DEBS-Plague : se préparer à la réémergence de la peste en France

Objectifs du projet DEBS-Plague

Le projet DEBS-Plague analyse les facteurs écologiques, évolutifs et moléculaires associés au risque de réémergence de Yersinia pestis sur le territoire français. Il repose sur un consortium interdisciplinaire associant histoire, archéologie, écologie, génomique, biologie expérimentale, modélisation et ingénierie.

La possibilité de la peste en France

La peste, causée par la bactérie Yersinia pestis, est une maladie mortelle des rongeurs qui se propage principalement par l’intermédiaire des puces et qui infecte occasionnellement les humains. La possibilité de réémergence de foyers de peste pérennes en France comme sur le reste du territoire européen pour des raisons naturelles ou anthropogéniques (dont le terrorisme ou un acte de guerre) est une préoccupation majeure.

Pour autant, les conditions favorisant une telle réémergence sont inconnues en Outre-mer (La Réunion et Mayotte) et vivement débattues pour le continent, soulignant une certaine ignorance des mécanismes environnementaux, écologiques et moléculaires régissant la dynamique de la peste. Ce constat appel à mener des investigations holistiques visant à produire des connaissances nouvelles.

Une équipe interdisciplinaire

Le projet de recherche DEBS-Plague s’appuie sur un consortium interdisciplinaire international regroupant pour la première fois historiens, archéologues, biologistes, pédologues, ingénieurs et mathématiciens, et dont certains sont des spécialistes français et européens de la peste.

Les historiens et les archéologues ont pour tâche d’identifier les régions françaises où la peste a régulièrement circulé afin de guider les autres acteurs du consortium dans l’identification des territoires à risque, au-delà des sites aisément identifiables à l’aide des informations contemporaines. Par ailleurs, les mammalogistes et entomologistes étudient aussi des sites de France métropolitaine et d’Outre-mer, déjà considérés comme à risque, afin de déterminer si ces sites hébergent des réservoirs animaux permettant de maintenir et propager Y. pestis.

Des investigations de terrain en France et à Madagascar s’intéressent au prélèvement des squelettes de rongeurs français du Moyen-Âge, des échantillons de sol, et des puces exclusivement françaises. Ces échantillons sont utilisés par trois équipes :

• par les archéo-généticiens afin d’obtenir les génomes d’anciens bacilles de peste chez les rongeurs,
• par les pédologues pour déterminer les profils abiotiques et biotiques des sols,
• et par les entomologistes pour identifier les puces et les élever afin d’étudier leur capacité à propager le bacille.

Les microbiologistes exploitent les données génétiques, pédologiques et des réservoirs animaux afin de déchiffrer, à l’aide des modèles puces et murins, les liens qui existent dans la dynamique de la peste entre la microévolution du bacille, les caractéristiques du sol et la diversité des réservoirs animaux. Ils comptent ainsi élucider les aspects moléculaires associés aux liens qui seront établis. Ce travail est rendu possible en partie grâce au développement, par les ingénieurs, de systèmes automatisés permettant d’obtenir des informations biologiques avec une vitesse et en quantité inégalée.

Enfin, les mathématiciens utilisent les données historiques, expérimentales ainsi que les investigations de terrain pour générer des modèles épidémiologiques holistiques prédictifs de réémergence de la peste en France.

Se préparer au risque d’une réémergence

Le projet DEBS-Plague doit ainsi aboutir à :

1. fournir aux autorités sanitaires la première carte et les premiers éléments de compréhension des écosystèmes français favorables ou non à l’implantation de Y. pestis aujourd’hui et demain,
2. élucider des mécanismes de virulence de Y. pestis que nos approches et modèles animaux actuels, qui ne reflètent pas la complexité de la vie, sont incapables d’identifier
3. et produire des dispositifs innovants pour étudier la dynamique de la peste et identifier les gènes Y. pestis requis pour sa transmission par les puces.

Dans un contexte de maladies infectieuses émergentes, de changement climatique et de risques biologiques, la réémergence de la peste constitue un enjeu sanitaire, écologique et socio-économique majeur. DEBS-Plague s’inscrit dans les objectifs de France 2030 en renforçant la préparation aux crises sanitaires, la caractérisation du risque peste en France et la structuration durable d’une recherche interdisciplinaire innovante développant des outils de surveillance, de modélisation et de contrôle transférables à d’autres zoonoses émergentes, dont la maladie X.

Un financement stratégique

Le projet DEBS-Plague compte parmi les onze lauréats de l’appel à projets 2023 du Programme et équipements de recherche prioritaires sur les maladies infectieuses émergentes (PEPR MIE).

En quoi consiste le PEPR MIE ?

Piloté et opéré par l’ANRS MIE, le PEPR MIE répond à la Mesure 2 de la Stratégie nationale d’accélération maladies infectieuses émergentes (MIE) et menaces nucléaires, radiologiques, biologiques et chimiques (MN).

Il s’est décliné en quatre appels à projets en 2023, 2024, 2025 et 2026. Chacun est orienté autour de trois volets : accélérer l’acquisition de connaissances fondamentales sur les maladies infectieuses émergentes ; promouvoir l’innovation et développer de nouveaux traitements, vaccins et autres outils de prévention, diagnostics et outils de surveillance pour les maladies infectieuses émergentes ; et permettre aux politiques publiques et à la société de faire face aux crises épidémiques.

Les appels à projets (AAP) du PEPR MIE visent des projets de recherche d’envergure, interdisciplinaires et multipartenaires pour une durée de 2 à 3 ans. Le budget total alloué par le plan France 2030 à ce dispositif est de 70 M€.