Projets et candidats lauréats

L’épidémie de COVID-19 a débuté plus tardivement en Afrique qu’en Europe, mais elle risque de se propager rapidement dans les semaines à venir, en particulier en Afrique de l’Ouest. Dans ce contexte, la peur du virus, mais peut-être plus encore la volonté d’échapper aux conséquences matérielles du confinement, nourrissent un exode urbain de grande ampleur.

Alors qu’au Sénégal, l’exode urbain a déjà été observé par nos informateurs de terrain, notre projet de recherche a deux principaux objectifs :

– étudier l’impact de l’exode urbain sur le quotidien de la population rurale et des arrivants, à la fois en termes de conditions de vie et de comportements préventifs à l’égard du COVID-19 ;

– étudier dans cette population les perceptions et les croyances à l’égard du risque épidémique et leur dynamique temporelle.

Notre projet repose sur une enquête longitudinale en population, menée par téléphone portable dans une zone rurale du Sénégal, le bassin de Niakhar en pays Sereer. D’une part, ce bassin est doté du plus ancien système de veille sanitaire et démographique d’Afrique, ce qui constitue un avantage certain au vu de nos objectifs d’analyse de l’impact de l’exode urbain sur les conditions de vie. D’autre part, l’analyse des perceptions et croyances à l’égard du risque épidémique est particulièrement adaptée en pays Sereer au vu des résistances à la vaccination de la petite enfance. Le recueil de données est prévu en trois vagues : une première vague auprès de 500 chefs de ménage de la zone pour documenter les difficultés matérielles ressenties (questionnaire de 5-10mn) et auprès de 2 adultes du ménage proposés par le chef de famille (questionnaire de 10-15mn). Ce design sera réitéré auprès des mêmes personnes pour analyser les comportements, perceptions et croyances à des phases distinctes de l’épidémie.

Notre projet combine des objectifs scientifiques et également opérationnels, notamment pour anticiper les réactions de la population dans l’éventualité d’une « deuxième vague » de l’épidémie de COVID19.

La méthode RDS (« respondent-driven sampling » ou échantillonnage dirigé par les répondants) est une méthode de recrutement basée sur les pairs.  Des personnes de la population d’intérêt y recrutent des individus de la même population en cascade sur plusieurs vagues de recrutement. Cette méthode permet d’atteindre des populations difficiles d’accès par des moyens traditionnels pour des raisons sociales et/ou discriminatoires.

Les études utilisant le recrutement RDS dans l’objectif d’estimer la prévalence du VIH portent sur des populations clefs dites à « hauts risques », difficiles à étudier comme : la population trans, les travailleurs du sexe et les hommes qui ont des rapports avec des hommes (HSH) et plus récemment, les jeunes HSH en France. La mise en place de stratégies de prévention combinées incluant la prophylaxie de pré-exposition (PrEP) est complexe dans ces populations. De nombreuses méthodes de recrutement ont été testées s’appuyant sur le recours aux associations et aux réseaux de soins. Cependant, la RDS n’a jamais été évaluée dans un objectif d’implémentation d’un programme de prévention.

Au Brésil, où la population HSH reste discriminée, une étude RDS dans 12 grandes villes brésiliennes en 2016 a montré la prévalence toujours élevée de l’infection à VIH. Mais lorsque la PrEP a été introduite, en 2017, on a plutôt eu recours à la constitution de cohortes d’HSH avec un recrutement « classique » par le biais d’institutions, comme dans l’étude « Combina » réalisée dans 5 grandes villes brésiliennes. Dans ces cohortes, les participants sont venus d’eux même en consultation dans le but précis de prendre la PrEP : Il est probable que leurs caractéristiques diffèrent de celles qu’aurait permis un recrutement RDS démarré grâce à des individus issus de populations difficiles d’accès par les canaux traditionnels.

Notre hypothèse est que le profil des populations de ces cohortes « classiques » diffère des populations recrutées par RDS, de par leurs critères socio-démographiques et comportementaux. L’utilité d’une approche RDS en tant que stratégie de recrutement dans un programme de prévention combinée n’est pas formalisée et son impact potentiel sur l’épidémie de VIH méconnu.

L’objectif du travail sera de comparer les caractéristiques des personnes recrutées dans Combina, une cohorte « classique », à celui des personnes recrutées dans une étude RDS dans les mêmes villes brésiliennes et à la même période. Les étapes suivantes seront nécessaires afin de permettre un travail joint des équipes brésiliennes et françaises à partir des données brésiliennes: 1) la traduction en Anglais des questionnaires permettant d’avoir une base commune ; 2) L’identification de variables socio-démographiques et de comportement recueillies conjointement dans Combina et dans l’étude RDS de 2016 permettant une comparaison directe les populations ; 3) l’alignement des variables qui diffèrent entre les questionnaires mais explorent des entités comparables afin d’augmenter l’information disponible; 4) finalement une analyse quantitative des résultats entre les deux enquêtes.

Les résultats obtenus permettront l’écriture d’un projet portant sur l’implémentation d’études RDS interventionnelles au Brésil ainsi qu’à un projet de modélisation et simulation de l’impact du recrutement RDS dans l’implémentation de mesures de prévention combinées. Il permettra également une réflexion sur la transposabilité de ces approches en contrastant avec les caractéristiques de cohortes et RDS actuellement en cours en France.

Le projet entre dans la continuation d’une collaboration France-Brésil. Il implique des équipes brésiliennes qui ont mis en place et analysés les deux dernières enquêtes RDS de grande envergure au Brésil, ainsi que le programme Combina. L’équipe française est spécialisée dans l’analyses de données et la modélisation de l’impact d’intervention sur des processus épidémiques. Ils ont également une connaissance approfondie des outils d’analyse des enquêtes RDS et sont à l’origine de la première étude française combinant le recrutement RDS à un programme de prévention combiné (ANRS-TRUST).

Contexte

La vaccination contre les papillomavirus humains (HPV) est recommandée pour les jeunes filles depuis 2007 en France, mais la couverture vaccinale reste inférieure à 30%. Une efficacité vaccinale élevée a été démontrée en population comme en atteste la diminution importante de la prévalence des génotypes HPV ciblés par les vaccins, en particulier dans les pays où la couverture vaccinale est supérieure à 50%. En France, les données disponibles sur la prévalence des génotypes vaccinaux sont rares et concernent principalement les femmes à haut risque d’exposition. De plus, une surveillance des génotypes d’HPV jusqu’à présent non inclus dans les vaccins est nécessaire. Nous proposons donc de déterminer la prévalence des génotypes d’HPV vaccinaux et non vaccinaux dans une population de jeunes femmes en France non sélectionnées sur leur statut vaccinal ou leur risque d’exposition. Cette étude sera nichée dans une cohorte déjà existante d’étudiantes ayant participé à l’essai de prévention i-Predict sur les complications de l’infection génitale par Chlamydia trachomatis (Ct). 

Méthodes

I-Predict est un essai de prévention randomisé avec pour objectif principal d’évaluer l’efficacité d’un dépistage systématique de Ct pour réduire l’incidence des infections génitales hautes chez les étudiantes de 18 à 24 ans en France métropolitaine. Dans le cadre de cet essai, les participantes ont réalisé un auto-prélèvement vaginal et ont complété un questionnaire électronique à l’inclusion, et à 6, 12 et 18 mois de suivi. En plus d’informations sur les antécédents gynécologiques et les expositions, le statut vaccinal HPV a été recueilli. Toutes les participantes ont suivi les recommandations actuelles de dépistage du Ct génital. Les auto-prélèvements du groupe d’intervention ont été analysés immédiatement pour détecter l’infection à Ct et les participantes ont été orientées vers une prise en charge s’ils étaient positifs. Les auto-prélèvements du groupe témoin ont été analysés à la fin de leur participation. Pour ce projet portant sur HPV, nous utiliserons les échantillons conservés au CNR des IST bactériennes. La détection et le génotypage des HPV (trousse INNO-LiPA HPV Genotyping Extra II) seront d’abord effectués sur 1093 prélèvements recueillis à l’inclusion. La prévalence et l’intervalle de confiance à 95 % seront calculés pour les HPV 16 et 18 (et tout autre HPV à haut risque non vaccinal) chez les participantes vaccinées et non vaccinées. L’efficacité vaccinale contre les HPV 16 et 18 sera calculée comme suit : (1-PR) × 100, PR étant le rapport de prévalence de l’infection chez les femmes vaccinées par rapport aux femmes non vaccinées. Une régression logistique multivariée sera réalisée pour évaluer les caractéristiques (âge au premier rapport sexuel, statut vaccinal HPV, statut Ct, nombre de partenaires masculins, composition du microbiote…) associées à la détection des HPV. Nous explorerons ensuite les échantillons de ~500 participantes qui étaient HPV négatives à l’inclusion et qui ont fourni les 3 échantillons de suivi afin d’étudier les cas incidents d’infection à HPV. La dynamique de l’infection HPV (incidence en fonction des génotypes, infections multiples et charges virales) sera caractérisée.

Résultats attendus

Cette étude fournira des données sur la prévalence des génotypes vaccinaux d’HPV en fonction du statut vaccinal et une estimation de l’efficacité vaccinale dans une population de jeunes femmes en France non sélectionnées sur leur risque d’exposition. Nous explorerons également la dynamique de l’infection par HPV en fonction des génotypes et du statut vaccinal. Ces données contribueront à éclairer les décisions concernant les stratégies vaccinales.

En France, il a été estimé qu’environ 24 000 personnes vivaient avec le VIH (PVVIH) sans le savoir et que l’Ile de France (IDF) était une région clé de l’épidémie puisque s’y concentrent 42% des infections non diagnostiquées.  Actuellement, les stratégies de dépistage de l’infection à VIH sont essentiellement ciblées sur les « populations clés », les plus à risque de contamination. Malheureusement, ces stratégies prennent trop peu en compte, par faute de données, la notion de « territoire clé » où sont observés les taux les plus élevés de PVVIH nouvellement diagnostiquées et/ou les proportions les plus élevées de diagnostics tardifs (CD4< 350/mm3 ou stade SIDA). A ce jour, aucune information n’est disponible à une échelle territoriale infra-départementale, pour ce qui concerne les nombre/taux de nouveaux diagnostics ni le stade de l’infection au diagnostic, reflet du délai « contamination-diagnostic ». Pourtant, ces informations reflètent la dynamique actuelle de l’épidémie et sont essentielles pour ajuster et prioriser les stratégies de dépistage et de prévention, en particulier pour développer les stratégies les plus efficaces qui sont celles d’«aller vers», préconisées par l’ONUSIDA.

Dans l’étude COINCIDE, nous proposons, grâce aux données collectées par les cinq COREVIH IDF, de réaliser les cartographies des PVVIH nouvellement diagnostiquées entre 2014 et 2021 en IDF, à une échelle géographique infra-départementale, selon le groupe à risque de transmission et selon le stade de l’infection au diagnostic. Ces cartographies permettront de préciser les connaissances territoriales de l’épidémie en IDF à une échelle géographique fine, et d’identifier les « territoires clés ». Secondairement, les cartographies obtenues seront comparées à celles de l’offre de dépistage en IDF (médecins généralistes libéraux, centres médicaux de santé, CeGIDD, centres hospitaliers), pour savoir où intensifier le dépistage.

Enfin, l’épidémie de l’infection à VIH est caractérisée par une part élevée et stable de diagnostics tardifs (environ 45%), du fait d’un délai « contamination-diagnostic » excessif, estimé à 3,3 ans en IDF en 2018. Pour diminuer la proportion des diagnostics tardifs, sources de surmorbi-mortalité et alimentant l’épidémie, il est impératif de mieux en comprendre les déterminants. Nous proposons donc d’identifier, à l’échelle individuelle d’une part, les facteurs associés aux diagnostics tardifs, et à l’échelle territoriale infra-départementale d’autre part, les facteurs associés aux « territoires clés », ce qui n’a jamais été fait à ce jour. Les facteurs territoriaux étudiés incluront des indicateurs du niveau de défavorisation du territoire, des indicateurs de l’offre de soin, et certaines caractéristiques socio-démographiques de la population du territoire étudié, à l’échelle de l’IRIS en IDF.

L’étude portera sur la période 2014-2021 de manière à avoir suffisamment de cas pour décliner les cartographies selon les groupes à risque de transmission et selon le stade de l’infection au diagnostic, à une échelle infra-départementale fine. De plus cette période d’étude permettra de décrire les changements territoriaux observés pendant la crise sanitaire, concernant les nombres/taux des nouveaux diagnostics et le stade de l’infection au diagnostic.   L’étude COINCIDE a pu être initiée pour la période 2014-2018, suite aux avis favorables du Comité d’Évaluation Éthique de l’INSERM (CEEI – IRB) et du Comité d’Expertise pour les Recherches, les Études et les Évaluations dans le domaine de la Santé (CEREES), rendus fin 2019.

Les cellules dendritiques (DC) sont des cibles de l’infection par le VIH-1 et considérées promouvoir sa dissémination dans l’organisme. Cependant, elles sont aussi indispensables à la détection du virus par l’hôte pour l’activation de réponses immunitaires protectrices. Les DC sont hétérogènes et on ne sait pas si ce sont ou non les même sous-types qui exercent des fonctions délétères ou bénéfiques. On ne connait pas encore bien les modalités d’interactions entre le VIH-1 et les sous-types de DC présents dans les organes lymphoïdes secondaires et considérés comme les chefs d’orchestre probables de l’immunité antivirale, les DC classiques de type 1 (cDC2) et de type 2 (cDC2) et les DC plasmacytoïdes (pDC). Cela s’explique parce que la diversité des DC humaines n’a été reconnue que récemment et parce que les DC sont rares, fragiles et difficiles à étudier, tout particulièrement les cDC1. Les équipes de Marc Dalod et Nicolas Manel ont développé des connaissances originales et des outils innovants, complémentaires, pour mieux comprendre comment le VIH interagit avec les DC. Les cDC2 peuvent être infectées ce qui est indispensable à leur activation par le VIH-1. Toutefois, ce processus est inhibé par un mécanisme lui-même contrecarré par la molécule Vpx du VIH-2. Au contraire, les cDC1 et les pDC résistent à l’entrée du VIH-1, tout en étant capable de capturer ce virus pour en présenter des antigènes et s’activer sans être directement affectées par les gènes viraux immunomodulateurs. Ce processus permet l’activation de lymphocytes T CD8 antiviraux in vitro. Notre projet consistera à approfondir ces observations pour en disséquer les mécanismes moléculaires sur la base de l’identification de gènes candidats et de leur possible mode d’action. Premièrement, nous étudierons si, et comment, les gènes candidats contribuent à la résistance des cDC1 et des pDC à l’infection. Deuxièmement, nous identifierons les mécanismes moléculaires promouvant la reconnaissance par les cDC1 ou les pDC de matériel dérivé du VIH-1 ou de cellules infectées. Cela inclura de caractériser les différents états d’activation induits dans les types de DC par leur exposition au virus dans différentes conditions expérimentales, en combinant des analyses phénotypiques, fonctionnelles et de séquençage de l’ARN sur cellules individuelles. Ces données devraient permettre de mieux comprendre les différentes modalités d’interaction entre le virus et les DC, leur contrôle moléculaire et leurs conséquences sur l’immunité antivirale. Troisièmement, nous générerons des lignées immortalisées des différents types de DC humaines afin de les utiliser comme outils pour permettre un niveau inégalé de dissection mécanistique des interactions entre le VIH-1 et ces cellules. Les connaissances ainsi générées éclaireront sous un jour nouveau la physiopathologie de l’infection par le VIH-1 et pourraient contribuer à des traitements immunothérapeutiques innovants complémentaires des chimiothérapies antirétrovirales pour moduler en faveur de l’hôte les interactions entre système immunitaire et VIH-1.

Contexte 

Les conditions d’exercice de la sexualité ont été profondément transformées depuis l’enquête « Contexte de la sexualité en France de 2006 », eu égard aux changements sociaux et économiques et aux évolutions du contexte épidémiologique et préventif qui se sont opérés au cours de cette dernière décennie. Les innovations technologiques, en particulier la révolution numérique et la diversification des stratégies préventives, ont sans doute transformé les représentations et les pratiques tandis que la crise économique a conduit à une précarisation croissante des conditions de vie de certains groupes sociaux, conduisant à un accroissement des inégalités sociales de santé.  Ces évolutions invitent à renouveler le corpus des connaissances scientifiques sur la sexualité et la santé sexuelle en France, pour rendre compte des nouvelles formes d’expression de la sexualité et informer les politiques publiques destinées à promouvoir la santé sexuelle et à lutter contre les discriminations.

Alors que la prise en compte des rapports sociaux de sexe était peu étudiée dans l’enquête ACSF de 1992, l’enquête CSF de 2006 en a fait une clef d’analyse centrale de la sexualité. La nouvelle enquête s’inscrit quant à elle dans une perspective qui situe les rapports de genre à l’articulation des rapports de classe, d’âge et d’origine.

Objectifs du contrat d’initiation 

Ce contrat d’initiation est destiné à organiser la recherche, 1) en précisant les axes de recherche et en définissant de nouvelles questions de recherche, 2) en développant la méthodologie et en testant des approches de collecte mixtes innovantes et 3) en structurant le dispositif de recherche.  

• La problématique de recherche sera déclinée autour de trois axes « Diversification des représentations, des pratiques et des trajectoires »  « Sexualité et conditions de vie » et « Sexualité et santé » qui seront précisés au cours de la phase d’initiation. Il s’agira tout particulièrement de développer les nouvelles thématiques, en particulier sur l’espace numérique de la sexualité, des pratiques des seniors et des interactions entre sexualité et santé sexuelle.
• Le contrat d’initiation permettra également de tester des approches méthodologiques novatrices conjuguant les mesures de prévalences des indicateurs de pratiques et représentations au niveau national à partir d’échantillons téléphoniques représentatifs, tout en explorant de manière approfondie certaines problématiques et/ou groupes sociaux minoritaires à travers des modules spécifiques administrés par internet.
• Enfin, le contrat d’initiation permettra de constituer une équipe pluridisciplinaire de recherche, soutenue par des experts nationaux et internationaux qui seront consultés aux différentes étapes de la recherche.

Méthodologie 

L’équipe de recherche se réunira régulièrement lors de séminaires de travail pour arrêter le protocole de l’enquête finale. Un important travail bibliographique sera réalisé, portant sur les enjeux méthodologiques, les travaux des équipes étrangères et les publications sur les thématiques émergentes.

Résultats attendus 

Outre la production de nouvelles connaissances scientifiques sur la sexualité et la santé sexuelle, cette enquête servira de cadre de référence pour de nombreuses recherches qui portent sur des thématiques et des groupes sociaux particulier. La base de données sera également utile pour les épidémiologistes qui travaillent sur la modélisation de l’épidémie d’infection à VIH.

Les politiques publiques, d’éducation à la sexualité, de lutte contre les discriminations liées à au genre et à l’orientation sexuelle, de prévention des violences sexuelles s’appuyant sur des connaissances sur la vie sexuelle, les résultats de l’enquête seront portés au débat et à la réflexion des acteurs publics et associatifs qui oeuvrent dans ce domaine.