Winning projects and candidates

De nombreuses études ont montré que le niveau de méthylation de certains marqueurs du génome de l’hôte était associé à la sévérité des lésions cervicales HPV-induites. Le projet MethAID vise à évaluer la faisabilité et la valeur prédictive de l’analyse de marqueurs de méthylation de l’ADN de l’hôte sur auto-prélèvements vaginaux (APV) dans le cadre du dépistage du cancer du col de l’utérus chez des patientes atteintes de maladies auto-immunes (MAI), souvent immunodéprimées du fait de leur pathologie ou de leurs traitements immunosuppresseurs.

Objectifs principaux et secondaires

L’objectif principal est de déterminer le caractère prédictif du niveau de méthylation de gènes spécifiques (FAM19A4, miR124-2) pour la sévérité des lésions cervicales précancéreuses.
Les objectifs secondaires incluent :

• l’automatisation de l’analyse des marqueurs de méthylation sur APV
• la caractérisation du niveau basal de méthylation dans cette population particulière
• la comparaison de la performance de ces marqueurs aux techniques conventionnelles (cytologie, typage HPV)
• l’évaluation de leur pertinence en dépistage primaire ou en outil de triage après test HPV

Contexte scientifique

Les femmes atteintes de MAI présentent un surrisque majeur de cancers HPV-induits. Ce risque est multiplié par 8,7 dans le lupus érythémateux systémique (LES) pour les lésions de haut grade et par 4 pour le cancer invasif. Des risques accrus sont également observés dans la polyarthrite rhumatoïde. Par ailleurs, l’adhésion au dépistage est souvent insuffisante dans cette population (≈ 50 % de patientes à jour).

Les APV représentent une alternative intéressante au frottis cervico-utérin (FCU) classique, en améliorant l’accessibilité et l’acceptabilité du dépistage. Toutefois, ils ne permettent pas d’analyse cytologique réflexe en cas de test HPV positif, générant un parcours plus complexe pour les patientes. L’ajout de marqueurs de méthylation automatisés sur APV constituerait donc une avancée majeure, permettant de limiter le recours itératif aux colposcopies tout en rassurant les patientes.

Hypothèses de travail

• Le niveau de méthylation mesuré sur APV est corrélé à la sévérité des lésions cervicales
• L’automatisation de ces tests est techniquement réalisable et indispensable à une intégration en dépistage de masse
• Les seuils de méthylation observés en population générale pourraient ne pas être applicables aux patientes atteintes de MAI, nécessitant une réévaluation spécifique

Méthodologie

L’étude MethAID est conçue comme une étude ancillaire de la cohorte APOSY (276 patientes, Hôpital Bichat-Claude Bernard), qui documente la prévalence et la persistance des infections HPV dans les MAI.

Au total, 381 prélèvements APV seront analysés :

• 276 à l’inclusion (dont 55 HPV-HR positifs),
• 50 en double analyse manuelle vs automatisée,
• 55 issus du suivi à 1 an pour évaluer la persistance virale et la dynamique des marqueurs de méthylation.

Les données de méthylation seront exprimées en log2(Ct ratio), comparées aux résultats virologiques et cytologiques, puis intégrées dans des modèles statistiques uni- et multivariés (tests de Wilcoxon, modèles de Cox).

Aspects éthiques

Le protocole respecte les dispositions approuvées par le CPP (NCT06302725, IRB Île-de-France XI), incluant la conservation des échantillons pour analyses ultérieures.

Retombées attendues

Le projet MethAID devrait :

• démontrer la faisabilité technique de l’automatisation de la méthylation sur APV
• fournir les premières données spécifiques aux patientes atteintes de MAI
• permettre de vérifier l’applicabilité des seuils de méthylation
• initier une stratégie innovante de dépistage personnalisé pour cette population à haut risque, réduisant les consultations inutiles et le stress lié aux résultats HPV positifs

Introduction

En France, 150 000 personnes vivent avec le VIH, dont 25% ont été diagnostiquées à un stade tardif de la maladie. Un diagnostic plus précoce permet d’améliorer la prise en charge de la maladie et de limiter sa propagation, mais suppose un dépistage plus systématique et ciblé sur les populations particulièrement touchées. Or, en France, d’après ONUSIDA, seuls 84% des personnes séropositives connaissent leur statut, 75% sont sous traitement antirétroviral et 68% ont une charge virale indétectable au seuil de 50 copies, alors que les objectifs sont que ces trois chiffres atteignent 90% en 2020. Les migrants sont particulièrement touchés par le VIH et les hépatites : En 2014, 48% des personnes diagnostiquées positives pour le VIH étaient nées à l’étranger, et l’enquête PARCOURS suggère que 58% étaient déjà infectés à leur arrivée. Les opportunités manquées de dépistage du VIH et des hépatites sont nombreuses et mettent en lumière la difficulté des patients et soignants à identifier les facteurs de risques et à aborder les questions de sexualité et de VIH et hépatites avec les migrants. A ces difficultés s’ajoute la barrière de la langue. Plusieurs études ont montré que les difficultés linguistiques des migrants sont un frein au test de dépistage du VIH ou des hépatites B et C, aussi du côté des soignants que du côté des migrants. Dans une PASS, une étude a révélé que 29.3% des patients ont besoin de traduction, et s’aident souvent de membres de leur famille, d’amis ou d’interprètes pour ce faire, ce qui peut compliquer l’abord de sujets sensibles et compromet la confidentialité de la rencontre.

Objectifs

Notre étude a pour objectif de développer une application multilingue et multiculturelle pour aider les soignants à proposer et expliquer le dépistage du VIH et des hépatites auprès du public allophone, et d’évaluer l’acceptabilité de cet outil et son impact en santé publique.

Méthodologie             

L’étude se déroule en trois étapes : le développement du concept, puis de l’application, et enfin son évaluation. Pour développer le concept, une étude qualitative sera menée auprès des soignants et des migrants pour cerner leurs attentes et leurs besoins, et pour recueillir des phrases-clés qui seront traduites incorporées à l’outil de dépistage. Dans le volet migrants, il s’agira aussi de chercher des moyens d’évaluer leur niveau de health literacy, de comprendre leur utilisation des moyens de traduction et leur position quant à la présence d’un interprète. En parallèle, une revue de la littérature sera menée puis un sondage Delphi auprès d’un large panel, pour sélectionner une banque d’items. L’outil sera développé avec l’aide de prestataires spécialisés en traduction avec adaptation culturelle. La maquette du projet sera testée en conditions réelles, suivis d’ajustements éventuels. L’évaluation de l’outil sera conduite à l’aide d’une étude randomisée en cluster à stepped wedges dans 16 centres proposant recevant des migrants et étant susceptibles de proposer des tests de dépistage. Les 16 centres cibles seront, à terme, couverts par le déploiement de cet outil. Les critères de jugement sont l’augmentation des propositions de dépistage, le nombre de cas positif dépistés et la satisfaction du personnel et des migrants.

L'enveloppe lipidique du virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) est obtenue lors du bourgeonnement à partir de la membrane plasmique (MP) des cellules hôtes infectées. La composition lipidique de la membrane virale
diffère de celle de la cellule productrice, étant enrichie de lipides spécifiques tels que la sphingomyéline (SM) et le phosphatidylinositol diphosphate (PI(4,5)P2). Ce résultat suggère que le virus bourgeonne à partir de domaines lipidiques spécifiques de la MP ou que le virus induit la formation de domaines lipidiques spécifiques. De plus en plus de preuves indiquent l'importance de la composition lipidique de la membrane du VIH-1 lors de l'entrée du virus et du
bourgeonnement. Le composant minimal requis pour l'assemblage du VIH-1 au niveau de la MP est la protéine virale Gag, car son expression est suffisante pour favoriser la formation de particules virales portant une enveloppe lipidique dérivée de la MP de la cellule hôte. Le ciblage de Gag vers la MP dépend de lipides chargés négativement, en particulier du phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PI(4,5)P2) ainsi que du Chol.
Dans la PM des cellules de mammifères, les lipides sont distribués de manière asymétrique : PI(4,5)P2, se trouve dans le feuillet interne tandis que SM est principalement situé dans le feuillet externe. Une question majeure dans l'assemblage du VIH-1 est de savoir comment la liaison de Gag au feuillet interne PI(4,5)P2 permet de recruter SM dans le feuillet externe. Récemment, nous avons examiné l'interaction de Gag avec SM et Chol dans la PM de cellules HeLa transfectées par Gag en utilisant des techniques avancées de microscopie quantitative en combinaison avec des sondes spécifiques aux lipides. Nos résultats indiquent une colocalisation transbicouche des domaines riches en Gag et en SM, une restriction induite par Gag de la mobilité des domaines endogènes riches en SM et une réorganisation des domaines riches en SM et en Chol d'une manière dépendante de l'oligomérisation et de la courbure de Gag.
Notre étude suggère que Gag lie, fusionne et réorganise les domaines lipidiques pendant l'assemblage. Dans ce projet, nous examinerons différents modèles qui expliquent l'enrichissement sélectif de SM et de Chol dans le VIH-1.
L'objectif spécifique de ce projet est de répondre aux questions suivantes :
1) La liaison de Gag modifie-t-elle les propriétés physiques des domaines riches en PI(4,5)P2 du feuillet interne, entraînant l'enrichissement de la SM dans le VIH-1 ?
2) La SM à très longue chaîne (C24) est-elle impliquée dans l'enrichissement de la SM dans le VIH-1 ? 

3) Le cholestérol est-il impliqué dans l'enrichissement de la SM dans le VIH-1 ?
4) L'inhibition d'une voie d'endocytose spécifique est-elle impliquée dans l'enrichissement de la SM dans le VIH-1 ?
Pour répondre à ces questions, nous réaliserons une série d'expériences de biologie cellulaire moléculaire et de biophysique en utilisant des techniques de microscopie avancées. Nous espérons que nos résultats révéleront les mécanismes moléculaires de la sélection de la SM du feuillet externe et du Chol par l'assemblage de Gag dans le feuillet interne de la PM. La compréhension du rôle des lipides dans l'assemblage de Gag fournira des informations fondamentales sur l'assemblage du virus VIH-1 pendant le bourgeonnement. Cette étude clarifiera également le rôle des propriétés physiques de la membrane sur le processus de bourgeonnement viral. Sur la base de nos résultats,
nous espérons que ce projet aboutira à la conception d'un nouveau type de médicaments anti-VIH ciblant les domaines lipidiques de l'hôte. La mutagenèse virale rapide et l'émergence de souches résistantes aux médicaments représentent un problème majeur pour l'efficacité et l'utilisation thérapeutique des réactifs antiviraux. Cibler les lipides de l'hôte qui ne sont pas affectés par la mutagenèse virale pourrait représenter une approche unique pour développer de nouveaux médicaments anti-VIH surmontant ces limitations. 

Les usagers de drogues (UD) constituent une population particulièrement à risque vis-à-vis de la transmission du VIH et des hépatites virales (VHC, VHB) et du COVID-19. Comme le VIH, le VHC se transmet essentiellement par le partage de seringues chez les UD. Néanmoins, le VHC se transmet plus facilement que le VIH, car il est plus résistant à la dessication, la prévalence du VHC est plus élevée chez les UD et il se transmet également par le biais du partage du petit matériel permettant l’injection tel que la cuiller/récipient, l’eau ou le filtre/coton. Au sein de la population des UD, la prévalence de l’hépatite C est encore aujourd’hui très élevée dans la majorité des pays pour lesquels des données de surveillance sont disponibles. L’hépatite C constitue donc un problème de santé majeur chez les UD et certaines populations comme les UD migrants sont particulièrement exposés. En France, les données de prévalence du VIH et du VHC chez les UD ont longtemps reposé sur des données déclaratives et porté sur des échantillons non aléatoires. L’enquête ANRS-Coquelicot constitue la seule enquête française réalisée à partir d’un échantillon aléatoire d’UD à l’aide d’un plan de sondage et du recueil de prélèvements biologiques, au niveau national. La mise en œuvre de cette méthodologie a permis d’améliorer les estimations de la séroprévalence du VIH et du VHC dans la population des UD pris en charge dans les dispositifs spécialisés.

 Les objectifs de l’étude sont les suivants :

• Capter une partie des UD habituellement non inclus dans les études en raison de leur non maitrise de la langue française, afin de pouvoir décrire les pratiques, les profils et l’état de santé des UD nés à l’étranger.
• Construire la cascade de prise en charge du VIH et du VHC pour la population des UD, à partir des données de dépistage, prise en charge, accès au traitement, guérison (pour le VHC) et charge virale indétectable (pour le VIH)
• Mieux connaître la perception, l’accès et l’observance vis-à-vis des nouveaux traitements de l’hépatite C chez les UD.
• Mieux connaître l’accès aux mesures de réduction des risques, identifier les éventuelles difficultés d’accès et les nouveaux besoins.
• Identifier les troubles de santé mentale auxquels est exposée la population des UD dans le but d’améliorer la connaissance des comorbidités psychiatriques, leur implication dans l’exposition au risque de transmission du VIH, VHC et VHB.  
• Décrire la situation des UD vis-à-vis du COVID-19 : exposition aux anticorps anti-Sars-Cov2, accès aux mesures de prévention et à la vaccination et appropriation.

Méthodologie : L’enquête ANRS-Coquelicot est une enquête épidémiologique transversale multicentrique et multisites, réalisée chez des UD ayant sniffé ou injecté au moins une fois dans leur vie. Une stratégie d’échantillonnage sera mise en œuvre afin d’accéder à une population d’UD représentative de la diversité des UD. Pour calculer un poids de sondage correct, la méthode généralisée du partage des poids (MGPP) sera utilisée. Un questionnaire socio-comportemental sera administré par un enquêteur et il sera proposé aux UD de réaliser un auto-prélèvement de sang au doigt sur papier buvard. Pour l’édition 2019, les UD migrants seront inclus dans l’enquête.

Retombées attendues : actualisation des connaissances en matière de comportements à risques, affinement des estimations de prévalence du VIH, VHC et VHB et d’incidence du VIH et du VHC et COVID-19 chez les UD, accès aux traitements permettant d’ajuster les actions de prévention et de disposer d’indicateurs pour évaluer leur impact.