Projets et candidats lauréats

Les rétrovirus humains HTLV-1 et HIV-1 possèdent la particularité de se transmettre de façon très efficace par contacts entre les cellules infectées productrices de virus et les cellules cibles. Ce mécanisme reste un processus mal connu, alors qu’il est non négligeable dans le cycle des rétrovirus. En effet, il permet (i) d’éviter ou de limiter la neutralisation par le système immunitaire et (ii) de réduire la vitesse de diffusion du virus dans les milieux extracellulaires avant l’attachement aux cellules cibles et (iii) augmente la quantité de virus délivré dans les cellules cibles. De plus, ce processus de transmission virale échappe aux mécanismes de restriction cellulaires ainsi qu’à l’action des antiviraux. Il est donc crucial de mieux caractériser la transmission virale après contact cellulaire pour pouvoir mieux contrôler la dissémination virale.

Deux voies de transfert des particules virales ont été décrites pour les rétrovirus HIV-1 et HTLV-1 : (i) la synapse virologique, et (ii) la formation de conduits intercellulaires. Une troisième voie a été plus récemment décrite pour HTLV-1 : elle implique la production de virions piégés dans des agrégats extracellulaires adhésifs, ou biofilms viraux, accumulés à la surface des cellules infectées. Lors d’un contact cellule-cellule, le biofilm de HTLV-1 adhère rapidement à la cellule cible ce qui permet un transfert rapide du virus, même lors d’un contact éphémère. HIV-1 est également rapidement transféré d’une cellule à une autre lors d’un contact cellulaire, nous faisons donc l’hypothèse que le virus HIV-1 est lui aussi capable de s’accumuler en surface des cellules infectées dans des structures assimilables à du biofilm viral, qui pourrait également participer à la transmission virale. Nous souhaitons donc dans ce projet de recherche capitaliser sur l’existence du biofilm de HTLV-1 pour caractériser le biofilm de HIV-1 puis comparer la structure, la composition moléculaire, les propriétés physiques des biofilms rétroviraux et identifier les mécanismes moléculaires responsables de la transmission des biofilms HTLV-1 et HIV-1 à l’infection des lymphocytes T CD4 cibles.

Nous utiliserons pour cela des approches innovantes d’imagerie de pointe, (microscopie à fluorescence haute résolution, microscopie à force atomique, microscopie électronique à balayage) combinées à des techniques de virologie moléculaire (modification des protéines virales) et de biologie cellulaire (invalidation génétique des constituants des biofilms, mesure de la transmission virale).

Nous anticipons que nos résultats permettront des avancées majeures dans la compréhension des mécanismes de transmission virale par contact cellulaires, tout comme l’a été la découverte pionnière de la synapse virologique formée par les cellules infectées par HTLV-1, mécanisme ensuite également démontré comme responsable de la transmission de HIV-1 par contact cellulaire. A plus long terme, nos résultats pourront ouvrir de nouvelles perspectives thérapeutiques en ciblant par exemple les voies de biogénèse des biofilms, leur mobilité à la surface des cellules infectées ou les composants (protéiques ou lipidiques) responsables de leur transmission d’une cellule infectée à sa cible.

Problématique et situation du sujet : La grossesse est une opportunité de dépistage du VIH qui ne profite actuellement qu’aux femmes, malgré les recommandations d’étendre le dépistage prénatal aux deux conjoints. En région parisienne, où l’incidence du VIH et la prévalence de l’épidémie cachée sont 2 à 10 fois supérieures aux taux nationaux, un dépistage prénatal élargi aux hommes permettrait de réduire le délai entre contamination et diagnostic des hommes hétéro ou bisexuels, de prévenir la survenue de primo-infections gravidiques et de lutter contre la stigmatisation qui pèse sur les femmes qui découvrent leur séropositivité pendant leur grossesse. La maternité du centre hospitalier intercommunal André Grégoire réalise plus de 4100 accouchements annuels, dont une trentaine chez des femmes séropositives pour le VIH ; environ 10 nouvelles séropositivités y sont découvertes chaque année par le biais du dépistage prénatal. Une intervention de dépistage ciblant les partenaires de ces femmes compléterait l’offre existante de dépistage volontariste, car elle permettrait d’atteindre des hommes qui ne font pas la démarche active d’une consultation au CeGIDD. 

Objectifs : L’objectif de cette première phase est d’évaluer la faisabilité et l’acceptabilité de l’offre de dépistage prénatal aux futurs pères, dans un contexte hospitalier. L’objectif de l’intervention sera ensuite de dépister un maximum d’hommes à l’occasion du moment symbolique de l’arrivée d’un enfant, en garantissant à la fois la confidentialité du statut sérologique de la femme enceinte et celle du résultat du test paternel.

Méthodes : Pendant 12 mois, nous allons proposer à tous les partenaires de femmes enceintes vues en consultation prénatale à la maternité de Montreuil un dépistage du VIH, selon trois modalités possibles : consultation au centre de santé sexuelle (CeGIDD), prise de sang au centre de prélèvements externes de l’hôpital, dépistage au sein de la maternité par un test rapide à orientation diagnostique (TROD).

Échéancier des travaux : début de la première phase en juin 2018 ; premier bilan à 12 mois en juin 2019.

Résultats attendus : L’intervention a vocation à s’étendre à d’autres centres avec, à terme, l’objectif d’un dépistage orienté vers le couple, systématiquement proposé par les praticiens de premier recours, en prénatal ou en début de grossesse.

En 2019, la population des enfants non infectés exposés au VIH (HEU) a atteint 15,2 millions. Cette population continuera à augmenter avec près d’un million d’enfants nés de mères infectées par le VIH chaque année. Les données récentes montrent que les HEU sont en moins bonne santé que les enfants non infectés et non exposés au VIH (HUU), sans que l’on en comprenne bien les mécanismes sous-jacents. La plupart des femmes vivant avec le VIH sont enceintes alors qu’elles suivent déjà un traitement antirétroviral, exposant ainsi les enfants HEU aux médicaments antirétroviraux maternels (ARV) et au VIH, de la conception à la naissance. Par la suite, les enfants HEU allaités continuent d’être exposés à la fois aux ARV maternels et au VIH par le lait maternel, et à leur propre régime ARV prophylactique. Cette situation a incité Powis et Siberry à plaider en faveur d’un suivi à long terme des enfants HEU, indépendamment de leur exposition au VIH/ARV.

De nombreuses déficiences chez les enfants HEU pourraient être liées à des dysfonctionnements mitochondriaux. Les signes cliniques des mitochondriopathies pédiatriques, principalement associés à des troubles neuromusculaires, neurologiques et au développement neurologique, dû à un déficit énergétique, pourrait recouper les dysfonctionnements observés chez les enfants HEU. De plus, l’exposition au VIH modifie l’activité mitochondriale et les ARV induisent une instabilité de l’ADNmt.

La génotoxicité mitochondriale a été étudiée chez les enfants HEU, les études se concentrant principalement sur le nombre de copies d’ADNmt par cellule (MCN). Ces études font état d’une diminution du nombre de MCN chez les enfants HEU par rapport aux enfants HUU. L’intégrité de la molécule d’ADNmt, des mutations ponctuelles et des grandes délétions (délétome), peut également être altérée dans le contexte de l’infection par le VIH, bien que les données pédiatriques soient rares et obtenues à partir de techniques non quantitatives.

Avec le Centre national de référence des maladies mitochondriales (Angers), nous avons eu accès à un outil de diagnostic robuste qui combinait une approche de séquençage de nouvelle génération et un algorithme original d’analyse des séquences. Dans une étude préliminaire, nous avons établi les profils du délétome et de mutations ponctuelles de l’ADNmt dans le sang total de 32 enfants HEU, à J7 post-partum. Nous avons observé que 24 des 32 enfants (75%) avaient des molécules d’ADNmt délétées, avec un taux d’hétéroplasmie, c’est-à-dire la coexistence de molécules d’ADNmt de type sauvage et de molécules d’ADNmt délétées au sein d’une cellule, de 0.26% (IQR 0.03-1.37). De plus, nous avons analysé 22 de ces enfants à l’age d’un an. Ils avaient tous reçu une monoprophylaxis pour mrévenir la transmission du VIH de la mère à l’enfant. Le nombre d’enfants ayant des molecules d’ADNmt délétées restait stable (n=15, 68%) avec un taux d’hétéroplasmie de 0.98% (IQR 0.23-4.332). Ces données conferment que ces molecules ne peuvent pas être réparées et peuvent s’accumuler tout au long de la vie. Il est nécessaire de procéder à une caractérisation complète de la génotoxicité mitochondriale chez les enfants HEU, qui tienne compte des expositions actuelles au VIH et aux ARV.

Le projet PROMISE-EPI de phase II/III recrute des paires mère-enfant pour évaluer une intervention de secours de PTME. Nos objectifs spécifiques visent à décrire la toxicité mitochondriale chez les enfants non exposés au VIH, non infectés et séropositifs au cours de la première année de vie, à évaluer la sécurité des différents régimes de PrEP et à déterminer si les délétions de l’ADN mitochondrial sont héritées verticalement ou acquises de novo après l’exposition.

La génotoxicité mitochondriale sera évaluée en mesurant le MCN, le délétome de l’ADNmt, le % d’hétérophasmie et la présence de mutations ponctuelles.

La sécurité est la priorité absolue pour les interventions de prévention visant un grand nombre de personnes. Bien que les effets néfastes à long terme de l’exposition aux ARV pour la PTME restent mal identifiés, ce projet contribuera à l’étude des mécanismes potentiels qui expliqueraient la santé des enfants HEU.

On estime à 15 à 20 millions le nombre de patients porteurs des virus des hépatites B (HBV) et delta (HDV) dans le monde. Encore mal connues, ces co-infections HDV/HBV sont responsables des formes les plus sévères d’hépatites aiguës mais surtout chroniques. Chez les patients souffrant d’hépatite B chronique, une superinfection par le virus delta peut entrainer jusqu’à 20% d’hépatites fulminantes possiblement fatales sous 2 à 10 jours en l’absence de transplantation hépatique. De plus, des études ont montré un risque 3 fois plus élevé de cancer du foie chez les patients infectés par les deux virus HDV/HBV comparé aux patients infectés par HBV seul. Cette gravité est majorée par l’absence de traitement spécifique validé, l’hépatite delta peut être considérée comme une maladie orpheline négligée.

Le bassin amazonien offre une possibilité unique d’étudier les co-infections HBV/HDV du fait de la très grande fréquence des 2 virus, et de la présence de variants spécifiques, en particulier une combinaison décrite comme très agressive de souches HBV de type F et HDV de type 3. Ces souches (ou génotypes) sont essentiellement présentes dans les populations Amérindiennes isolées mais se répandent également dans les zones urbaines du fait des migrations et mixages de population.

Ce projet s’appuie sur un LIA (Laboratoire International Associé) qui associe l’Inserm U1052 (F. Zoulim) et l’école de médecine universitaire de Salvador de Bahia (R Parana). L’objectif global de ce projet est d’étudier, grâce à de nouveaux outils, les aspects épidémiologiques, cliniques, immunologiques, thérapeutiques et moléculaires des co-infections HBV/HDV dans la région du Bassin Amazonien au Brésil, où la prévalence des co-infections est parmi les plus élevées au monde avec des aspects très sévères de la maladie, y compris chez les adolescents et les jeunes adultes.

Ce projet repose sur plusieurs approches. Tout d’abord, une étude clinico-épidémiologique pivot décrira les aspects cliniques, virologiques et l’histoire naturelle de co-infections en Amazonie, histoire qui ne s’applique pas seulement au Brésil mais aussi à d’autres pays qui ont des territoires en Amazonie. En parallèle, une revue systématique de la littérature sur la co-infection HBV/HDV dans le bassin amazonien (collaboration IARC et Brésil), permettra une mise en perspective des résultats. A cette étude Source, seront associées : 1) l’utilisation d’une série de marqueurs inflammatoires dans le sang pour évaluer la sévérité de la maladie du foie sans avoir recours à la biopsie (collaboration Inserm et Brésil) ; 2) l’implémentation d’une méthode quantitative innovante de détection du virus delta (mise au point à Lyon) dans les trois centres de référence pour les maladies du foie en Amazonie (collaboration Inserm et Brésil) ; 3) la synthèse des données de quantification virale et de typage des virus (par des méthodes novatrices et validées) avec les données clinico-épidémiologiques collectées au Brésil (collaboration IARC et Brésil) sera comparée avec les données publiées dans d’autres régions du monde pour tenter de mieux comprendre les facteurs qui influencent la sévérité et la progression de la maladie. 4) Les données thérapeutiques récentes de la plus grande efficacité du traitement combiné PegIFN/Entecavir dans les hépatites chroniques HBV F/ HDV 3 de Rondonia seront particulièrement étudiés comparé aux autres centres (Manaus et Rio Branco) Campos Salcedo, ALEH, 2018).

Contexte

Bien que la prophylaxie préexposition (PrEP) orale est recommandée chez les populations clés, la question de sa mise en œuvre opérationnelle reste à explorer en Afrique de l’Ouest, notamment chez les travailleuses du sexe (TS). Par ailleurs, d’autres formes de PrEP à longue durée d’action sont actuellement à l’étude, voire en phase de mise sur le marché (anneaux vaginaux, injections, implants) ; il est alors important d’anticiper leur arrivée et d’explorer leur pertinence pour les TS.

Le projet interdisciplinaire ANRS 12381 PRINCESSE, s’organisant autour d’une cohorte interventionnelle ouverte mono-bras de 500 TS, a pour objectif principal d’évaluer une offre de soins globale et communautaire auprès des TS dans la région de San Pedro, en Côte d’Ivoire. Le paquet de soins inclue la prise en charge du VIH (dépistage, prévention, PrEP orale, traitement) et de l’hépatite B (dépistage, vaccination, traitement), ainsi qu’une offre de soins et conseils en santé sexuelle et reproductive (contraception, gestion des menstruations). Ce projet a bénéficié d’un premier financement de l’ANRS (AAP 2018-1, CSS 6), puis d’un financement complémentaire pour un volet biologique (AAP 2020-2, CSS 13).

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Objectifs

En l’absence de financement complémentaire, la cohorte sera fermée au cours du premier trimestre 2022. La présente demande de financement s’organise en 3 composantes.

Composante 1 : prolongation de 15 mois de la cohorte

La cohorte interventionnelle serait prolongée de 15 mois jusqu’à la mi-2023. Cela permettrait de :

1. mieux caractériser la mobilité des TS et son impact sur le suivi clinique ;
2. évaluer si les mesures adaptatives mises en place mi 2021 ont eu un impact sur le suivi clinique ;
3. évaluer si la rétention dans les soins et sous PrEP arrive à se maintenir sur le moyen terme ;
4. augmenter la puissance du volet biologique.

Composante 2 : réorganisation du volet qualitatif

Le volet qualitatif prévu en 2020 n’a pu être mis en œuvre en raison de la suspension des missions internationales. Nous souhaitons donc réorganiser ce volet et y ajouter deux objectifs additionnels :

1. documenter les perceptions des TS à propos de leur santé, des bénéfices et des contraintes du dispositif, et des mesures adaptatives ;
2. approfondir l’articulation entre mobilités saisonnières, travail du sexe et suivi clinique.

Composante 3 : exploration a priori de la faisabilité et de la pertinence de formes de PrEP à longue durée d’action (PrEP injectable, implants, anneaux vaginaux)

La composante 3 serait une étude ancillaire qualitative complémentaire, menée à la fois dans la région de San Pedro (où est implémenté PRINCESSE) et sur Abidjan, et visant à :

1. identifier les perceptions a priori de différentes formes de PrEP à longue durée d’action chez les TS, en fonction de leurs profils (notamment en matière de trajectoires de mobilité, de travail du sexe et d’engagement dans les soins) ;
2. caractériser l’acceptabilité et la pertinence de ces différentes formes de PrEP en tenant compte des contraintes de vie de chaque profil de TS.

Méthodologie.

Pour la composante 1, le suivi PRINCESSE sera poursuivi selon les mêmes modalités pendant 15 mois additionnels.

Pour la composante 2, les entretiens individuels et collectifs avec les participantes PRINCESSE, les TS de la communauté et les acteurs du suivi, initialement prévus en 2019, seront réalisés début 2022 et répétés début 2023.

Pour la composante 3, des entretiens individuels approfondis (incluant une grille biographique) et des entretiens de groupes seront réalisés fin 2022 avec des TS de la région de San Pedro et d’Abidjan. Ils seront complétés par (i) des entretiens individuels avec des acteurs communautaires et (ii) deux entretiens de groupe avec des TS hommes (pour identifier les points communs et les différences avec des TS femmes).

Résultats attendus et perspectives.

Ces résultats fourniront les éléments nécessaires pour discuter et faire évoluer le paquet de soins en santé sexuelle et reproductive à destination des TS, et fournira des éléments pour anticiper l’arrivée de la PrEP à longue durée d’action.