en charge des femmes immigrées d’origine africaine, notamment en adaptant les stratégies de prévention contre l’infection à VPH et le cancer du col de l’utérus à cette population clé. Nous nous proposons dans cette étude de dresser, dans une population de femmes immigrées originaires d’Afrique sub-Saharienne vivant en France métropolitaine, l’épidémiologie de l’infection à VPH et les potentiels facteurs de risques propre à cette population qui pourraient l’influencer. Dans un second temps, nous explorerons chez les femmes présentant des facteurs de risque élevé, des corrélations entre les signatures d’intégration viral du VPH et l’évolution clinique de l’infection.

Le virus de l’hépatite B reste l’un des agents infectieux des plus dévastateurs aujourd’hui, avec environ un tiers de la population mondiale qui a été infecté à un moment de leur vie, et 343 millions de personnes qui ont développé des infections chroniques. La prévention et les traitements disponibles aujourd’hui consistent en un vaccin, ainsi que des traitements, après l’infection, avec des antiviraux pendant plusieurs mois, voir années. La mauvaise acceptation du vaccin, ainsi que le grand nombre de personnes déjà infectées, rend le développement de nouvelles approches pour le traitement obligatoire.

Afin de contribuer à ce développement par l’intermédiaire d’une meilleure compréhension du fonctionnement du virus, nous visons ici à déterminer, sur le niveau moléculaire, la structure et les interactions des protéines d’enveloppe du virus de l’hépatite B, qui sont centrales dans l’infection. Ces protéines membranaires multi-domaines et complexes restent un défi pour la biologie structurale, en raison de leur expression et préparation homogène difficile, ainsi que leur plasticité et dynamique conformationelle. Nous allons utiliser l’expression acellulaire en extrait de germes de blé, que nous avons mis en œuvre au cours des dernières années dans notre laboratoire, pour produire les protéines en quantités de l’ordre du milligramme. Nous optimiserons la préparation d’échantillon à l’aide de différentes constructions, d’additifs et d’origines, y compris les protéines des virus humains et aviaires, ce dernier étant moins complexe. Nous allons adapter et utiliser des techniques de RMN des solides avancés permettant l’utilisation de petites quantités d’échantillon, ainsi que la RMN en solution à haut champ magnétique, pour évaluer la structure 3D, de la protéine S, ainsi que de la dynamique et des interactions avec des protéines partenaires de l’intrinsèquement désordonnées domaine preS. Nos conclusions devraient apporter des connaissances, à l’échelle atomique, de l’architecture et les interactions de ces protéines, sur lesquels des études fonctionnelles peuvent construire.

Ce projet est construit autour d’un partenariat de longue date entre Anja Böckmann (RMN et préparation de l’échantillon), Beat H. Meier (méthodologie RMN) et Ralf Bartenschlager (virologie) sur les aspects structurels de protéines virales. D’autres spécialistes des hépatites virales, Michael Nassal, Stephan Seitz, Stephan Urban et François-Loïc Cosset (virologie) rejoignent le projet, le dernier sur les aspects fonctionnels de VHB regardant le processus de fusion entraînant la libération du génome viral dans la cellule.

Les patients contrôleurs du VIH (cVIH) sont des patients rares, infectés par le VIH-1, et contrôlant spontanément la réplication virale sur le long terme sans traitement anti-rétroviral (TARV). Néanmoins, une proportion variable selon les cohortes de ces patients reçoivent au cours de leur suivi un TARV, et l’impact de ce traitement en terme d’évolution des paramètres immunovirologiques, d’activation immunitaire, de biomarqueurs plasmatiques est peu connu. Dans l’ensemble de la littérature, 151 patients ont été rapportés, avec des évolutions hétérogènes: si l’impact sur la réduction de la charge virale en ARN est indéniable, celui ci est moins certain pour l’ADN viral et pour les paramètres immunologiques (évolution des LT CD4 et ratio CD4/CD8). Très peu d’études ont analysé les biomarqueurs  d’activation / inflammation.

Une problématique importante dans la lecture des effets du TARV chez les cVIH est l’hétérogénéité des patients et de leurs définitions dans les différents articles publiés. L’effet du TARV est probablement différent selon que les patients sont traités pour des raisons virologiques (CV détectable à l’introduction du TARV) ou non (CV indétectable au TARV, mais présence de comorbidités, baisse des LT CD4, etc).

Dans le cadre de la cohorte ANRS CO21 CODEX, 99 patients ont été traités au cours de leur suivi en routine (hors protocolisation de traitement). La médiane de suivi sous TARV est de 5 [3-7] ans, alors que beaucoup d’études limitent leur analyse avant 24 mois de traitement. Il s’agit donc du plus grand nombre de patients cVIH traités avec le plus long recul. Le fait qu’ils aient tous été inclus dans la cohorte CODEX assure en outre leur homogénéité dans la définition (5 dernières CV ARN < 400 copies/mL sur > 5 ans de suivi de l’infection pour être inclus dans la cohorte).

Or, ces patients ne sont théoriquement plus prélevés dans le cadre de la cohorte une fois le traitement initié. Nous proposons donc dans ce projet un nouveau prélèvement chez ces 99 patients afin d’analyser les effets à long terme des TARV chez des cVIH. Notamment, la plupart de ces patients sont traités à CV détectable, mais certains ont toujours eu une CV indétectable avant TARV. Nos résultats préliminaires montrent que l’évolution des paramètres immunologiques (taux de LT CD4, ratio CD4/CD8, paramètres d’activation immunitaire (expression d’HLA-DR et CD38 sur les LT CD4 et CD8)) sont différents entre ces deux groupes.

Les objectifs de la recherche dans ce projet sont d’évaluer :

• l’évolution des lymphocytes T CD4, du ratio CD4/CD8
• la mesure d’ADN VIH cellulaire et d’ARN VIH en techniques ultrasensibles
• les paramètres immunologiques suivants : activation immunitaire (HLA-DR, CD38) sur les différentes populations lymphocytaires T CD4 et CD8; dysfonction immunitaire (expression des points de contrôle du système immunitaire (PCSI), PD-1, TIGIT, PD-L1) sur les lymphocytes T CD4 et T CD8 et les cellules myéloïdes
• les biomarqueurs plasmatiques d’inflammation (IP10, CD14 soluble en ELISA ; IFNalpha, IL6 en SIMOA)
• la capacité in vitro d’inhibition de la réplication virale, dans l’optique de voir s’ils diminuent sous TARV, selon la CV initiale du patient

• leur tolérance au traitement antirétroviral et de leur qualité de vie sous traitement

Cette étude permettra d’évaluer ces paramètres de manière longitudinale sur ces 99 patients avant et sous-traitement, ainsi que de les comparer au reste de la cohorte non traitée (suivi de la cohorte CODEX en cours). Egalement, cela pourrait alimenter les réflexions autour de l’indication et des paramètres à prendre en compte pour l’introduction du TARV chez les cVIH et son impact attendu, en fonction de la charge virale avant traitement.

Le virus de l’hépatite Delta (VHD) est un agent pathogène humain unique. Il a été découvert en 1977 par le Pr M. Rizzetto qui a mis en évidence un nouvel antigène « Delta » (HDAg) dans le sérum de patients italiens atteints d’une forme grave d’hépatite liée au virus de l’hépatite B (VHB). Le VHD est un virus défectif, nécessitant l’antigène de surface du VHB (AgHBs) pour son cycle viral.  La particule virale Delta, d’un diamètre d’environ 36 nm est constituée, d’une enveloppe portant l’AgHBs du VHB au sein de laquelle on retrouve une ribonucléoprotéine composée du génome ARN Delta associé à deux isoformes de la protéine VHD, la petite s-HDAg et la grande L-HDAg. Cet ARN, souvent comparé à celui des viroïdes, est un ARN simple brin circulaire négatif d’environ 1700 nucléotides qui possède une structure « pseudo double brins » avec près de 70% d’appariements interne. Au cours du cycle viral, des modifications de séquences du génome peuvent apparaitre en lien avec plusieurs facteurs, tels que l’ARN polymérase 2 de l’hôte (ARN-Pol2) nécessaire à sa réplication, l’adénosine désaminase humaine agissant sur l’ARN double brin (ADAR-1) générant en particulier une mutation en position 1012 du génome, la pression de sélection du système immun de l’hôte et d’éventuels évènements de recombinaison même s’ils ont été très peu décrits. Le génome du VHD se caractérise donc par une grande variabilité génétique pouvant atteindre 40% de sa séquence complète. Sur la base de la divergence de séquence nucléotidique établie par des analyses phylogénétiques, nous avons précédemment proposé la classification du genre VHD en 8 génotypes principaux (1 à 8) incluant plusieurs sous génotypes. Très récemment, plusieurs génomes pseudo-analogues du VHD humain ont été identifiés chez d’autres espèces (serpents ; amphibiens ; oiseaux) avec une similarité de séquence inférieure à 50% en comparaison avec le génome du VHD humain, relançant ainsi le débat sur l’origine du VHD et de ses génotypes. Quelques études menées ces dernières années ont essayé de dater l’histoire de la propagation et de l’évolution génétique du VHD en se restreignant uniquement au génotype 3, localisé dans le bassin amazonien. La date et l’origine géographique de la souche commune aux 8 génotypes et sous génotypes est donc toujours inconnue. Des travaux très préliminaires d’analyses phylogénétiques et d’horloge moléculaire associant 3 équipes (CHU Avicenne, CHU Mondor/Unité INSERM U955 et London School of Hygiene & Tropical Medicine) ont montré, à partir d’une base de données de 153 génomes complets datés, que le VHD pourrait avoir une origine très ancienne mais une diversification des génotypes beaucoup plus récente. Cependant les incertitudes de calculs liées à la complexité du génome delta et à sa variabilité ainsi qu’au manque de séquence pour certains génotypes nécessitent des travaux complémentaires bio-informatiques complexes et de séquençage de nouvelles souches. Ce projet a donc pour objectif de caractériser par séquençage NGS, le génome complet de 200 nouvelles souches de différents génotypes VHD à partir de la collection du CNR associé delta. Les génomes complets obtenus seront ajoutés à la banque de données actuelle en vue de conduire une série d’analyses phylogénétiques, phylogéographique et de datation moléculaire. La phylogénie des séquences virales sera reconstruite en vue d’inférer et de comprendre les grandes étapes de l’histoire évolutive du VHD, dans son ensemble et par génotype, utilisant des approches de maximum de vraisemblance ou d’inférence Bayesienne, bien établies dans le champs de la recherche en évolution moléculaire. Des outils statistiques permettant de détecter les recombinaisons génomiques et l’adaptation moléculaire seront aussi employés en vue de caractériser plus en détail la diversité génétique du virus. Le taux d’évolution du VHD, la datation de son origine ainsi que des grands évènements de diversification qu’il a subi au cours du temps seront estimés par datation moléculaire par inférence Bayesienne. Des analyses phylogéographiques permettrons de déterminer l’histoire migratoire du virus au cours du temps, depuis son origine jusqu’au présent.