Winning projects and candidates

Ce projet consiste à étudier les caractéristiques épidémiologiques, radiologiques et histologiques du carcinome hépatocellulaire ou cholangiocarcinome (CHC/CC) au moment du diagnostic, chez des patients, d’une part, atteints de cirrhose virale C, ayant une réponse virologique soutenue après traitement antiviral C et d’autre part, chez des patients atteints de cirrhose virale B et contrôlés pour la réplication du VHB par des analogues nucléot(s)idiques. D’autres objectifs tels que les modalités thérapeutiques mises en place, la survie de ces patients, et les facteurs pronostiques seront étudiés. En effet, il existe actuellement très peu de données décrivant les caractéristiques des patients atteints de CHC, guéris du VHC ou contrôlés pour le VHB. Nous savons, en particulier à partir des données de la cohorte ANRS C012 CirVir qui a inclus entre 2006 et 2012, 1671 patients ayant une cirrhose virale B ou C compensée prouvée histologiquement (dont 1323 VHC+, 317 VHB+, 31 co-infectés VHB/VHC) actuellement suivis prospectivement, que l’incidence annuelle du CHC chez les patients ayant obtenu une RVS est de 0,6%. L’existence d’un syndrome métabolique semble particulièrement influencer le risque de survenue de CHC chez les patients infectés par le VHC et ayant obtenu une RVS. L’incidence annuelle de survenue de CHC chez les patients contrôlés pour le VHB est d’environ 1,3%. L’inclusion sera proposée aux patients chez qui le diagnostic CHC aura été porté au cours du suivi dans la cohorte HEPATHER et dans la cohorte CirVir  selon les critères EASL-AASLD ou histologiques et validés en réunion de concertation pluridisciplinaire spécialisée. Concernant l’effectif des patients étudiés, nous estimons en 2019, à environ 140 le nombre de CHC incidents chez des patients VHC+ ayant obtenu une RVS et à environ 70 le nombre de CHC en 2019 chez des patients VHB+ virologiquement contrôlés issus de la fusion des deux cohortes. Les caractéristiques  épidémiologiques, radiologiques et histologiques des patients atteints de cirrhose virale C et ayant obtenu une RVS (depuis au moins un an) seront comparés aux patients atteints de CHC et virémiques (estimation : n = 250).  Concernant les patients atteints de CHC et contrôlés pour le VHB, le niveau de contrôle (quantification AgHBs, quantification du cccDNA) sera analysé.

Les réponses aux objectifs posés permettront d’analyser d’éventuelles modifications de l’histoire naturelle du CHC/CC dans le cas d’une inhibition prolongée de la réplication virale du VHB ou d’une guérison virologique du VHC. A l’ère où la très grande majorité des patients ayant une cirrhose liée au VHB ou au VHC sont traités efficacement du fait de la puissance des nouveaux antiviraux, ce projet permettra d’envisager non seulement de nouvelles politiques de dépistage, mais aussi de nouvelles modalités de prise en charge des patients atteints de CHC/CC.

Les traitements antituberculeux actuels consistent en une polychimiothérapie où une combinaison d’antibiotiques est utilisée d’une part pour accélérer la réduction de la charge bactérienne  et d’autre part pour minimiser la sélection des mutants résistants. Malgré ces cocktails d’antibiotiques, les formes multirésistante et ultrarésistante de tuberculose représentent un problème majeur, ces infections ne pouvant, jusqu’à récemment, être traitées qu’avec des combinaisons antibiotiques (pendant deux ans à minima) moins efficaces et présentant des effets secondaires accrus et. Les progrès récents dans le développement des médicaments contre la tuberculose ont permis de proposer une nouvelle combinaison de médicaments (BPaL : combinaison de bedaquiline, pretomanid et linezolid), qui est active à la fois sur les souches sensibles et résistantes aux antibiotiques traditionnels. Malgré cela, une résistance inévitable aux antibiotiques de la combinaison BPaL est déjà en train d’émerger, et il reste important que de nouvelles molécules antituberculeuses soient découvertes et développées au sein de nouvelles combinaisons, afin de proposer de nouvelles alternatives thérapeutiques.

Dans ce contexte, les membres de ce consortium ont récemment découvert et développé une nouvelle classe de molécules antituberculeuses puissantes (appelée TriSLa) qui agissent sur une nouvelle enzyme de la chaîne de transport d’électrons bactérienne. Les composés TriSLas se sont montré actifs (bactéricide) aussi bien contre les formes en réplication de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) que contre les formes dormantes et intracellulaire du bacille. De plus, ils se sont révélés efficaces dans un modèle d’infection mycobactérienne in vivo, ce qui confère aux chefs de file de la famille TriSLa un grand nombre d’attributs nécessaires à la progression vers un candidat préclinique. Au regard de ces données prometteuses, AC-DC a pour objectif de mener à bien le développement des molécules TriSla seules, mais également au sein de nouvelles poly-thérapies optimisées pour le traitement d’ infections à Mtb. Ces objectifs ambitieux seront atteints grâce à une approche multidisciplinaire, menée par des collaborateurs de renommée internationale, et respectivement experts en biologie structurale, en métabiologique mycobactérienne et en modèles murins d’infections mycobactériennes. Les objectifs visés au sein du programme AC-DC seront 1) d’optimiser la puissance, les propriétés pharmacologiques et l’efficacité des molécules TriSLa 2) de préciser la poche de liaison des composés TriSLa en utilisant des études de biologie structurale de pointe par CRYO-EM, 3) de définir l’impact des combinaisons d’antibiotiques incluant des composés TriSLa dans des modèles in vitro de Mtb en réplication et en dormance 4) de définir l’impact de l’exposition aux molécules TriSLa sur les réseaux métaboliques de Mtb en réplication et en dormance 5) d’évaluer in vivo l’efficacité d’une combinaison optimisée d’antibiotique contenant un chef de file de la famille TriSLa dans un modèle murin d’infection à Mtb, et enfin 6) de définir le potentiel des molécules TriSLa dans une thérapie échelonnée pour le traitement des infections murines à Mtb.

Dans l’ensemble, le programme AC-DC va permettre de développer un candidat préclinique issue de la famille TriSLa, et de définir clairement comment une telle molécule doit être combinée avec d’autres antibiotiques pour traiter efficacement les infections de tuberculose.

L’histoplasmose disséminée est une infection fongique qui touche principalement les sujets immunodéprimés et particulièrement les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) à un stade avancé, chez qui elle serait responsable de 71.000 nouvelles infections et 53.000 décès chaque année dans le monde. Les résultats préliminaires de travaux issus de notre groupe (notamment le projet EVADIAG-Histo, ANRS 0216 réalisé en Côte d’Ivoire) montrent que l’histoplasmose est vraisemblablement sous-diagnostiquée en Afrique subsaharienne et notamment en Afrique de l’Ouest, en raison d’une présentation clinique non spécifique, d'un manque d'informations sur l'épidémiologie, de formation et de sensibilisation insuffisantes du personnel de santé de première ligne. De plus, les méthodes conventionnelles de diagnostic de l’histoplasmose, l’examen direct et la culture fongique, présentent des limites, notamment des délais de positivité de plusieurs semaines, la nécessité de réaliser des procédures diagnostiques invasives, et d’avoir des infrastructures adaptées pour Histoplasma qui est un pathogène de classe 3.

Le diagnostic d’histoplasmose peut également être posé par la détection de l’antigène galactomannane (constituant principal de la paroi du champignon) dans le serum ou les urines d’un sujet atteint d’histoplasmose disséminée. Ce test permet un diagnostic en moins d’une heure et ne nécessite pas de matériel spécifique ; c’est donc un test intéressant pour le diagnostic de l’histoplasmose au lit du patient dans des zones aux ressources limitées. Chez les PVVIH au stade avancé symptomatiques, l’ajout d’un test antigénique urinaire Histoplasma dans l’algorithme diagnostique des tests déjà réalisés en routine permettrait de faciliter le diagnostic d’histoplasmose disséminée afin de débuter un traitement antifongique précoce. De même, dans la prise en charge initiale des PVVIH asymptomatiques, la réalisation d’un test antigénique urinaire permettrait de dépister des cas d’histoplasmose à un stade précoce de la maladie et l’instauration d’un traitement antifongique par itraconzaole afin d’éviter le développement ultérieur d’une histoplasmose disséminée.

Nous avons pour objectif de réaliser dans un premier temps une analyse observationelle de terrain d’une durée de 12 mois dans 3 pays d’Afrique subsaharienne (Cote d’Ivoire, Cameroun, et Guinée), qui permettra d’évaluer la faisabilité d’une étude d’implémentation des tests antigéniques urinaires Histoplasma dans ces 3 pays. En effet, du fait de la complexité de la prise en charge des PVVIH au stade avancé en Afrique subsaharienne, l’objectif de ce projet sera de mieux préciser les files actives de PVVIH sur les différents sites de l’étude, les différents circuits de prise en charge diagnostique et thérapeutique des infections opportunistes actuellement en place, et la disponibilité locale des différents tests diagnostiques et des thérapeutiques afin de mettre en œuvre de façon optimale le projet d’implémentation envisagé.

La protéine core d’HBV orchestre la formation du virus en s’auto-assemblant en capside et en recrutant l’ARN prégénomique et la polymérase. Nos résultats préliminaires montrent que la co-expression de la protéine core avec différentes protéines core chimériques s’auto assemble dans les cellules et forment des capsides. Nous avons pu déterminer que la partie basique C terminale de la protéine est indispensable à cet assemblage suggérant que les acides nucléiques seraient impliqués dans la formation de la capside virale.

L’objet de ce projet de recherche est de détailler les mécanismes d’auto-assemblage de la protéine core en capside et de déterminer le rôle de cet assemblage dans la reconnaissance du complexe nucléoprotéique Pol-ARN pré-génomique abritant la réplication virale.

Nous proposons, sur la base de travaux de structures publiées et obtenues par RX, de suivre l’effet de mutations de différents domaines de core sur son assemblage en capside virale. L’utilisation de ces mutants et de cellules compétentes pour la réplication d’HBV nous permettra d’observer des modifications structurales lors de la maturation de la capside. Nous avons confirmé que la protéine core interagit avec la protéine Pol. Nous allons donc cartographier cette interaction et déterminer si ce complexe core-pol dépend de l’assemblage de la capside virale. Enfin, nous tenterons de suivre et de localiser la formation du complexe nucléoprotéique core-Pol-ARN pré-génomique.

Ces travaux seront menés par deux laboratoires à Tours et à Rennes reconnus dans leur domaine respectif de virologie et de microscopie. Techniquement, des approches bien rodées seront utilisées (biologie moléculaire, biochimie…) ainsi que des approches plus innovantes. En effet, l’utilisation combinée de l’imagerie optique quantitative et de la résolution de la microscopie électronique sera indispensable pour détailler les étapes initiant la morphogénèse d’HBV. Enfin, nous proposons d’utiliser cette étude pour caractériser le mécanisme d’action des molécules dirigées contre la capside et qui possèdent un fort potentiel antivirale.

Le COVID-19 est une urgence mondiale de santé publique. Dans des pays où les informations officielles sur la pandémie ne sont pas cohérentes, comme au Brésil, la compréhension du COVID-19 par le public peut être entravée. COVID-19 peut aussi avoir des effets néfastes sur d’autres problèmes de santé, tels que la santé sexuelle et mentale. Les restrictions d’offre de soins pendant la pandémie, ainsi que les restrictions de déplacements dues à la quarantaine, peuvent avoir des répercussions sur la prévention du VIH et des IST, en affectant l’accès aux moyens de prévention et en entraînant des changements dans les comportements sexuels. Chez les hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HSH) et les femmes transgenres (TGW), la quarantaine peut spécifiquement affecter leur santé mentale et accroître les risques de violence domestique liés à l’homophobie et transphobie. Nous cherchons à étudier les effets de la pandémie de COVID-19 sur la santé sexuelle et mentale des HSH et des TGW adultes et adolescents qui participent à deux cohortes de prophylaxie préexposition (PrEP) au Brésil, en mettant l’accent sur le VIH et les IST, à la fois pendant et après la période de quarantaine. L’étude utilise une méthode mixte et s’inscrit dans le cadre de deux études de cohorte en cours au Brésil: PrEP15-19 et Combina, qui proposent la PrEP et d’autres méthodes de prévention combinées aux adolescents et aux adultes, respectivement. Le suivi comprend des visites trimestrielles dans les établissements de santé pour des consultations médicales, du counseling et des tests de dépistage du VIH et des IST. Pendant la quarantaine, la plupart des consultations et des procédures ont été adaptées pour utiliser la vidéoconférence et les SMS, et la PrEP et les autotests (HIVST) sont envoyés aux participants par courrier. Tous les participants seront invités à répondre à un questionnaire en ligne. Les participants du T0 seront recrutés entre la cinquième et la sixième semaine de quarantaine dans chaque ville. Le suivi se fera via une mesure en deux temps : la prochaine visite du participant dans les cliniques des études et un an après le T0. L’infection par le VIH au T0 sera évaluée par un HIVST et les tests sanguins de confirmation seront effectués lors de suivi habituelles. La collecte des données à T0 portera sur les données socio-économiques, les mesures de quarantaine face au COVID-19, la santé sexuelle et la santé mentale. Après la quarantaine, l’utilisation des méthodes de prévention du VIH et des IST, l’utilisation de la PrEP, l’infection par le VIH et la survenue de symptômes de dépression seront évaluées, le ques-COVID-19 sera de nouveau appliqué. La taille de l’échantillon a été estimée sur la base d’une hypothèse de 6 % de changement de comportements sexuels après la quarantaine (rapports sexuels sans préservatif lors du dernier rapport ou rapports sexuels sans utilisation de la PPrE/PEP), d’une puissance de 80 % et d’un niveau de significativité de 95 %, soit un total de 426 participants. Une régression logistique multivariée sera utilisée pour estimer les corrélations entre les résultats et les variables prédictives, avec un pdds ratio. Le volet qualitatif étudiera les représentations sociales de la pandémie de COVID-19 chez les participants et la compréhension des mesures de protection, la gestion de la santé au travers du concept de Self-Care pendant et après la quarantaine, et les effets de la pandémie de COVID-19 sur les comportements de prévention du VIH. Conformément aux normes éthiques de recherche, une cinquantaine d’entretiens approfondis par appels vidéo ou réponse vocale interactive seront menés avec des adolescents et des adultes. Parmi les autres stratégies de collecte de données figurent des pratiques intégrées dans la vie sociale des participants, à savoir des récits enregistrés quotidiennement de type journal à l’aide de WhatsApp et des photographies qui représentent leurs vie quotidienne pendant la pandémie. COBra est une collaboration entre les équipes de coordination des cohortes PrEP15-19 et Combina basées dans des universités publiques du Brésil et le laboratoire GRePS, basé à l’Université Lumière Lyon2.

Malgré l’efficacité des traitements antirétroviraux, les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) présentent des altérations de leur système immunitaire. Le vieillissement immunitaire associé à l’augmentation de l’âge chez les PVVIH accentue encore ces altérations. Celles-ci peuvent être associées à l’augmentation de maladies, ainsi qu’à une réactivité réduite à la vaccination, chez les PVVIH. Ainsi, l’incidence du zona, due à la réactivation du virus de l’herpès zoster, est plus élevée chez les patients âgés vivant avec le VIH, même sous traitement, par rapport aux témoins de même âge. Ceci met en avant l’importance de la vaccination contre le virus de l’herpès zoster dans cette population. Cependant, il existe encore peu de données publiées disponibles sur l’immunogénicité et l’innocuité du vaccin recombinant contre le zona (VRZ) de dernière génération chez les PVVIH, en particulier chez les personnes ayant un faible taux de lymphocytes T CD4 et des facteurs de risque supplémentaires, tels que l’âge et les comorbidités. Aucune donnée n’existe pour les PVVIH de plus de 75 ans, qui pourraient être les moins réactifs au vaccin. Enfin, il est bien établi que la vaccination peut induire une augmentation transitoire de la charge virale du VIH, même chez les personnes présentant une virémie indétectable au départ, bien qu’avec peu ou pas de conséquence clinique. Ainsi, une meilleure caractérisation de l’immunogénicité et de l’effet du VRZ sur la charge virale du VIH chez les PVVIH âgées est fortement justifiée.

Au travers d’une collaboration entre des laboratoires de Genève et de Bordeaux, nous proposons ici d’améliorer nos connaissances concernant la vaccination avec VRZ chez les PVVIH, en particulier âgées (plus de 75 ans) par la réalisation d’un essai clinique de phase IV. Nous allons effectuer une évaluation approfondie de la réponse au VRZ chez les patients VIH de plus de 75 ans sous traitement antirétroviral à long terme (> 20 ans) par rapport aux témoins adultes plus âgés non séropositifs. Nous comparerons également la réponse des patients séropositifs plus jeunes (50 à 75 ans) pour étudier l’effet combiné du vieillissement et de l’immunosuppression due à l’infection par le VIH. Les patients (n=150) seront recrutés à partir de deux grandes cohortes VIH, à savoir la cohorte ANRS CO3 en Aquitaine et l’étude suisse de cohorte VIH SHCS, avec accès aux échantillons biologiques et antécédents médicaux de plus de 2500 patients. Nous réaliserons une étude longitudinale et approfondie de l’innocuité et de l’immunogénicité du VRZ (c.a.d. quantité et qualité des réponses humorale, cellulaire et innée) au travers d’analyses fonctionnelles et transcriptomiques. Ainsi nous définirons des facteurs prédictifs (en particulier liés au vieillissement immunitaire) de l’efficacité du VRZ chez les PVVIH âgées.

La collaboration entre Genève et Bordeaux, compte tenu de l’expertise clinique et scientifique, des caractéristiques uniques des cohortes sélectionnées, devrait permettre des avancées significatives concernant la prévention du zona chez les PVVIH. En examinant si le RZV est immunogène avec un profil d’innocuité acceptable chez les PVVIH âgées, nous soutiendrons les directives de vaccination dans cette population et favoriserons l’acceptation du vaccin. Ce projet nous permettra aussi de mieux comprendre et d’informer sur l’efficacité vaccinale de manière générale chez les PVVIH plus âgées.