Winning projects and candidates

Dans le monde, 115 millions de personnes sont infectées par le virus de l’hépatite C (VHC), dont 80% sont atteints d’une infection chronique. En outre, le fardeau du VHC est porté essentiellement par les pays à ressources limitées. L’arrivée des antiviraux à action directe (AAD) en 2014 rend possible l’objectif d’élimination du VHC.

Le Vietnam est l’un des pays avec la plus forte prévalence du VHC, celle-ci étant particulièrement élevée chez les patients infectés par le VIH et chez les usagers de drogues injectables (UDI). Il reste des obstacles pour l’accès aux outils diagnostics et au traitement dans certains contextes. Toutefois, avec la contribution du Fonds Mondial, l’accès aux AAD est gratuite pour les patients coinfectés par le VIH et le VHC, mais uniquement dans certains sites cliniques présélectionnés. Le projet MOVIDA Hep 2 (financé par l’ANRS-MIE) est une étude de cohorte implémentée au Nord du Vietnam, évaluant l’accès au traitement par DAA chez les patients coinfectés par le VIH et le VHC, et utilisant les prélèvements de sang sur papier buvard (DBS ou dried blood spots) pour permettre la mesure de la charge virale VHC en routine. L’objectif principal de l’étude MOVIDA Hep 2 est de comparer la compliance au traitement par AAD entre les sujets qui sont suivis dans les sites cliniques avec et sans accès aux AAD.

Le succès du traitement par AAD nécessite une bonne compliance aux soins et une bonne observance au traitement, ainsi que l’adoption de mesures de prévention pour éviter la réinfection par le VHC. Les études récentes en science sociale ont porté sur le cout et les bénéfices du traitement du VHC, et sur l’évaluation de modèles d’intégration des soins pour les UDI. Peu d’étude qualitative ont exploré les programmes implémentés en zones rurales décentralisées au Vietnam. 

La présente étude est l’opportunité d’ajouter une composante qualitative au projet MOVIDA Hep 2 afin de mieux appréhender l’expérience et la perception des soins et du traitement du VHC par une population coinfectée par le VIH et le VHC en zone décentralisée au Vietnam. Une meilleure compréhension des relations synergiques entre la perception de la maladie (hépatite C, les comorbidités, le VIH), le corps et la guérison peut aider à la préparation ou amélioration des programmes d’accès aux soins et au traitement contre le VHC dans ce contexte au Vietnam, où l’accès aux soins peut rester difficile. Cette évaluation qualitative ne s’intéressera pas seulement aux patients, mais aussi au personnel médical pour mieux comprendre comment les soins du VHC a modifié leurs activités, et possiblement comment mieux intégrer ces activités dans leur quotidien.

L’hépatite B chronique (HBC) est un problème majeur de santé publique affectant 300 millions d’individus de par le monde et est la cause majeure de l’insuffisance hépatique, de la cirrhose et du carcinome hépatocellulaire. En raison de la persistance de l’ADN circulaire clos de façon covalente (ADNccc) du virus de l’hépatite B (VHB), une guérison complète par les traitements actuels n’est pas possible. De nouvelles stratégies sont requises pour le traitement du VHB, incluant l’identification de biomarqueurs sériques représentatifs de l’activité de la molécule d’ADNccc intrahépatique, afin d’améliorer la prise en charge des patients et le développement de nouveaux traitements antiviraux. De nombreuses données convergent vers l’idée que les ARN circulant du VHB (cirB-ARN) pourraient servir de biomarqueurs sériques de l’infection par le VHB, de son traitement et de son pronostic. En revanche, la nature de ces ARNs et des particules les contenant in vivo et in vitro font actuellement l’objet de débat.

            Ce projet, destiné à financer la thèse de doctorat associée, ambitionne de profiler les protéines associées aux vésicules extracellulaires sécrétées dans des hépatocytes infectés ou non par le VHB, dans des échantillons de patients chroniquement infectés, et d’évaluer l’effet de traitements par analogues de nucléot(s)ides sur le protéome sécrété. Cela permettra la génération d’un jeu de donnée sans précédent qui orientera le choix de protéines cibles pour une analyse mécanistique en profondeur. Une meilleure connaissance des mécanismes contrôlant la sécrétion des ARNs d’HBV selon les phases de l’hépatite B chronique aidera à comprendre la valeur diagnostique du biomarqueur et participera au développement d’outils de diagnostic dédiés.

Contexte

L’histoplasmose, la talaromycose et la cryptococcose sont des infections fongiques invasives (IFI) graves chez les patients vivants avec le VIH à un stade avancé. Bien que ces agents pathogènes soient probablement endémiques au Cambodge, peu ou pas de données sont disponibles, en particulier pour l’histoplasmose et la talaromycose. La méconnaissance de ces infections et la disponibilité insuffisante de méthodes diagnostiques fiables conduisent à un retard de diagnostic et donc de traitement spécifique, responsable d’une mobi-mortalité excessive. Ces dernières années, les méthodes antigéniques et moléculaires sont apparues comme des outils prometteurs pour le diagnostic rapide des infections fongiques invasives. Notre objectif principal est d’évaluer, à l’aide de ces nouvelles méthodes, la prévalence de ces infections chez les patients atteints d’une maladie VIH avancée au Cambodge. Ce travail de recherche sera associé à un renforcement des capacités cambodgiennes en termes de transfert de compétence d’outils diagnostic simple des IFI et de formations clinique des acteurs de soins locaux sur les IFI.

Méthodes

C’est une étude rétrospective avec analyses sur une biobanque. Nous utiliserons les échantillons de l’étude STATIS, une étude sur la prise en charge diagnostique de la tuberculose menée chez 199 patients cambodgiens vivants avec le VIH avec des avancé (lymphocytes T CD4+ <100/mm3). Nous réaliserons d’abord des tests antigéniques spécifiques pour chaque pathogène. Comme la réactivité croisée de ces tests entre l’histoplasmose et la talaromycose est inconnue, nous confirmerons les résultats positifs par une PCR quantitative spécifique. Nous organiserons un atelier de formation au laboratoire pour initier l’équipe à l’utilisation du test et pour mettre en place un programme de formation, ainsi qu’un atelier de formation clinique pour les cliniciens en charge de patients à risque de mycoses invasives dans les hôpitaux de Phnom Penh.

Résultats attendus et perspectives

Ce projet fournira les premières données sur la prévalence de l’histoplasmose et de la talaromycose chez les patients vivants avec le VIH à un stade avancé au Cambodge. Cette étude permettra également de sensibiliser les acteurs locaux à ces diagnostics différentiels de la tuberculose ainsi qu’à l’existence de coinfections. La formation des équipes locales aux nouvelles méthodes diagnostiques permettra de poursuivre les recherches sur ce problème de santé publique, notamment par des études prospectives sur les infections fongiques invasives au Cambodge.

Les rétrovirus humains HTLV-1 et HIV-1 possèdent la particularité de se transmettre de façon très efficace par contacts entre les cellules infectées productrices de virus et les cellules cibles. Ce mécanisme reste un processus mal connu, alors qu’il est non négligeable dans le cycle des rétrovirus. En effet, il permet (i) d’éviter ou de limiter la neutralisation par le système immunitaire et (ii) de réduire la vitesse de diffusion du virus dans les milieux extracellulaires avant l’attachement aux cellules cibles et (iii) augmente la quantité de virus délivré dans les cellules cibles. De plus, ce processus de transmission virale échappe aux mécanismes de restriction cellulaires ainsi qu’à l’action des antiviraux. Il est donc crucial de mieux caractériser la transmission virale après contact cellulaire pour pouvoir mieux contrôler la dissémination virale.

Trois voies de transfert des particules virales ont été décrites pour les rétrovirus HIV-1 et HTLV-1 : (i) la synapse virologique, (ii) la formation de conduits intercellulaires et (iii) le transfert de particules virales stockées au niveau d’agrégats extracellulaires adhésifs à la surface des cellules infectées, ou biofilms viraux. Des études récentes montrent que le biofilm viral est polarisé, et que le maintien de cette polarité est déterminant pour l’infection des cellules cibles lors du contact cellule-cellule. Les protéines cellulaires responsables du maintien de cette polarisation et leur implication dans l’assemblage des virions et leur transfert aux cellules cibles ne sont pas totalement identifiées, ni pour les biofilm de HTLV-1 ni pour ceux de HIV-1 décrits plus récemment. Lors d’un précèdent projet financé par l’ANRS, nous avons identifié que la tétraspanine CD82 et la cavéoline sont responsables du maintien de la polarisation du biofilm de HTLV-1 et de sa capacité infectieuse. Pour HIV-1, seul le collagène a été identifié comme important pour le maintien de la polarisation. Nous souhaitons donc dans ce projet de recherche poursuivre la caractérisation des biofilms de HIV-1 et HTLV-1 afin d’identifier les constituants cellulaires responsables des plateformes polarisées d’assemblage des virions et déterminer comment ces plateformes macromoléculaires participent à la transmission virale. En réalisant ces études en parallèle sur des cellules infectées par HIV-1 et par HTLV-1, nous pourrons comparer la structure, la composition moléculaire, les propriétés physiques des biofilms rétroviraux et identifier les mécanismes moléculaires responsables de la transmission des biofilms HTLV-1 et HIV-1 à l’infection des lymphocytes T CD4 cibles.

Nous utiliserons pour cela des approches innovantes d’imagerie de pointe, (microscopie à fluorescence haute résolution, microscopie à force atomique, microscopie électronique à balayage) combinées à des techniques de virologie moléculaire (modification des protéines virales) et de biologie cellulaire (invalidation génétique des constituants des biofilms, analyse des complexes macromoléculaires, mesure de la transmission virale).

Nous anticipons que nos résultats permettront des avancées majeures dans la compréhension des mécanismes de transmission virale par contact cellulaires, tout comme l’a été la découverte pionnière de la synapse virologique formée par les cellules infectées par HTLV-1, mécanisme ensuite également démontré comme responsable de la transmission de HIV-1 par contact cellulaire. A plus long terme, nos résultats pourront ouvrir de nouvelles perspectives thérapeutiques en ciblant par exemple les voies de biogénèse des biofilms, leur mobilité à la surface des cellules infectées ou les composants (protéiques ou lipidiques) responsables de leur transmission d’une cellule infectée à sa cible.

L’une des stratégies pour mettre fin à la tuberculose consisterait à empêcher l’implantation du bacille tuberculeux, M. tuberculosis chez son hôte, lorsque le bacille atteint les alvéoles pulmonaires et qu’il rencontre son hôte privilégié, la macrophage. Cette étape est essentielle car elle conditionne la mise en place de la réponse immunitaire innée et le devenir de l’infection mais sa physiopathologie est mal connue, en particulier dans le contexte d’une infection in vivo. Les intégrines sont des récepteurs membranaires qui constituent une famille importante de molécules d’adhésion largement exprimées dans les cellules immunitaires des poumons. Il est de plus en plus évident qu’elles jouent un rôle complexe dans la réponse immunitaire innée dirigée contre différents pathogènes pulmonaires. Des preuves in vitro soutiennent l’hypothèse selon laquelle M. tuberculosis infecte les macrophages en empruntant des intégrines exprimés à la surface des cellules. Cependant, leur contribution à l’infection tuberculeuse n’est pas démontrée, notamment lorsque le bacille tuberculeux rencontre le macrophage dans l’espace alvéolaire. Le projet IntAMTB vise à explorer si les intégrines des macrophages alvéolaires contribuent au devenir de M. tuberculosis dans l’environnement des alvéoles pulmonaires, lorsque la bactérie infecte les macrophages et exploite la cellule pour se répliquer et se propager à d’autres sous-populations de cellules immunitaires. La stratégie repose sur les propriétés d’activation « inside-out » des intégrines en réponse à des stimuli environnants. Ces stimuli induisent des signaux intracellulaires et favorisent le passage de l’intégrine d’un état inactif à un état actif de haute affinité pour son ligand. Nous avons développé une approche génétique innovante chez la souris qui consiste à cibler le régulateurs connus de cette activation dans les macrophages alvéolaires et prévenir ainsi l’activation de leur intégrines. L’utilisation de ces modèles permettra : 1) d’examiner si les intégrines des macrophages alvéolaires contribuent à la charge bactérienne dans les poumons de souris infectées par M. tuberculosis puis 2) d’examiner au sein des alvéoles si ces intégrines sont nécessaires à l’infection des macrophages alvéolaires par M. tuberculosis et à la propagation du bacille aux autres cellules immunitaires. Le projet IntAMTB apportera la preuve de concept que l’activation des intégrines façonne les toutes premières étapes de l’infection par M. tuberculosis. Sachant que l’immunité innée précoce influence le recrutement ultérieur des cellules innées et par conséquent la réponse immunitaire adaptative à la tuberculose, comprendre comment les macrophages alvéolaires gèrent l’infection par M. tuberculosis pourrait présenter un intérêt thérapeutique. Nous disposons des outils génétiques, qui évoluent en permanence, pour progresser dans la compréhension des voies d’activation des intégrines et pour identifier de nouvelles cibles pharmacologiques. L’étude des intégrines pourra être élargie à d’autres fonctions des macrophages telle que la migration ou à d’autres cellules myéloïdes impliquées dans la tuberculose.