Prevalence, diversité génétique et distribution géographique des coronavirus chez les chauves souris sauvages afin d’évaluer le risk pour de futur transmissions zoonotiques
La majorité des maladies émergentes infectieux (MIE) sont d’origine zoonotique et 70 % sont causés par des agents pathogènes provenant de la faune sauvage. L’épidémie actuelle de COVID-19 avec le virus SRAS-CoV2 illustre clairement les conséquences d’une seule transmission inter-espèce avec un coronovirus (CoV), infectant plus d’un million d’individus et conduisant à un blocage de 4 milliards de personnes dans le monde entier en quelques mois seulement. Les chauves-souris sont à l’origine de CoVs humains, soit directement, soit par un hôte intermédiaire. Les contacts entre l’Homme et les chauves-souris sont variés et augmentent avec les changements environnementaux et climatiques, comme l’exposition directe au sang ou aux tissus infectés par la chasse, ou l’exposition indirecte aux fruits contaminés par leur salive, leur urine ou leurs excréments. Une grande diversité d’espèces de chauves-souris sont chassées en Afrique de l’Ouest et centrale. Par conséquent, il est maintenant plus que crucial de documenter la prévalence et la diversité génétique des coronavirus chez les chauves-souris.
L’objectif général du projet est de documenter des coronavirus circulants chez les chauves-souris dans les pays africains avec une forte probabilité d’émergence d’infections zoonotiques à partir de chauves-souris. Les objectifs spécifiques sont (i) documenter la diversité génétique et l’évolution des coronavirus chez les chauves-souris Africains; (ii) développer un essai sérologique à haut débit pour étudier les anticorps à différents coronavirus et estimer la prévalence des coronavirus chez différentes espèces de chauves-souris et (iii) étudier la saisonnalité de l’excrétion de coronavirus chez les chauves-souris.
Par nos études antérieures menées en Guinée, au Cameroun, en République démocratique du Congo (RDC) et Zimbabwe, nous avons déjà des échantillons de >10 000 chauves-souris dans leur habitat naturel disponibles (sang sur papier buvard, écouvillons oraux et anaux et échantillons fécaux. Le dépistage rétrospectif de la présence de coronavirus se fera en amplifiant et en séquençant un fragment de 440bp de RdRp. Sur un sous-ensemble d’échantillons, des efforts supplémentaires de séquence seront faits pour obtenir des séquences dans les gènes qui sont importants pour les essais sérologiques (gènes S et/ou N) ou des génomes complets en utilisant la technologie MinION. Nous utiliserons un essai sérologique à haut débit (approche Luminex) pour détecter les anticorps contre les coronavirus (SRAS-CoV1, SRAS-CoV2, MERSV, ..). Des échantillons provenant de colonies de chauves-souris au Cameroun et Guinée, prélevés au cours d’un suivi mensuel sur une période d’un an seront analysés pour la présence d’ARN viral et pour les anticorps dans les échantillons de DBS pour documenter la saisonnalité de l’excrétion virale dans différentes espèces.
Dans l’ensemble, cette étude fournira rapidement des informations clés sur la diversité génétique des coronavirus chez les chauves-souris en Afrique et des estimations sur leur prévalence. Il s’agit de la première étude à grande échelle en Afrique qui utilisera les mêmes techniques moléculaires et sérologiques afin de pouvoir comparer les résultats par région géographique et par espèce. L’étude apportera des informations importants sur la proportion de chauves souris qui excrètent le virus, ceux qui ont éte infécté et sur les saisons qui sont les plus à risque pour les transmissions zoonotiques. Les informations obtenues par ce projet contribueront également à l’élaboration d’une plate-forme diagnostique qui peut inclure un panel d’antigènes couvrant autant que possible la diversité des coronavirus pour identifier rapidement la circulation des nouveaux coronavirus chez l’homme ainsi que le développement de vaccins à large spectre. De même, des renseignements supplémentaires sur les cibles des médicaments antiviraux pour une grande diversité de coronavirus ayant un potentiel zoonotique seront utiles pour identifier l’activité des antiviraux.
Demandeur
MARTINE Peeters / KEITA Alpha
Type de financement
Projet de recherche
ERIC Delaporte | TransVIHMI ERIC Delaporte
TransVIHMI
IRD-INSERM-UM
911 avenue agropolis
34394
montpellier
france
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TOURE Abdoulaye | Cerfig TOURE Abdoulaye
Cerfig
CERFIG
Dixinn, Donka
6629
Conakry
Guinee