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Mycobacterium tuberculosis (Mtb) est la mycobactérie responsable de la tuberculose humaine qui demeure une des causes principales de mortalité avec 1,5 million de décès en 2020. Un quart de la population mondiale est infecté par Mtb et possède 5 à 10% de chance de développer une forme active de la maladie. De plus, l’émergence de souches de Mtb (multi)résistantes aux antibiotiques représente un problème majeur de santé publique. Dans ce contexte, il devient urgent d’améliorer notre compréhension des mécanismes nécessaires à la virulence de Mtb afin d’identifier les mécanismes pouvant être la cible de nouveaux agents antituberculeux.

Dans le cadre de ce projet, nous voulons décrypter le réseau d’interactions protéine-protéine (IPP) au sein d’un mécanisme essentiel à la pathogenèse mycobactérienne : le catabolisme du cholestérol. En effet, le cholestérol de l’hôte infecté représente une source de carbone et d’énergie essentielle à la croissance de Mtb et au développement de l’infection tuberculeuse. De plus, plusieurs études récentes ont permis de montrer que le métabolisme du cholestérol constitue une cible pharmacologique de choix pour le développement de nouveaux agents antituberculeux. Pour mener à bien ce projet, nous utiliserons une approche de biotinylation dépendante de la proximité (BioID). Cette approche permet de caractériser la formation de complexes protéiques directement dans l’organisme d’intérêt, ce qui permet de conserver l’organisation des structures subcellulaires, la présence des cofacteurs enzymatiques ou encore les modifications post-traductionnelles. Nous avons récemment mis en évidence que cette approche pouvait être utilisée chez Mycobacterium smegmatis, une souche de mycobactérie à croissance rapide et non pathogène, qui constitue un modèle de choix pour l’étude de la physiologie mycobactérienne. Nos résultats préliminaires ont mis en évidence l’interaction entre HsaC et HsaD, deux enzymes qui se succèdent dans le catabolisme du cholestérol, ce qui renforce la validité de notre approche en BioID. De plus, nous avons aussi réussi à montrer une interaction du catabolisme du cholestérol avec une autre voie métabolique : la dégradation des acides aminés branchés. C’est la première fois qu’une interconnexion est démontrée entre ces deux voies métaboliques. Enfin, nous avons pu isoler des IPP entre les protéines HsaC/HsaD et des protéines mycobactériennes de fonction inconnue.

Ce projet a pour but de poursuivre la caractérisation du catabolisme du cholestérol chez les mycobactéries. Par une approche reverse en BioID, nous déterminerons l’interactome des protéines impliquées dans la dégradation des acides aminés branchés afin de confirmer l’interconnexion de cette voie métabolique avec le catabolisme du cholestérol. Nous étendrons notre étude à d’autres enzymes (CYP125, CYP142 et FadD) impliquées dans le catabolisme du cholestérol. En parallèle, nous testerons en BioID une protéine de fonction inconnue qui a montré une interaction à la fois avec HsaC et HsaD. Un axe de développement de ce projet consistera à évaluer l’approche en BioID directement chez les mycobactéries pathogènes à croissance lente, telles que Mtb. Pour cela, nous établirons l’interactome des protéines HsaC/HsaD chez Mtb que nous comparerons à celui déjà établi chez M. smegmatis. Si nous parvenons à valider l’approche en BioID chez Mtb, cela représenterait un outil précieux pour la caractérisation des IPP afin d’améliorer notre compréhension des mécanismes de virulence développés par les mycobactéries pathogènes.

Les retombées attendues dans la cadre de ce projet sont multiples. La validation de l’approche en BioID constituera un outil innovant pour identifier de nouvelles cibles thérapeutiques, pour démontrer l’existence de complexes multi-protéiques interconnectés et pour faciliter l’annotation des protéines de fonction inconnue. Ce projet permettra aussi de faire émerger une nouvelle expertise au laboratoire dans la caractérisation fine des IPP, facilitant de futures collaborations et constituant ainsi une base solide pour répondre à de futurs appels d’offres.

Les populations de cellules dendritiques (DC) sont hétérogènes et jouent un double rôle en ce qui concerne le VIH-1: acteurs clés de l’établissement et de la propagation de l’infection par le VIH-1, les DC provoquent également des réponses immunitaires anti-virales innées et adaptatives. Récemment, le développement d’approches à haute dimension a permis l’identification de pré-DC, une nouvelle population de précurseurs circulants des DC. En dehors de leur rôle dans l’ontogenèse, les fonctions immunitaires des pré-DC restent à établir. Les pré-DC sont équipées d’une variété de récepteurs de type lectine, dont certains sont connus pour se lier au VIH-1. Le présent projet vise à définir précisément les altérations des fonctions pré-DC induites par le VIH-1 in vitro et chez les patients infectés en utilisant des approches à haute dimension.

Nos résultats montrent que les pré-DC sont la population de DC la plus sensible à l’infection par le VIH-1 et qu’elles permettent la dissémination du VIH-1 aux cellules T CD4 + in vitro. La capture du VIH-1 et l’infection des pré-DC sont dépendantes de Siglec-1 (CD169). Siglec-1 est un récepteur de type lectine qui est exprimé de façon unique par les pré-DC de manière constitutive. Lors de l’activation, les pré-DC deviennent résistantes à l’infection par le VIH-1. Elles deviennent alors capables de transférer le virus (sans être infectées) vers les lymphocytes T primaires activés. Ce mécanisme de transfert est également médié par Siglec-1. Fait important, le VIH-1 s’assemble à la membrane plasmique des cDC2 infectées de la même façon que dans les lymphocytes T. A l’inverse, les pré-DC infectées par le VIH-1 produisent et accumulent de nouveaux virions dans des compartiments internes en contact avec le milieu extracellulaire (similaires à ceux observés dans la macrophages).

Notre projet vise à comprendre la dynamique et les fonctions des pré-DC dans le contexte de l’infection par le VIH-1 in vivo et in vitro. L’objectif à long terme du projet est d’établir le rôle des pré-CD pendant l’infection par le VIH, de la population cellulaire jusqu’au niveau de la cellule unique, en étudiant leur pertinence dans la dissémination du VIH et la génération de la réponse immunitaire antivirale. Le projet s’articule autour de trois questions principales: i) Comment l’exposition au VIH-1 affecte-t-elle les fonctions immunitaires des pré-DC: détection virale, différenciation et capacité de migration? ii) Les pré-DC participent-elles à la physiopathologie de l’infection par le VIH-1? iii) Quels sont les déterminants moléculaires impliqués dans l’assemblage du VIH-1 dans les pré-DC?

En utilisant des approches à « haute dimension » réalisées en combinaison avec des méthodes phénotypiques et fonctionnelles, nous caractériserons les voies moléculaires induites par la détection et la réplication du VIH-1. Les effets du VIH-1 sur la différenciation des pré-DC et sur leur capacité de migration seront également évalués en utilisant des systèmes de culture établis. Nous déterminerons en outre si des pré-DC infectées sont présentes chez les patients infectés par le VIH-1. La dynamique et les fonctions des populations de DC seront évaluées dans différentes cohortes de patients infectés par le VIH-1. Enfin, nous utiliserons le modèle pré-DC / cDC2 pour identifier les acteurs moléculaires impliqués dans la formation et la régulation des compartiments contenant le virus.

Nos résultats concernant la susceptibilité pré-DC à l’infection par le VIH-1 et leur capacité à transmettre le virus aux cellules T CD4 + suggèrent un rôle potentiellement important des pré-DC dans la physiopathologie du VIH-1. Élargir nos connaissances concernant les pré-DC nouvellement définies pourrait également aider à la conception de nouvelles stratégies en immunothérapie.

Contexte, objectif principal. Les bithérapies antirétrovirales font l’objet d’un intérêt croissant pour l’optimisation et l’allégement du traitement ARV des PVVIH. Les bithérapies actuellement recommandées reposent sur le dolutégravir, un inhibiteur de l’intégrase (INI), ou sur les inhibiteurs de protéase (IPs) boostés. Les INIs peuvent poser des problèmes de tolérance, neuropsychiques mais également métaboliques (prise de poids, hypertension artérielle, dyslipidémie, diabète), de même que les IPs boostés, qui posent aussi des problèmes d’interactions médicamenteuses. La doravirine (DOR), inhibiteur non nucléosidique de la transcriptase inverse (INNTI), présente des caractéristiques virologiques et pharmacologiques intéressantes, qui pourraient en faire une molécule de choix en bithérapie, en association avec la lamivudine (3TC). Nous souhaitons donc évaluer l’efficacité virologique de la bithérapie DOR/3TC en traitement de maintenance.

Méthodologie. L’essai MODULO est un essai prospectif interventionnel, multicentrique, en ouvert, conçu pour évaluer la non-infériorité à S48 de la bithérapie DOR/3TC, en comparaison à la bithérapie dolutégravir/lamivudine (DTG/3TC), à maintenir le succès virologique (charge virale plasmatique [CVp] <50 copies/mL). Avant la randomisation dans l’un des deux bras de l’étude, les participants reçoivent une trithérapie ARV suppressive. Un suivi jusqu’à S96 est prévu. Au total, 370 participants devront être inclus (185 par bras).

Population de l’étude. Adultes infectés par le VIH-1, ayant à l’inclusion une CVp <50 copies depuis au moins 24 mois, sous trithérapie stable associant 2 INTIs + 1 INNTI ou 1 INI ou 1 IP boosté depuis au moins 12 mois, sans résistance à la doravirine, au dolutégravir ou à la lamivudine.

Critères de jugement. Le critère de jugement principal est la proportion de participants en échec virologique à S48 (survenue de deux CVp consécutives >50 copies/mL à 1-3 semaines d’intervalle). Les critères de jugement secondaires incluent le taux de succès virologique à S48 et S96, le taux d’arrêt de traitement pour des raisons non virologiques, les concentrations plasmatiques en ARV, l’évolution des paramètres immunologiques (CD4, ratio CD4/CD8) et métaboliques (poids, pression artérielle, glycémie, lipides) au cours du suivi, ainsi que l’évolution du réservoir viral (virémies résiduelles, ADN-VIH total). La satisfaction liée au traitement sera également évaluée. Une sous-étude sur le compartiment génital évaluera le contrôle de la réplication virale et les concentrations en ARV dans les sécrétions génitales. 

Enjeux de l’étude. L’essai MODULO a pour ambition de valider une alternative thérapeutique innovante pour les PVVIH en succès thérapeutique, dans une idée d’individualisation du traitement, en utilisant une combinaison antirétrovirale qui s’affranchit des principales limites des combinaisons aujourd’hui les plus utilisées.

Chlamydia trachomatis (Ct) est une bactérie intracellulaire obligatoire qui se développe principalement dans les cellules épithéliales. L'infection génitale à Ct, infection bactérienne sexuellement transmissible (IST) la plus courante en Europe, est particulièrement répandue chez les jeunes femmes et peut entraîner une stérilité tubaire et une grossesse extra-utérine. Les antibiotiques recommandés ne parviennent pas, chez certaines patientes, à éradiquer les formes "persistantes" de Ct. En outre, ils modifient profondément la flore naturelle du tractus génital, qui constitue une ligne de défense importante contre les infections par Ct et d'autres micro-organismes.

À la recherche de stratégies innovantes pour lutter contre les infections par Ct, nous avons décidé de cibler la capacité de Ct à détourner la machinerie épigénétique de l'hôte à leur avantage. Nous avons émis l'hypothèse que le blocage des modifications épigénétiques induites par Ct pourrait favoriser la défense de l'hôte contre l'infection et faciliter sa résolution par le système immunitaire. Un criblage de molécules ciblant les méthyltransférases agissant sur les histones ou l'ADN a permis d'identifier deux composés ayant une forte activité antimicrobienne contre Ct. Ces molécules n'affectent pas la croissance de trois autres bactéries testées, y compris des bactéries de la flore vaginale, ce qui indique qu'elles représentent des pistes prometteuses pour des traitements spécifiques contre Ct.

L'objectif du projet est d'étudier en profondeur les activités anti-Chlamydia de ces deux composés, A79 et C49, d'améliorer leur efficacité par optimisation chimique et de décrypter leur mode d'action.

Il associe une équipe experte en biologie de Chlamydia (équipe A) et une équipe experte en chimie médicinale de l'épigénétique (équipe B). Le projet nécessitera un va-et-vient continu entre les deux équipes, l'équipe B générant de nouveaux dérivés des composés, dont l'activité in vitro sera testée par l'équipe A jusqu'à l'obtention de composés optimisés qui seront finalement testés dans des modèles in vitro complexes et in vivo.

Ct suit un cycle de développement bi-phasique complexe et nous déterminerons quelle(s) étape(s) est (sont) affectée(s). Nous déterminerons si les molécules peuvent s'attaquer à la phase persistante de l'infection, soit en empêchant l'entrée ou le maintien des bactéries dans la persistance, soit en forçant leur sortie de la persistance. Grâce à des techniques de biologie chimique telles que la protéomique de profilage thermique, le pull-down chimique et la transcriptomique, nous révélerons la base mécaniste de l'activité anti-Ct des médicaments. Enfin, les composés biologiquement actifs optimisés seront testés dans des modèles cellulaires élaborés d'infection et dans des modèles murins d'infection à Ct. 

Ces travaux permettront de comprendre le mécanisme de la forte inhibition exercée par A79 et le C49 sur le développement de Ct in vitro. Ils permettront de déterminer si ces molécules peuvent s'attaquer aux formes persistantes de la bactérie et leur effet sur d'autres espèces de l'appareil génital féminin. La réalisation du projet permettra de déterminer si ces molécules, une fois optimisées, peuvent être développées en phase préclinique et en phase de développement de médicaments par le biais d'un partenariat industriel.

Le dépistage du cancer anal se base depuis 2024 sur la recherche d’HPV16 sur frottis anal suivie, en cas de positivité, d’une cytologie anale et d’un examen proctologique. La recherche unique d’HPV-16 pour ce dépistage pourrait engendrer un sous-diagnostic chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) : 31% des lésions cancéreuses anales chez les PVVIH étaient dues à la présence d’un HPV à haut-risque oncogène (HPVHR) autre que HPV16 (versus 13% en population générale) dans une méta-analyse de référence. Certaines lésions anales de haut grade (HSIL) pouvant régresser spontanément, la connaissance de la durée et des facteurs associés à la persistance des HSIL en fonction du type d’HPV-HR apparait primordiale, notamment les niveaux de méthylation des marqueurs cellulaires.

L’objectif principal est de déterminer chez des FVVIH de plus de 30 ans si la régression des lésions HSIL HPV-HR non HPV16 est supérieure à celles avec HPV16.

Méthodologie : Étude de cohorte, multicentrique.

Critères d’inclusion

• FVVIH de plus de 30 ans
• Sous ARV depuis plus de 6 mois

Critères d’exclusion

• Absence de traitement ARV
• Esperance de vie estimée par l’investigateur comme engagée
• Patiente sous tutelle ou curatelle
• Présence d’une symptomatologie anale ou gynécologique
• Dernier test HPV-HR anal négatif datant de moins de 5 ans
• Dernier test HPV-HR anal positif datant de moins d’1 an

Procédures diagnostique : 

Adaptation des recommandations de la Société Nationale Française de Colo-proctologie et du groupe d’experts de prise en charge des PVVIH pour le dépistage des lésions pré-cancéreuses et cancéreuses au niveau anal par la réalisation et le rendu d’un test ADN HPV-HR comme 1er examen selon l’algorithme de la figure 3 du projet.

Deux prélèvements anaux et cervicaux (inclusion) : un frottis cervical et anal analysés localement; et un frottis cervical et anal pour une analyse centralisée uniquement si le test local positif (laboratoire de virologie, hôpital Bichat-Claude Bernard) : génotypage et rendu individualisé d’HPV-HR (Seegene AnyplexII HPV-HR), et niveau de méthylation des marqueurs cellulaires

Critères de jugement :Proportion de FVVIH présentant une régression des lésions anales HSIL liées à HPV16 ou à un/des autre(s) HPV-HR au cours du suivi. Le diagnostic d’HSIL et de LSIL est histologique sur des biopsies anales de lésions identifiées en AHR. Une régression se définit par une disparition ou une régression de grade de la lésion intra-épithéliale de haut à faible grade.

Critères de jugement secondaires :

• Prévalence des lésions anales HSIL HPV-HR ou HPV-16 à l’inclusion
• Prévalence et incidence des lésions HSIL ayant des critères de mauvais pronostics
• Taux de prévalence et taux de régression des lésions LSIL
• Prévalence et distribution des HPV-HR (dont HPV16) au col et à l’anus
• Taux de clairance des infections HPV-HR anales et cervicales, selon le type d’HPV-HR
• Prévalence des HSIL au niveau du col de l’utérus
• Concordance des génotypes d’HPV-HR détectés au niveau anal et du col utérin 
• Niveaux de méthylation des marqueurs cellulaires au niveau cervical et anal chez les porteuses d’HPV-HR en fonction de la sévérité de la lésion
• Niveau de méthylation et évolution des lésions anales ou cervicales
• Incidence des cancers anaux ou cervicaux
• Proportion de FVVIH adressées au proctologue dans le cadre de l’étude par rapport à la population totale des FVVIH incluses, ou celles ayant un antécédent de CIN2 ou de cancer-précancer vulvaire, ou ayant un HPV-16 anal

L’inclusion de 2000 FVVIH est nécessaire, pour un suivi de 65 FVVIH avec des lésions HSIL HPV-HR non HPV16 et de 81 FVVIH avec des HSIL HPV-16.

Période d’inclusion et participation par patiente : 1 an et 3 ans respectivement

Analyses finales : 24 semaines

Durée du projet : 4 ans

Attentes : l'étude apporterait potentiellement des modifications dans l’algorithme de dépistage du cancer anal, en la détection de l’ensemble des HPV-HR et non HPV-16 uniquement, et de positionner les marqueurs anaux de méthylation dans un algorithme de triage pour identifier une population tout particulièrement à risque de non-régression d’HSIL.

Contexte : Chaque année 160000 enfants naissent avec le VIH chaque année dont près d’un tiers en Afrique de l’Ouest et du Centre (AOC) où le taux de transmission atteint 19,6%. L’OMS recommande un dépistage précoce du nourrisson (DPN) avec des techniques rapides à la naissance et à 6 semaine de vie chez les enfants exposés au VIH afin de pouvoir initier le traitement des enfants infectés avant la 8éme semaine de vie, le pic de mortalité survenant entre l’âge de 2 et 3 mois en l’absence de traitement. En Guinée la prévalence du VIH est faible (1,7%) et la prise en charge décentralisée ne permet pas un acheminement rapide des échantillons de sang vers les laboratoires centraux ; les délais de transport des échantillons sont le principal obstacle à un rendu rapide des résultats. De fait, l’accès au DPN est insuffisant (36%) et les délais de rendu de résultats souvent longs (2 à 3 mois), retardant l’initiation du traitement en cas d’infection.

Dans le contrat d’initiation ANRS 12407 AIRPOP, nous avons montré que l’utilisation de drones pour le DPN pourrait être une solution bien acceptée et coût-efficace pour améliorer la couverture et la précocité du DPN et réduire la mortalité. Le présent projet vise à tester cette stratégie en condition réelle dans 20 sites PTME de Conakry et de Boké. 

Objectif principal : Comparer l’efficacité du transport d’échantillons de sang par drone pour le DPN avec la stratégie actuelle de transport par voie routière. 

• Comparer, dans ces 2 stratégies, la proportion d’enfants exposés au VIH qui ont bénéficié d’un DPN à la naissance et à S6 et le délai de rendu de résultat aux parents. 
• Mesurer la rétention dans les soins jusqu’à M9.

Principaux objectifs secondaires :

• Volet clinique et virologique : mesurer l’impact du transport par drone sur la cascade de prise en charge
• Volet de recherche en implémentation : évaluer la mise en place de la stratégie en capitale (Conakry) et dans une région rurale (Boké) et identifier les conditions de passage à l’échelle (acceptabilité, coût/efficacité, impact carbone, répartition spatiale optimum d’un réseau de drone)
• Volet santé publique : évaluer l’efficacité du drone pour effectuer des approvisionnements d’urgence des intrants de la PTME et identifier les autres besoins de santé urgents pour lesquels l’utilisation d’un drone pourrait être mutualisée (poche de sang…)

Méthodologie (volet clinique et virologique) : Essai randomisé multicentrique en grappe avec permutation dans 20 sites PTME.

Critère d’inclusion :

-Nouveau-né dont la mère vit avec le VIH-1 

-délai ≤ 48H après l’accouchement.

Effectifs : 900 nouveau-nés exposés au VIH

Stratégie : Le dépistage du VIH sera proposé à toutes les femmes enceintes en salle de travail et la prophylaxie ARV débutée immédiatement chez les nouveau-nés exposés, conformément aux recommandations nationales. L’inclusion sera proposée à tous les nouveau-nés éligibles. A la naissance, à S6 et à M9, tous les nouveau-nés bénéficieront d’un prélèvement sanguin sur DBS, acheminé au laboratoire par voie routière selon les procédures en vigueur (phase contrôle). Dans la phase intervention, les nourrissons bénéficieront en plus à la naissance et à S6 d’un prélèvement sanguin par microtube, acheminé immédiatement au laboratoire par drone. Dans les 2 bras, les DPN seront réalisés en urgence au laboratoire, les résultats transmis au soignant par téléphone puis aux parents le plus vite possible idéalement le jour du prélèvement (bras intervention). En cas de DPN positif, un traitement ARV sera initié le plus vite possible, idéalement le jour du prélèvement (bras intervention).

Échéancier : Durée totale : 36 mois, Phase préparatoire : 12 mois, Phase interventionnelle 24 mois

Résultats attendus : Produire les évidences scientifiques nécessaires à l’introduction de système de transport par drone qui bénéficieront à d’autres pays AOC. Fournir des données probantes permettant le déploiement à l’échelle national de cette innovation avec les financements du Fonds Mondial et l’intégration d’autres besoins de santé nécessitant des transports d’urgence afin d’améliorer plus globalement les enjeux de santé prioritaires.