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Contexte. Les traitements de dernière génération de l’hépatite C chronique sont très efficaces avec une réponse virologique soutenue (RVS) obtenue dans plus de 95% des cas. La RVS est associée à une amélioration du pronostic mais le risque de complication hépatique (risque résiduel) ne devient pas pour autant nul. Le sous-groupe de patients pour lesquels le suivi spécialisé après la RVS est toujours nécessaire doit être mieux défini, de même que les modalités de ce suivi. Chez les patients cirrhotiques de la cohorte CirVir, la présence d’un syndrome métabolique augmente le risque de carcinome hépatocellulaire après la RVS. Dans cette même cohorte, nos données préliminaires montrent que l’évolution de marqueurs biologiques simples (ASAT, ALAT, plaquettes) après la RVS est corrélée au risque de complication hépatique. Ces résultats suggèrent qu’il est possible de modéliser le risque résiduel hépatique après la RVS à l’aide de l’évolution de paramètres simples et de la présence des comorbidités. La cohorte Hepather représente une opportunité unique de développer et valider une telle modélisation dans une très large cohorte multicentrique nationale de la « vraie vie », permettant ainsi d’obtenir des résultats très robustes avec un haut niveau de preuve scientifique.

Objectif principal. L’objectif principal de l’étude CORUSCANT est de modéliser le risque résiduel de complication hépatique (décompensation de cirrhose, carcinome hépatocellulaire, décès hépatique/transplantation hépatique) après l’éradication du virus de l’hépatite C à l’aide du profil évolutif de variables biologiques simples et de la présence des comorbidités hépatiques (consommation d’alcool, paramètres métaboliques). Une originalité sera de prendre en compte le profil évolutif des paramètres testés pour affiner la prédiction et obtenir un modèle performant.

Objectifs secondaires.  Evaluer l’évolution des comorbidités hépatiques (consommation d’alcool, paramètres métaboliques) avant et après l’éradication du virus de l’hépatite C. Déterminer le risque de survenue de complication hépatique en fonction de l’évolution au long cours des comorbidités hépatiques après l’éradication du virus de l’hépatite C

Méthodes. L’étude CORUSCANT ne nécessite que les données déjà disponibles dans l’eCRF de la cohorte Hepather, aucun recueil ni dosage sur sérothèque supplémentaire n’est nécessaire. Les données requises pour l’étude CORUSCANT incluent : les données cliniques et biologiques à baseline et au cours du suivi (consommation d’alcool, paramètres du syndrome métabolique, biologie simple), ainsi que les événements cliniques au cours du suivi (ascite, infection du liquide d’ascite, syndrome hépatorénal, encéphalopathie hépatique, apparition de varices intestinales à risque hémorragique, hémorragie digestive par rupture de varice intestinale, carcinome hépatocellulaire, transplantation hépatique, décès et cause du décès).

La population sera divisée en deux groupes : dérivation et validation. Nous réaliserons dans le groupe de dérivation une modélisation conjointe des données longitudinales et de temps d’événement dans un modèle multi-états. Une étude de calibration, et une validation interne par live one out seront également réalisées. Le développement du modèle se fera en suivant les guidelines TRIPOD. Des études de discrimination et de calibration seront ensuite effectuées dans le groupe de validation pour valider le modèle. Enfin, une application web via Rshiny sera développée pour permettre aux cliniciens d’utiliser ce modèle en pratique clinique.

Retombées. Notre approche va permettre de développer et valider un modèle décrivant l’histoire naturelle de la maladie après l’éradication du virus de l’hépatite C, et ainsi le risque individuel de complication hépatique après la guérison virale (exprimés en pourcentage à différents temps t). Un tel outil sera très utile en pratique clinique pour rationaliser la prise en charge des patients après l’éradication du virus de l’hépatite C (médecine personnalisée) et optimiser l’utilisation des ressources humaines et matérielles de notre système de santé.

La tuberculose (TB) demeure l’une des maladies infectieuses les plus meurtrières au monde, et l’émergence de souches de Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) résistantes aux antibiotiques compromet l’efficacité des traitements actuels. De nouvelles stratégies thérapeutiques sont donc nécessaires. Au cours de l’infection, M. tuberculosis est soumise à un stress génotoxique généré par la réponse immunitaire de l’hôte et l’exposition aux antibiotiques. Pour survivre, la bactérie mobilise des mécanismes de réparation de l’ADN qui, tout en préservant l’intégrité du génome, favorisent l’émergence de résistances par leur activité mutagène. Pourtant, ces voies restent encore mal caractérisées et largement sous-exploitées comme cibles thérapeutiques. De plus, les processus moléculaires par lesquels le système immunitaire de l’hôte endommage l’ADN de M. tuberculosis sont toujours inconnus.

Le projet d’initiation TB-DNABREAK propose de tester si l’inhibition des voies de réparation de l’ADN de M. tuberculosis, combinée à l’induction du stress génotoxique induit par l’hôte, peut ouvrir la voie à une nouvelle approche thérapeutique innovante. Deux objectifs complémentaires seront menés : (i) développer une stratégie de criblage en cellule entière pour identifier de petites molécules inhibitrices de voies de réparation de l’ADN chez M. tuberculosis et (ii) exploiter une souche rapporteur de mycobactérie permettant de détecter les dommages à l’ADN subis par le pathogène au sein de l’hôte et de réaliser un criblage pilote de composés amplifiant les réponses génotoxiques immunitaires.

Le projet s’appuiera sur des approches de génétique moléculaire, des systèmes fluorescents innovants et du criblage à haut débit de petites molécules. La méthode de split-GFP bipartite sera utilisée pour détecter des interactions protéiques clés de la réparation de l’ADN et identifier des inhibiteurs, tandis qu’une souche rapporteur fluorescente de mycobactérie permettra de visualiser les lésions de l’ADN subies par la bactérie aussi bien in vitro que lors de l’infection et permettra un premier crible de petites molécules activatrices de la génotoxicité générée par l’hôte.

Durant une année, ce projet d’initiation fournira des outils et des preuves de concept importants : un outil de criblage de molécules inhibitrices de la réparation de l’ADN chez M. tuberculosis, une souche rapporteur mycobactérienne pour la détection des dommages génotoxiques subis lors de l’infection, et de premières molécules candidates ciblant les voies de réparation bactériennes ou la réponse génotoxique de l’hôte. Ces avancées établiront les bases d’approches thérapeutiques anti-tuberculeuses innovantes, pensées pour maximiser l’élimination du pathogène tout en limitant l’acquisition de résistances aux antibiotiques.

Les déficits immunitaires primitifs (DIPs) consistent en un large éventail de maladies héréditaires provoquant une susceptibilité infectieuse. Outre les infections, des manifestations dys-immunes mal-définies, telles qu’une lymphoprolifération chronique, la survenue d’une auto-immunité ou des manifestations inflammatoires de divers organes, y compris du foie, sont fréquentes. Ces hépatites chroniques représentent un problème médical sérieux, souvent diagnostiqués tardivement car évoluant de façon indolente. L’hyperplasie nodulaire régénérative (HNR) définie par une transformation nodulaire du parenchyme hépatique avec une infiltration fréquente de cellules T CD8+ intra-lobulaires fait partie du spectre des complications hépatiques dys-immunes dont la physiopathologie n’est pas bien définie. Elles surviennent de façon fréquentes chez les patients avec déficit humoral et en particulier les patients avec déficit immunitaire commune variable (DICV). Nous avons récemment décrit une pathologie hépatique similaire chez des patients atteints de déficit immunitaire combiné sévère ayant bénéficié d’une greffe de cellules souches hématopoïétiques (GCSH) ou d’une thérapie génique (GT). Par diverses études OMICs (séquençage métagénomique de nouvelle génération (mNGS), phénotypage par cytométrie de masse (CyTOF), séquençage de l’ARN en cellule unique), nous avons montré que cette pathologie était associée à i) une infection chronique à virus entérique (virus Aichi, Norovirus, Sapovirus) ii) une infiltration de cellules T CD8+ intra-lobulaire dans le foie et des images d’HNR iii) une expansion de cellules effectrices mémoires T CD8+ activées, non cytotoxiques, non épuisées iv) une forte signature interféron de type I et II retrouvées au niveau des leucocytes circulants et v) un déficit humoral persistant. Enfin, nous avons montré que cette pathologie, que nous avons appelée EVAH (enteric viral-associated hepatitis), était réversible après une seconde GCSH concomitante à l’élimination virale et la reconstitution immunitaire. Nous faisons l’hypothèse qu’un processus similaire pourrait expliquer les maladies hépatiques, y compris l’HNR, qui surviennent dans d’autres DIPs et en particulier dans les déficits en anticorps (DICV, agammaglobulinémie liée à l’X, déficits immunitaires combinés mais aussi déficits humoral acquis dans le cadre de thérapeutique immunosuppressive).  Dans le cadre du projet EVAHDAR, nous souhaitons apporter une description détaillée de l’EVAH avec 3 objectifs i) évaluer les patients à risque de développer cette complication dans les déficits humoraux héréditaires et acquis en recherchant les virus entériques à l’aide du mNGS (dans les selles, l’urine, le plasma et les biopsies d’organes le cas échéant), dans un grand groupe de patients présentant des signes compatibles d’EVAH et de patients asymptomatiques homologues (individus avec DIPs appariés EVAH-) ii) déterminer la relation de cause à effet entre la maladie hépatique et l’infection chronique par un virus entérique par la détection in situ du virus (hybridation in situ et/ou immunohistochimie) et l’évaluation de la spécificité des cellules T CD8+ anti-virales iii) caractériser les cellules T CD8+ et les autres sous-populations leucocytaires en réalisant un phénotypage immunitaire approfondi par CyTOF chez tous les patients EVAH+ et les individus EVAH- appariés et en réalisant un transcriptome sur lymphocytes T CD8+ triés de patients EVAH+, d’individus PIDs appariés et de contrôles sains. En conclusion, EVAHDAR aidera à décrypter la physiopathologie de la maladie hépatique chez les patients présentant des déficits en anticorps, à établir le lien avec l’infection chronique par un virus entérique et à ouvrir la voie à de futurs traitements.

Le virus de l’hépatite B (VHB) utilise le transporteur de sels biliaires NTCP comme récepteur d’entrée cellulaire. La longue protéine d’enveloppe du VHB (LHB) reconnaît sélectivement le NTCP humain à la surface de l’hépatocyte. Ce processus de reconnaissance moléculaire est au cœur du mécanisme d’entrée du VHB dans les cellules cibles, car il permet la spécificité hôte-virus, le tropisme hépatique et la fusion avec la membrane de la cellule hôte. De plus, le LHB exprimé à la surface du virus contient le domaine antigénique majeur ciblé par les anticorps neutralisants induits par la vaccination ou l’infection. Malgré le rôle clé du LHB dans les étapes d’entrée du cycle viral, ainsi que dans le développement de vaccins et d’immunothérapies, les mécanismes moléculaires précis impliqués dans la reconnaissance du NTCP et des processus de neutralisation par les anticorps anti-LHB restent mal compris.

Dans ce projet, nous visons à comprendre les mécanismes de reconnaissance du LHB par le récepteur NTCP et les anticorps neutralisants à un niveau moléculaire et atomique. Nous adopterons une approche multidisciplinaire qui combine des analyses structurales, biophysiques, fonctionnelles et de biologie cellulaire. En utilisant des techniques de cryo-microscopie électronique, nous déterminerons les structures de du LHB dans des complexes avec le NTCP, ainsi qu’avec des anticorps humains neutralisants le VHB clonés à partir de donneurs immuns. De plus, nous utiliserons des tests fonctionnels pour mieux comprendre et vérifier dans un contexte cellulaire les mécanismes identifiés à partir des structures tridimensionnelles.

La faisabilité de ce projet ambitieux repose sur un consortium de collaborateurs internationaux ayant des expertises complémentaires dans tous les aspects scientifiques et techniques du projet, ainsi que sur de solides résultats préliminaires qui démontrent notre capacité à surmonter d’importants jalons expérimentaux pour atteindre nos objectifs.

Les résultats de notre projet fourniront une compréhension au niveau atomique des premières étapes du cycle d’infection du VHB et du virus satellite de l’hépatite Delta. Il est important de noter que les structures du LHB dans des complexes avec des fragments d’anticorps neutralisants humains aideront à définir les sites/épitopes neutralisants et à identifier les mécanismes moléculaires précis de la neutralisation virale par ces anticorps. Ce projet, et les résultats qui en découleront ont donc des implications majeures pour l’optimisation des immunogènes et l’amélioration de l’efficacité des vaccins, ainsi que pour aider à la conception rationnelle de immunothérapies antivirales basées sur les anticorps monoclonaux.