Projets et candidats lauréats

La prise en charge thérapeutique de l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH-1) nécessite une prescription à vie de traitements antiviraux afin de prévenir le rebond viral observable dans la quasi-totalité des cas après l’arrêt du traitement antirétroviral (ART). Ce rebond est lié à la persistance de réservoirs viraux. Un enjeu thérapeutique essentiel est donc actuellement de parvenir à les éliminer. Une piste prometteuse est de réactiver le virus présent à l’état latent dans les lymphocytes T (LT) CD4+ quiescents infectés et de les éliminer grâce à l’activité lytique du virus – avec éventuellement une augmentation de la réponse immunitaire antivirale – tout en empêchant par le traitement ART une réinfection des cellules saines par les virus libérés. Notre équipe s’intéresse aux étapes précoces de l’activation des LT, tout particulièrement au rôle du facteur de transcription FOXO1. Cette molécule est au centre de très nombreuses recherches au vu de sa position centrale dans de très nombreuses voies métaboliques. Une de ses fonctions essentielles est de contrôler l’homéostasie lymphocytaire, en maintenant en particulier les LT à l’état quiescent. C’est dans ce contexte que nous avons récemment mis en évidence les conséquences de l’inhibition de FOXO1 dans des LT primaires humains à l’aide d’un agent pharmacologique nouvellement identifié, l’AS1842856. Nos résultats montrent que cette drogue entraîne à elle seule la transition G0/G1 de ces cellules. Cette transition s’accompagne de modifications phénotypiques et fonctionnelles qui suggèrent que la seule inhibition de FOXO1 induit une différenciation des LT de type effecteur/mémoire, indépendamment de toutes autres stimulations. Nos données préliminaires montrent de plus que l’AS1842856 permet à elle seule la réactivation de provirus VIH-1 intégrés dans le génome de LT humains infectés. Les objectifs de ce projet s’organiseront donc autour de trois grands axes : (i) identifier de potentielles synergies de l’AS1842856 avec des agents pharmacologiques dont l’activité sur la réactivation des provirus latents a déjà été décrite, (ii) valider le rôle de l’AS1842856 sur la réactivation ex vivo de formes virales silencieuses présentes dans les LT de patients infectés sous ART, et évaluer la potentialisation de la réponse immune antivirale, (iii) tester les conséquences du traitement par l’AS1842856 sur la réactivation de provirus latents ex vivo de LT de singes infectés et traités à l’aide des antiviraux classiquement utilisés chez l’homme. Les résultats de notre projet permettront donc d’envisager que cette drogue soit un nouveau candidat thérapeutique, seul ou en association avec d’autres agents pharmacologiques, pour stimuler la réactivation des provirus latents présents dans les réservoirs viraux et potentialiser en parallèle la réponse immune anti-VIH‑1.

Dans le cadre d’un essai vaccinal au Bresil pour evaluer l’efficacite du vaccin contre la fievre jaune chez des personnes infectees par le VIH, la presente etude propose d’etudier certaines caracteristiques de la reponse immunitaire innee et adaptative dans cette population cible, y compris les profils cellulaires et inflammatoires de l’immunite innee avant et apres la vaccination, et le developpement d’une memoire immunitaire innee post-vaccination. Un echec de la vaccination contre la fievre jauneest observe chez les patients infectes par le VIH, comparativement aux individus non infectes, etant

donne que la frequence reduite de la production d’anticorps neutralisants specifiques de la FJ. Nous avons emis l’hypothese que l’etat inflammatoire et le profil cellulaire innee chez ces patients, prealablement a l’immunisation, ainsi que le statut general d’activation cellulaire et l’epuisement immunitaire et le immuno-sénescence qui en decoulent, pourraient etre lies a la qualite de la reponse au vaccin. En effet, ces facteurs pourraient avoir un impact sur la memoire de l’immunite innee et, par consequent, sur la reponse anticorps et la memoire a long terme. En effet, des decouvertes recentes dans le domaine de la memoire immunitaire ont demontre que l’immunite adaptative mediee par les lymphocytes B et T contre des pathogenes est renforcee par un nouveau concept qui est le developpement d’une memoire par systeme immunitaire inne ;

≪ training immunity ≫ ou memoire innee. L’etude proposee sera menee aupres de 78 patients infectes par le VIH, regroupes selon le nombre absolu de CD4 + T au depart (≥200≤500 cells/mm3; n=42, and >500 cells/mm3; n=36) et 35 personnes non infectees par le VIH comment groupe controle. Les visites de suivi comprennent les jours 0, 5, 30 et un an apres la vaccination. La cytometrie en flux sera utilisee pour etudier differents sous-populations cellulaires et leurs recepteurs /molecules co-stimulatrices des cellules NK (KIR, NCR, NKG), NKT, T γδ, macrophage, les cellules B et T (CD38, HLA-DR, CD40L, PD-1, CD57), afin de mieux caracteriser les populations cellulaires, l’etat d’activation et de senescence et le profil memoire. Les facteurs solubles lies a l’inflammation et a l’activation (sCD163, IL-6, IL-12, IL-18, IP-10,MCP-1, IL-1Ra, sCD14, IFN-γ, TNF-α, D-dimeres, PCR) seront egalement evalues par ELISA et par Luminex. La memoire innee englobant NK et les macrophages, sera exploree in vitro. Enfin, la reactivite au de Bacillus Calmette-Guerin sera egalement abordee au depart et a J30, par ELISpot. Suite aux reglements de recherche au Bresil, cette etude a ete approuvee par le comite local pour l’ethique dans la recherche. Tous les participants signeront le terme de consentement eclaire. Ainsi, la caracterisation de l’immunite innee et certains aspects de l’immunite adaptative permettront l’identification des parametres qui peuvent etre lies au success de la vaccination contre la fievre jaune chez les individus infectes par le VIH.

Contexte:

L’infection chronique par le virus de l’hépatite C (VHC) est une cause majeure de carcinome hépatocellulaire (CHC). La maladie hépatique induite par le VHC évolue de la stéatose hépatique et de l’inflammation chronique à la fibrose, la cirrhose et finalement le CHC, ressemblant ainsi étroitement à la progression de la maladie causée par d’autres étiologies comme la stéatose hépatique non alcoolique. Le nouveau traitement antiviral a transformé l’infection chronique par le VHC en une maladie guerissable. Cependant, l’accumulation de preuves indique que le risque de CHC ne peut pas être complètement éliminé par une cure virale, en particulier chez les patients atteints d’une maladie hépatique avancée. Cela suggère que l’infection chronique par le VHC entraine des changements persistants dans la cellule hôte, maintenant un risque de cancer. À cet égard et étant donné le temps relativement long jusqu’à ce qu’une infection chronique mène au développement du CHC, il semble que le pic épidémiologique des complications associées au VHC n’est pas encore atteint. En étudiant les altérations persistantes induites par le VHC dans le foie, nous avons identifié plusieurs empreintes transcriptionnelles et épigénétiques d’infection par le VHC (spécifique au virus) et de fibrose hépatique (spécifique à la maladie), associé à un profil transcriptionnel des gènes à risque de cancer. La présence de ces signatures dans le tissu hépatique des patients est prédictive du risque de CHC après guérison virale (Hamdane et al. Gastroenterology 2019; Jühling et al. Gut 2020). Cependant, les biopsies hépatiques sont éthiquement difficiles à obtenir pour l’évaluation du risque de CHC chez les patients guéris par le VHC. Une signature de biomarqueurs déterminée dans le plasma sanguin est donc nécessaire d’urgence.

Objectifs:

Compte tenu de ce besoin médical urgent, ProSiCure vise (i) à developper et valider un test transcriptionnel modulaire basé sur les empreintes épigénétiques connues de l’infection et de la fibrose hépatique, et (ii) à identifier et valider les composants (ARN, protéines) qui circulent dans le sang des patients comme nouvelle signature de biomarqueurs circulants.

Méthodes:

Dans le programme de travail (WP)1, ProSiCure collectera des échatillons de 20 patients à partir une cohorte rétrospective de patients ayant éliminé le VHC puis ayant développé un CHC (résections hépatiques, plasma sanguin). Dans WP2, ProSiCure va générer, valider et potentiellement affiner des méthodes d’hybridation d’ARNm basés sur les gènes de trois signatures hépatiques pronostiques précédemment identifiées en utilisant les tissues de fois de la cohorte rétrospective (WP1). Dans WP3, ProSiCure utilisera les matrices d’hybridation d’ARNm et une matrice de capture d’anticorps en multiplex pour identifier les composants de signature hépatique circulant dans le plasma sanguin des cohortes de patients de WP1. Dans WP4, ProSiCure validera la signature pronostique développée à partir de WP3 en utilisant des échantillons de sang de la cohorte prospective ANRS CirVir.

Impact:

ProSiCure fournira des modules de biomarqueurs nouveaux qui pourraient être combinés avec des méthodes conventionnelles non invasives (par exemple, FibroScan). ProSiCure est très innovant en combinant les signatures épigénétiques des empreintes du VHC, de la fibrose hépatique et des maladies du foie pour prédire le risque persistant de CHC après élimination du virus et la traduction en une méthode minimalement invasive et applicable pour classer les patients à risque pour un dépistage plus fréquent du cancer. Au-delà de cette application diagnostique potentielle, ProSiCure mettra également en évidence les composants de signature comme nouvelles cibles pour de futures stratégies chimio-préventives potentielles pour aider les patients à risque en atténuant la progression de la maladie du foie vers le CHC.

L’essai DUETTO est un essai multicentrique, en ouvert, randomisé en 2 groupes parallèles, évaluant la non-infériorité d’une bithérapie antirétrovirale comprenant du Dolutégravir  / Lamivudine ou Dolutégravir / Rilpivirine ou Darunavir/r / Lamivudine prise 4 jours consécutifs sur 7 versus une bithérapie antirétrovirale prise en continu, chez des patients en succès thérapeutique sous ARV.

L’objectif principal est d’évaluer la non-infériorité à 48 semaines d’une bithérapie antirétrovirale à 4 jours consécutifs sur 7 versus une bithérapie en continu 7 jours sur 7, chez des patients en succès virologique sous bithérapie antirétrovirale.

Méthodes : Le nombre de sujets prévu est de 440 participants (220 par bras).

Le calcul de la taille de l’échantillon suppose que la vraie différence d’efficacité entre les deux stratégies de traitement est égale à zéro et que le taux d’efficacité global (succès virologique pur) est de 97% à la semaine 48. Un total de 440 patients (220 par bras) permettrait d’obtenir une puissance d’au moins 80% pour démontrer la non-infériorité de la stratégie à 4 jours consécutifs sur 7 par rapport à une stratégie à 7 jours sur 7, avec un risque α (bilatéral) à 5% et une borne de non-infériorité (delta) de 5%.

Le critère de jugement principal est la proportion de participants en échec virologique à la semaine 48, définie par la survenue de 2 mesures successives de charge virale >50 copies/mL ou une mesure >50 copies/mL suivie de l’arrêt définitif de la stratégie ou du suivi dans l’essai au cours des 48 semaines de suivi. La stratégie 4 jours consécutifs sur 7 sera considérée non-inférieure à la stratégie 7 jours sur 7 si la borne supérieure de cet intervalle de confiance est inférieure à 5% à la fois pour l’analyse per-protocole et pour l’analyse ITT.

Critères d’inclusion : VIH-1 + (co infection VIH-1/VIH-2 possible), âge ≥ 18 ans, bithérapie stable depuis au moins 6 derniers mois composée exclusivement de Dolutégravir/ Lamivudine ou Dolutégravir / Rilpivirine ou Darunavir/r / Lamivudine, charge virale < 50cp/ml depuis au moins 12 mois (avec 3 mesures disponibles sur les 12 derniers mois)

Si un génotype est disponible; le virus doit être sensible à toutes les molécules antirétrovirales des bithérapies proposées. Les patients sans génotypes à la pré-inclusion pourront être inclus en absence d’échec virologique antérieur. Les lymphocytes CD4 > 250/mm3, Clairance de la Créatinine > 50 mL/min (CKD-EPI), ASAT et ALAT < 3N, Hémoglobine > 10 g/dL, Plaquettes > 100 000/mm3. Test de grossesse plasmatique négatif pour la femme à potentiel de grossesse et engagement à utiliser une contraception mécanique et/ou hormonale lors des rapports sexuels pendant toute la durée de l’étude.

Critères de non-inclusion :

• Infection par le VIH-2
• Hépatite virale B et C chronique active
• Traitement par anti-vitamine K (pour les patients sous ARV boostés), interféron, interleukine, ou toute autre immunothérapie, chimiothérapie en cours
• Infection opportuniste évolutive, ou traitement d’attaque pour infection opportuniste
• Toute condition (alcool, drogue, atteintes neurologiques, neuropsychiatriques…) susceptible de compromettre la tolérance du traitement et/ou l’observance du patient au traitement et son adhésion au protocole selon le jugement de l’investigateur
• Femme enceinte ou allaitante ou refus de contraception
•  

Intervention

Randomisation :

Bras 1 : à S0 passage en 4 jours consécutifs sur 7

Bras 2 : à S0 maintien en 7 jours sur 7

Durée des inclusions : 52 semaines

Durée de participation par sujet : 48 semaines

Durée de l’analyse statistique : 24 semaines

Durée totale prévue de l’essai : 124 semaines

La surinfection par le virus de l’Hépatite Delta (HDV) de patients chroniquement infectés par le virus de l’Hépatite B (HBV) induit une des formes les plus agressives d’hépatite virale chronique. Plus de 40 ans après sa découverte, cette surinfection reste énigmatique à la fois pour les chercheurs et les cliniciens. En particulier, en plus d’induire des effets secondaires sévères, l’efficacité des traitements à base d’IFN-α est limitée est limitée et les mécanismes liés à ces échecs ne sont pas connus. Si plusieurs gènes stimulés par l’interferon (ISGs) ont déjà été décrit pour inhiber HBV, le set complet d’ISGs nécessaire à l’effet de l’IFN-α n’a pas été décrit. De plus, le mode d’action et les ISGs responsables de l’effet antiviral de l’IFN-α sur HDV sont complétement inconnues.

Objectif. A partir de données préliminaires solides obtenues après séquençage ARN de cellules HepaRG et HuH7.5-NTCP différenciées (dHepaRG et dHuH7.5-NTCP), notre objectif est d’établir une carte complète des facteurs de restrictions pour HBV et HDV induit par l’IFN-α afin d’évaluer de nouvelles stratégies antivirales basée sur le remplacement de l’IFN-α.

Partie 1. Identification des sets d’ISGs responsable de l’effet antivirale de l’IFN-α sur HBV et/ou HDV. Après validation des données de notre analyse transcriptomique par nanostring et RTqPCR, des expériences de pertes et gain de fonction seront menées dans des cellules dHepaRG et dHuH7.5-NTCP pour identifier les sets complets d’ISGs responsable de l’effet antivirale de l’IFN-α sur HBV et/ou HDV. Des expériences seront ensuite effectuées dans des hépatocytes primaires humain (PHH) pour déterminer le mode d’action sur HBV et/ou HDV des ISGs identifiées.

Partie 2. Test de l’effet antiviral des ISGs identifées en combinaison avec des traitements anti-HDV. Des vecteurs AAV recombinants exprimant les ISGs les plus efficaces pour inhiber HBV et/ou HDV (identifiées en partie 1) seront produits et leur profil de toxiccité ainsi que leur efficacité antivirale seront testés dans des PHH, dHepaRG et souris humanisées pour le foie (HuHep). Des combinaisons seront effectuées avec des molécules approuvées ou en développement pour le traitement de l’hépatite comme le Bulevirtide ou le Lonafarnib. L’effet antiviral de ces combinaisons sera comparé à des combinaison avec l’IFN-α.

Perspectives. Notre programme permettra d’avancer sur notre compréhension des interactions entre les ISGs et les co-infections par HBV et HDV tout en identifiant des nouveaux facteurs de restrictions de l’hôte. La liste complète de ces ISGs ouvrira la voie vers le développement de nouvelles stratégies antivirales basées sur le remplacement de l’IFN-α. Nos résultats pourraient aussi permettre d’identifier des biomarqueurs de réponses aux traitements actuels chez les patients.