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Près de 300 millions de personnes dans le monde sont porteurs chroniques du VHB. Les thérapies actuelles sont efficaces pour supprimer la réplication virale, mais n’éliminent pas le virus. Le dysfonctionnement des réponses immunitaires est considéré comme la principale cause de l’infection persistante par le VHB. Ainsi, la modulation du système immunitaire de l’hôte pourrait aider à éliminer le VHB. Une telle réalisation nécessite au préalable de déchiffrer les mécanismes de modulation du système immunitaire par le virus qui sont encore mal connus.

Les cellules dendritiques (DCs) jouent un rôle crucial dans l’immunité antivirale en raison de leur capacité à détecter les virus et leurs composants, à produire des cytokines antivirales (comme IFN) et à activer les cellules effectrices qui contribuent à l’éradication du VHB. Des défauts fonctionnels des sous-types de DCs ont été décrits en contexte d’infection VHB chronique. De plus, des fonctions altérées sur les cellules effectrices ont été rapportées, notamment le dysfonctionnement des cellules NK et l’épuisement des lymphocytes T. Ces modulations du système immunitaire induites par le VHB conduisent à la persistance virale. Cependant, les mécanismes moléculaires impliqués dans ces dysfonctionnements, ainsi que les répercussions de ces modulations sur les interactions avec d’autres cellules immunitaires doivent encore être élucidées.

L’immunométabolisme apparaît comme essentiel dans la régulation des fonctions des cellules immunitaires, et le métabolisme cellulaire et le profil énergétique jouent un rôle majeur dans les caractéristiques des cellules immunes. La reprogrammation métabolique des DC est cruciale pour initier une réponse appropriée à l’infection. En explorant les caractéristiques métaboliques des cellules immunes en contexte de VHB à l’aide de la technologie SCENITH, nous avons mis en évidence pour la première fois que HBV et HBsAg provoquent des changements importants dans le métabolisme des DC, en particulier des voies OXPHOS et glycolyse, suggérant que le VHB peut entraîner des perturbations du métabolisme et l’échec subséquent des DC à déclencher des réponses antivirales efficaces. De façon notoire, nous avons récemment découvert que la fractalkine (CX3CL1) est sécrétée à des niveaux élevés par les DC au contact du VHB. Aussi, il vient d’être mis en évidence que la fréquence des lymphocytes T exprimant CX3CR1, le récepteur de la fractalkine, peut être utilisée comme marqueur prédictif de la résolution virale chez les patients atteints du VHB. Ainsi, la voie CX3CL1/CX3CR1 et la dérégulation du métabolisme cellulaire apparaissent comme des candidats clés par lesquels le VHB peut déclencher le détournement de DC et conduire vers la chronicité.

Notre projet vise à étudier les mécanismes moléculaires de dérégulations du crosstalk DC/ effecteurs au cours de l’infection chronique par le VHB en 1/ analysant les conséquences des modulations phénotypiques et des altérations fonctionnelles observées dans les sous-types de DC sur leurs dialogues avec les effecteurs antiviraux (αβT, γδT et NK), 2) définir l’impact du VHB chronique et du traitement analogue nucléos(t)idique sur les DC et les effecteurs chez les patients, tant au niveau circulant qu’intrahépatique, 3) explorer les caractéristiques métaboliques des cellules (sous-types de DC, cellules αβ et γδT, NK) en utilisant la méthode SCENITH chez les patients, et 4) déterminer des moyens de restaurer des dialogues DC/effecteur efficaces en manipulant l’axe CX3CL1/CX3CR1 et en réorientant le métabolisme pour améliorer les réponses antivirales. Ce projet conduira à une meilleure compréhension des mécanismes d’échappement du virus au contrôle immunitaire, en particulier le mécanisme de détournement des DCs induit par le VHB et de leur dialogue avec les cellules effectrices, ce qui est essentiel pour proposer des options thérapeutiques innovantes remodelant des réponses immunitaires antivirales appropriées et un contrôle efficace du virus.

1.       Contexte

L’épidémie d’un nouveau coronavirus (SARS-CoV-2), caractérisée comme une pandémie par l’OMS le 11 mars 2020, menace de perturber les systèmes de santé dans le monde. La plupart des cas de coronavirus (COVID-19) ont été signalés dans l’hémisphère nord du globe, mais l’épidémie s’est installée dans le sud, y compris dans les pays africains. Les personnes présentant des comorbidités sous-jacentes et un système immunitaire affaibli sont particulièrement vulnérables à la maladie des coronavirus. Il existe un manque d’informations sur la prévalence et la gravité de cette maladie émergente chez les patients VIH atteints de tuberculose. Cette étude propose d’incorporer les tests et le suivi COVID-19 dans une étude internationale existante (l’étude FujiLAM) qui évalue un nouveau test diagnostique pour la tuberculose chez les patients VIH séropositifs.

L’étude FujiLAM est prévue sur 4 sites, 830 patients à Mbarara, Ouganda, 450 à Homa Bay, Kenya, 450 à Maputo, Mozambique et 140 à Eshowe, Afrique du Sud. Les sites d’étude en Ouganda et au Kenya sont cofinancés par l’ANRS. Les symptômes de COVID-19 peuvent être similaires à ceux de la tuberculose et comprennent la fièvre, la toux et l’essoufflement. Les personnes atteintes d’une infection à VIH avancée peuvent présenter un risque accru d’infection et de complications associées.

2.       Objectifs

Les objectifs de cette étude sont d’évaluer la prévalence et la gravité du COVID-19 chez les patients VIH séropositifs.

3. Méthodes
   • Plan d’étude

Étude observationnelle prospective imbriquée dans l’étude FujiLAM.

• Population d’étude

L’étude FujiLAM comprend deux groupes de patients ambulatoires séropositifs pour le VIH à risque élevé de tuberculose : les patients ambulatoires séropositifs pour le VIH présentant des symptômes de TB quel que soit leur nombre de CD4 (groupe 1) et les patients ambulatoires séropositifs pour le VIH ayant un CD4 inférieur à 200 cellules / µL et aucun symptôme de tuberculose (groupe 2).

• Critères de jugement

Critères de jugement principaux : Proportion de patients diagnostiqués avec COVID-19 parmi les patients atteints de TB possible ou confirmée chez les patients séropositifs ambulatoires présentant des symptômes de TB (Groupe 1) et avec des CD4 inférieurs à 200 cellules/µL et aucun symptôme de TB (Groupe 2).

Critères d’évaluation secondaires :

– Proportion de patients diagnostiqués avec COVID-19 selon la gravité de la maladie à COVID-19

– Proportion de patients diagnostiqués avec COVID-19 hospitalisés

– Taux de mortalité à 2 mois et 6 mois de patients selon le résultat COVID-19

– Co-infection par COVID-19 et TB

• Procédures

Les patients inclus dans l’étude seront vus par un clinicien, qui effectuera un examen clinique, demandera un test COVID-19 et demandera également des investigations TB dans le cadre de l’étude FujiLAM. Les enquêtes sur la tuberculose comprennent les tests FujiLAM et AlereLAM sur les cultures d’urine et d’expectoration Xpert MTB / RIF et MTB. Suivi des patients pendant 6 mois pour l’étude FujiLAM. Les patients se verront proposer un test Covid-19 et en cas d’infection Covid-19, ils seront gérés conformément aux recommandations nationales. Les tests COVID-19 dépendront de la classification des scénarios de transmission aux niveaux national et régional du site d’étude. Si l’offre de transmission et de test dans la communauté est adéquate, tous les participants à l’étude seront systématiquement testés au moment de l’inscription, et seront testés pendant le suivi s’ils développent des symptômes. Si l’offre est limitée, les tests seront priorisés en fonction des patients symptomatiques.

4. Taille de l’échantillon :

Dans les deux sites d’étude qui seront inclus dans la sous-étude CODIV-19, un total de 640 patients devrait être inclus pour l’étude FujiLAM dans le groupe 1, et 780 dans le groupe 2 au Kenya et en Ouganda. Cette taille d’échantillon devrait être atteinte avec toutes les situations de test décrites ci-dessus.

5. Plan de travail de l’étude

Approbations ERB : 2 mois

Recrutement : 6 mois

Suivi : 6 mois 

Durée totale de l’étude : 12 mois (mai 2020 à avril 2021)

Contexte :  Le virus de l’hépatite Delta (HDV) est un agent pathogène humain découvert en 1977 chez des patients italiens atteints d'une forme grave du virus de l'hépatite B (HBV). En 2023, grâce à nos travaux d’analyses phylogénétiques, d’horloge moléculaire et de phylogéographie réalisés sur un panel de plus de 480 souches réparties à travers le monde, nous avons pu montrer que HDV était devenu un virus humain au cours du néolithique dans la région d’Afrique centrale. Cependant son origine avant le passage à l’Homme reste à ce jour toujours inconnue. 

Objectif : Ce projet s’inscrit dans la continuité de nos travaux précédents et vise à rechercher dans la zone forestière d’Afrique centrale, l’éventuelle présence de séquences “HDV-Like” dans des échantillons d’animaux endogènes de ces forêts équatoriales. Les animaux ciblés seront ceux potentiellement infectables par un Hepadnavirus en tant que virus “helper” comme l’est le HBV chez l’Homme.

Méthodologie : Deux voies d’étude seront proposées. (1) Récupérer dans les banques de données génétiques internationales tous les transcriptomes issus d’animaux prélevés dans cette région d’Afrique centrale pour rechercher des séquences “HDV-Like”. (2) Collaborer avec l’Institut de Recherche et Développement (IRD) de Montpellier et le Centre International de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF) au Gabon, afin de travailler sur leurs collections d’échantillons d’animaux d’Afrique centrale déjà disponibles et représentant près de 8 000 échantillons. Ces échantillons seront analysés par PCR conventionnelle pour la présence du HBV et du HDV suivi d’un séquençage des amplicons pour confirmation et analyses phylogénétiques. Les génomes complets de nouveaux virus HDV-like seront séquencés par approche métagénomique.

Résultats attendus : En mettant en évidence des séquences génétiques de “HDV-Like” proches du HDV chez des animaux sauvages permettra de confirmer et de finaliser nos travaux sur l’origine du HDV. D’autre part, nous pourrons évaluer la prévalence de l’infection par un Hepadnavirus au sein d’une très large population animale en milieu naturel permettant ainsi de mieux comprendre la transmission potentielle inter-espèces des 2 virus HBV/HDV et de leur co-évolution. Les résultats de cette étude permettront une meilleure compréhension de l’épidémiologie actuelle du HDV chez l’homme, incitant ainsi à rechercher la présence de cette infection dans des zones géographiques encore non explorées.

Considérations éthiques : Ce travail sera réalisé sur des collections rétrospectives d’échantillons d’animaux ne nécessitant pas de considération éthique.

La thérapie antirétrovirale (ART) supprime efficacement la réplication du VIH mais ne permet pas d’éradiquer les cellules infectées, entraînant un rebond viral rapide lors de l’interruption du traitement. Toutefois, un sous-groupe d’individus est capable de maintenir un contrôle viral durable en l’absence de traitement, démontrant que la rémission du VIH peut être obtenue grâce aux mécanismes immunitaires de l’hôte plutôt que par une élimination complète du virus. De nombreuses données issues de l’étude des contrôleurs du VIH et des modèles d’infection par le virus de l’immunodéficience simienne (SIV) impliquent les lymphocytes T CD8⁺ spécifiques du VIH-1 comme des médiateurs clés de ce contrôle. De manière importante, l’immunité protectrice est associée aux caractéristiques qualitatives des lymphocytes T CD8⁺, telles que la capacité proliférative, la fonction effectrice cytotoxique et la différenciation de type mémoire, plutôt qu’à l’ampleur globale de la réponse. Ces cellules sont capables de se multiplier tout en réacquérant des fonctions effectrices.

Des travaux récents de nos équipes montrent que, chez une fraction des personnes vivant avec le VIH (PVVIH), y compris les contrôleurs post-traitement ou les individus sous ART à long terme, les lymphocytes T CD8⁺ spécifiques du VIH acquièrent des propriétés de type « stem-like », suggérant que le destin des lymphocytes T CD8⁺ demeure malléable dans certaines conditions. Ces observations suggèrent que certaines PVVIH pourraient conserver la capacité de générer ou de reprogrammer des réponses effectrices de lymphocytes T CD8⁺ spécifiques du VIH si elles sont stimulées de manière appropriée. Notre projet vise à apporter une preuve de concept pour l’induction interventionnelle de lymphocytes T CD8⁺ spécifiques du VIH-1 efficaces chez des PVVIH traitées, en adaptant les stratégies à différents contextes immunologiques, avec un potentiel translationnel direct pour le contrôle du VIH-1 après interruption de l’ART.

Les objectifs de ce projet sont triples. Premièrement, nous caractériserons de manière systématique le paysage fonctionnel des lymphocytes T CD8⁺ spécifiques du VIH-1 chez des PVVIH sous ART, stratifiées selon le moment d’initiation du traitement et sa durée. À partir de cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) issues de cohortes cliniques bien caractérisées, les lymphocytes T CD8⁺ spécifiques du VIH seront quantifiés et analysés fonctionnellement ex vivo par expansion induite par peptides et par cytométrie en flux multiparamétrique.

Deuxièmement, nous mettrons en œuvre des approches d’immunomonitoring approfondies chez des PVVIH traitées afin d’identifier des biomarqueurs associés à des réponses efficaces de lymphocytes T CD8⁺ spécifiques du VIH. Ces travaux permettront d’apporter de nouveaux éclairages sur les mécanismes impliqués dans l’induction et le maintien d’une immunité T CD8⁺ capable de contrôler le virus, et faciliteront l’identification et la stratification des PVVIH éligibles à des interventions immunitaires personnalisées.

Troisièmement, nous définirons, au moyen d’expérimentations in vitro, des stratégies de priming et de boosting dépendantes d’adjuvants, adaptées à différents scénarios immunologiques, notamment la présence, l’absence ou la dysfonction de lymphocytes T CD8⁺ spécifiques du VIH préexistants. Des systèmes de stimulation in vitro basés sur différents scénarios seront utilisés pour disséquer les exigences nécessaires au priming de novo ou aux réponses de rappel, notamment par l’utilisation d’agonistes de l’immunité innée tels que des ligands de STING et des récepteurs Toll-like (TLR). Nous évaluerons également des plateformes vaccinales cliniquement pertinentes à base d’ARNm encapsulé dans des nanoparticules lipidiques (ARNm-LNP) codant des antigènes du VIH, avec ou sans composants immunomodulateurs, afin d’analyser leur capacité à induire des réponses efficaces de lymphocytes T CD8⁺ spécifiques du VIH.

Dans son ensemble, ce projet vise à établir un cadre rationnel pour la conception d’immunothérapies de nouvelle génération destinées à favoriser une rémission durable du VIH chez des PVVIH sous ART bien caractérisées.