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Ce projet vise à mieux comprendre les mécanismes qui limitent la réplication du VIH-1 dans les macrophages en présence de la protéine SAMHD1. Il s'agit d'un sujet peu exploré car les études sur les macrophages se concentrent essentiellement sur leur infection, ce qui nécessite des traitements qui inactivent SAMHD1. Les macrophages isolés sont peu permissifs au VIH-1 en raison des faibles concentrations de dNTP, empêchant la réplication du génome viral. Cette barrière métabolique est largement attribuée à l'activité dNTPase de SAMHD1. Cependant, des preuves solides indiquent que la phosphorylation du résidu T592 supprime l'action anti-VIH-1 de SAMHD1 sans affecter son activité dNTPase. Ces observations démontrent que la déplétion des dNTP ne suffit pas à expliquer la fonction antivirale de SAMHD1 et indiquent l'implication de propriétés non-dNTPase mecconues, qui pourraient nécessiter des associations physiques et/ou fonctionnelles avec des partenaires viraux et/ou cellulaires. Nos résultats récents montrent que SAMHD1 interagit avec les capsides du VIH-1 dans les macrophages infectés. Nous émettons donc l'hypothèse que SAMHD1 pourrait interagir avec d'autres facteurs cellulaires liant la capside pour inhiber la réplication du VIH-1 dans les macrophages.

Pour ce projet de recherche, nous avons choisi de nous concentrer sur la protéine Myxovirus resistance 2 (MX2), une guanosine triphosphatase (GTPase) inductible par l'interféron (IFN) qui se lie à la capside du VIH-1 et qui est censée inhiber sa décapsidation et/ou son entrée dans le noyau. Notre choix est basé sur le manque évident de recherche sur le mécanisme antiviral dépendant de la MX2 dans les macrophages. Nous notons également que les études explorant la fonction anti-VIH-1 de SAMHD1 sont menées dans des contextes cellulaires où l'expression de MX2 est faible ou absente. Ainsi ces observations soulignent la nécessité de développer des modèles expérimentaux appropriés où les mécanismes sous-jacents à la coopération SAMHD1-MX2 pour restreindre le VIH-1 peuvent être explorés. Nous avons utilisé la technologie CRISPR/Cas9 pour inactiver l'expression de SAMHD1, de MX2 ou des deux dans la lignée cellulaire THP-1, qui est un modèle bien établi pour étudier la réplication du VIH-1 dans les macrophages humains. Nous combinerons ces nouvelles lignées cellulaires avec des tests biochimiques, d'imagerie et virologiques complémentaires. Nous avons également établi plusieurs collaborations pertinentes avec des groupes de recherche ayant des connaissances et des compétences complémentaires aux nôtres. Notre projet vise à poursuivre 2 objectifs principaux :

Objectif 1. Caractérisation biochimique des interactions impliquant SAMHD1, MX2 et/ou la capside du VIH-1.

1. Etablir si l'interaction entre SAMHD1 et Mx2 est directe et caractériser les propriétés physico-chimiques associées.
2. Cartographier le domaine de liaison SAMHD sur MX2 et étudier l'impact des événements de phosphorylation pour l'interaction SAMHD1-MX2.
3. Étudier les conditions requises pour l'assemblage des complexes contenant SAMHD1, MX2 et/ou la capside du VIH-1.

Objectif 2. Études fonctionnelles visant à décrypter les mécanismes qui sous-tendent l'action anti-VIH-1 coopérative de SAMHD1 et MX2 dans les macrophages.

1. Caractériser comment SAMHD1 et MX2 influencent mutuellement l'expression et la distribution dans les cellules THP-1 de type macrophage.
2. Définir l'endroit où les complexes contenant SAMHD1, MX2 et/ou la capside du VIH-1 s'assemblent dans les cellules THP-1.
3. Déchiffrer la chronologie de l'action antivirale de SAMHD1 et MX2
4. Valider les résultats les plus significatifs dans des macrophages humains primaires.

En apportant de nouvelles connaissances sur les mécanismes qui façonnent la réponse des macrophages à l'infection par le VIH-1, notre étude ouvrira la voie à l'identification de nouvelles cibles antivirales et immunitaires. Ceci est d'un intérêt primordial pour la conception de nouvelles stratégies thérapeutiques visant à éradiquer ou contrôler le virus et à réduire l'activation immunitaire chronique (en ligne avec les objectifs de l'Axe prioritaire 3 de l'ANRS – Guérir le VIH/SIDA).

La pandémie actuelle de COVID-19 est causée par le virus SARS-CoV-2. Ce betacoronavirus, comme son prédécesseur nommé SARS-CoV1, serait porté par les chauves-souris Rhinolophes. Le territoire couvert par ces chauves-souris s’étend du Japon à la Grande-Bretagne. La circulation du SARS-CoV2 dans les chauves-souris Rhinolophus à travers le monde et notamment à proximité de la chine comme au Bangladesh n’est pas connue. Dans ce pays où le virus hautement létal Nipah émerge déjà chaque année d’autres chauves-souris, la circulation du SARS-COV2 pourrait représenter un risque majeur de nouvelle émergence. Aussi, déchiffrer les mécanismes de la réponse cellulaire antivirale qui permettent à l’hôte naturel de ne pas développer de symptômes est un défi aujourd’hui incontournable. Nous proposons ici d’évaluer la prévalence et le risque d’émergence du SARS-CoV-2 au Bangladesh et de développer des outils cellulaires de Rhinolophus sp  qui seront essentiels pour l’étude de l’interaction entre ce virus et son hôte naturel. Cette étude permettra également de générer des banques de tissues, des lignées cellulaires de Rhinolophus et des coronavirus circulants au Bangladesh. Une meilleure évaluation des risques de futures flambées virales pourra ainsi être réalisée.

La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) représente un des plus grands défis sanitaires de ce siècle au niveau global. Les données actuelles présentent une situation critique et alarmante dans la majorité des régions affectée, et tout particulièrement en Asie, en Europe et aux USA. L’évolution dramatique de cette pandémie dans les régions du monde les mieux préparées à une telle situation fait craindre pour le continent africain, une perspective incertaine. Le continent africain présente pour l’instant des données extrêmement parcellaires qui ne permettent pas de définir l’état de l’épidémie sur le continent. Sans ces informations, il est et sera difficile, voire impossible de développer des stratégies et des réponses adaptées pour prévenir, contenir et éradiquer l’épidémie sur le continent.

L’objectif principal de cette étude est de générer des données épidémiologiques en utilisant des outils et technologies plus adaptés au contexte du Sud et modéliser l’état et la progression de l’épidémie dans la région à partir de ces données, notamment celles de portage d’anticorps spécifique au SARS-CoV-2 dans les communautés du Sud. Nous articulons notre recherche également sur les performances, l’apport et la place des tests rapides dans le diagnostic et la surveillance épidémiologique du COVID-19 en Afrique Sub-Saharienne.

L’étude sera conduite en Afrique centrale, dans deux pays que sont le Gabon et la République du Congo. Ces 2 pays sont confrontés à une montée de l’épidémie comme les autres pays de la région et peuvent servir de sites de recherche pour la définition de stratégies pouvant s’appliquées aux autres pays de la région, voire du continent. Cette recherche nous permettra de combler un important vide dans la stratégie actuelle de compréhension et de riposte contre l’épidémie.

La prise en charge thérapeutique de l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH-1) nécessite une prescription à vie de traitements antiviraux afin de prévenir le rebond viral observable dans la quasi-totalité des cas après l’arrêt du traitement antirétroviral (ART). Ce rebond est lié à la persistance de réservoirs viraux. Un enjeu thérapeutique essentiel est donc actuellement de parvenir à les éliminer. Une piste prometteuse est de réactiver le virus présent à l’état latent dans les lymphocytes T (LT) CD4+ quiescents infectés et de les éliminer grâce à l’activité lytique du virus – avec éventuellement une augmentation de la réponse immunitaire antivirale – tout en empêchant par le traitement ART une réinfection des cellules saines par les virus libérés. Notre équipe s’intéresse aux étapes précoces de l’activation des LT, tout particulièrement au rôle du facteur de transcription FOXO1. Cette molécule est au centre de très nombreuses recherches au vu de sa position centrale dans de très nombreuses voies métaboliques. Une de ses fonctions essentielles est de contrôler l’homéostasie lymphocytaire, en maintenant en particulier les LT à l’état quiescent. C’est dans ce contexte que nous avons récemment mis en évidence les conséquences de l’inhibition de FOXO1 dans des LT primaires humains à l’aide d’un agent pharmacologique nouvellement identifié, l’AS1842856. Nos résultats montrent que cette drogue entraîne à elle seule la transition G0/G1 de ces cellules. Cette transition s’accompagne de modifications phénotypiques et fonctionnelles qui suggèrent que la seule inhibition de FOXO1 induit une différenciation des LT de type effecteur/mémoire, indépendamment de toutes autres stimulations. Nos données préliminaires montrent de plus que l’AS1842856 permet à elle seule la réactivation de provirus VIH-1 intégrés dans le génome de LT humains infectés. Les objectifs de ce projet s’organiseront donc autour de trois grands axes : (i) identifier de potentielles synergies de l’AS1842856 avec des agents pharmacologiques dont l’activité sur la réactivation des provirus latents a déjà été décrite, (ii) valider le rôle de l’AS1842856 sur la réactivation ex vivo de formes virales silencieuses présentes dans les LT de patients infectés sous ART, et évaluer la potentialisation de la réponse immune antivirale, (iii) tester les conséquences du traitement par l’AS1842856 sur la réactivation de provirus latents ex vivo de LT de singes infectés et traités à l’aide des antiviraux classiquement utilisés chez l’homme. Les résultats de notre projet permettront donc d’envisager que cette drogue soit un nouveau candidat thérapeutique, seul ou en association avec d’autres agents pharmacologiques, pour stimuler la réactivation des provirus latents présents dans les réservoirs viraux et potentialiser en parallèle la réponse immune anti-VIH‑1.

L’utilisation de traitements antirétroviraux (ARV) constitue un outil majeur pour contrôler l’épidémie de VIH. Des stratégies innovantes visant à diversifier les modalités d’administration de ces traitements sont actuellement en cours d’évaluation, voire d’implémentation, parmi lesquelles les traitements ARV à longue durée d’action (ARV-LA).

Deux molécules – le cabotégravir et la rilpivirine – administrées par voie injectable tous les deux mois, sont une alternative aux traitements oraux quotidiens, acceptable et efficace chez les Personnes Vivant avec le VIH (PVVIH) traitées et contrôlées sans résistance connue ou suspectée aux deux molécules. Ces traitements sont, depuis fin 2021, autorisés en France et prescrits en routine. Pour autant, il existe encore peu de données probantes sur leur implémentation. Cette nouvelle option thérapeutique, aussi encourageante soit-elle, ne peut faire l’économie d’une réflexion sur les conditions et les enjeux de son implémentation. En effet, au-delà des questions d’efficacité, de tolérance et d’acceptabilité de ces traitements, se posent les questions de leur accessibilité, du contexte, des modalités et des effets de leur implémentation. Les défis de mise en œuvre sont nombreux et les enjeux d’équité d’accès importants. En outre, les questions relatives à l’implémentation de ces traitements seront renouvelées et évolueront avec l’avènement prochain d’autres ARV-LA.

Le présent projet en sciences sociales a pour objectif principal de comprendre les conditions d’accès aux traitements ARV-LA en France et leurs effets cliniques et sociaux, afin de déceler d’éventuelles inégalités d’accès. Il s’agira plus spécifiquement de (1) décrire et analyser les contextes d’implémentation des ARV-LA en France – où, comment et à qui ces traitements sont-ils prescrits – et déceler les éventuelles inégalités territoriales et sociales d’accès ; (2) analyser l’impact de la diversité des contextes d’implémentation et des profils des PVVIH sur la prescription et l’utilisation au long cours pour déceler les éventuelles inégalités structurelles et sociales ; (3) comprendre les conditions de prescription et d’utilisation de ces traitements du point de vue des professionnels de santé et des PVVIH concernées et leurs effets sociaux, pour mettre en évidence les mécanismes de production des inégalités identifiées ; (4) Décrire et analyser l’efficacité virologique et clinique, les causes d’arrêt de traitements et les facteurs associés en fonctions des profils des PvVIH et des critères d’initiation aux traitements ; (5) Promouvoir l'utilisation des connaissances produites dans le cadre de ce projet grâce à la mise en œuvre d'une stratégie de transfert de connaissances.

Ce dispositif de recherche original s’articule autour d’un projet en sciences sociales qui s’appuie sur des données sociodémographiques et cliniques d’une cohorte de PVVIH existante (ANRS CO4 FHDH) pour renforcer et objectiver les résultats des études conduites en sciences sociales.  Il mobilise des chercheurs issus de disciplines diverses, des professionnels de santé et des acteurs associatifs, engagés dans le processus de recherche. Il convoque ainsi une diversité de savoirs et vise à produire des connaissances utiles pour les populations concernées à la fois par le croisement des regards et la place importante donnée à l’opérationnalité des connaissances. Il s’inscrit ainsi dans le champ des recherches participatives.

Ce projet sera réalisé sur 3 ans. Il permettra d’établir un état des lieux de l’implémentation des ARV-LA en France ; d’identifier des stratégies ou des modèles de dispensation à privilégier pour surmonter les difficultés de mise en œuvre et favoriser un accès équitable à ces traitements ; de fournir des connaissances contextualisées sur la reconfiguration de la prise en charge du VIH que génère l’implémentation des ARV-LA ; de favoriser une meilleure appropriation des résultats de la recherche par les acteurs impliqués dans la prise en charge du VIH.