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Le virus de l’hépatite Delta (VHD) est un agent pathogène humain unique. Il a été découvert en 1977 par le Pr M. Rizzetto qui a mis en évidence un nouvel antigène « Delta » (HDAg) dans le sérum de patients italiens atteints d’une forme grave d’hépatite liée au virus de l’hépatite B (VHB). Le VHD est un virus défectif, nécessitant l’antigène de surface du VHB (AgHBs) pour son cycle viral.  La particule virale Delta, d’un diamètre d’environ 36 nm est constituée, d’une enveloppe portant l’AgHBs du VHB au sein de laquelle on retrouve une ribonucléoprotéine composée du génome ARN Delta associé à deux isoformes de la protéine VHD, la petite s-HDAg et la grande L-HDAg. Cet ARN, souvent comparé à celui des viroïdes, est un ARN simple brin circulaire négatif d’environ 1700 nucléotides qui possède une structure « pseudo double brins » avec près de 70% d’appariements interne. Au cours du cycle viral, des modifications de séquences du génome peuvent apparaitre en lien avec plusieurs facteurs, tels que l’ARN polymérase 2 de l’hôte (ARN-Pol2) nécessaire à sa réplication, l’adénosine désaminase humaine agissant sur l’ARN double brin (ADAR-1) générant en particulier une mutation en position 1012 du génome, la pression de sélection du système immun de l’hôte et d’éventuels évènements de recombinaison même s’ils ont été très peu décrits. Le génome du VHD se caractérise donc par une grande variabilité génétique pouvant atteindre 40% de sa séquence complète. Sur la base de la divergence de séquence nucléotidique établie par des analyses phylogénétiques, nous avons précédemment proposé la classification du genre VHD en 8 génotypes principaux (1 à 8) incluant plusieurs sous génotypes. Très récemment, plusieurs génomes pseudo-analogues du VHD humain ont été identifiés chez d’autres espèces (serpents ; amphibiens ; oiseaux) avec une similarité de séquence inférieure à 50% en comparaison avec le génome du VHD humain, relançant ainsi le débat sur l’origine du VHD et de ses génotypes. Quelques études menées ces dernières années ont essayé de dater l’histoire de la propagation et de l’évolution génétique du VHD en se restreignant uniquement au génotype 3, localisé dans le bassin amazonien. La date et l’origine géographique de la souche commune aux 8 génotypes et sous génotypes est donc toujours inconnue. Des travaux très préliminaires d’analyses phylogénétiques et d’horloge moléculaire associant 3 équipes (CHU Avicenne, CHU Mondor/Unité INSERM U955 et London School of Hygiene & Tropical Medicine) ont montré, à partir d’une base de données de 153 génomes complets datés, que le VHD pourrait avoir une origine très ancienne mais une diversification des génotypes beaucoup plus récente. Cependant les incertitudes de calculs liées à la complexité du génome delta et à sa variabilité ainsi qu’au manque de séquence pour certains génotypes nécessitent des travaux complémentaires bio-informatiques complexes et de séquençage de nouvelles souches. Ce projet a donc pour objectif de caractériser par séquençage NGS, le génome complet de 200 nouvelles souches de différents génotypes VHD à partir de la collection du CNR associé delta. Les génomes complets obtenus seront ajoutés à la banque de données actuelle en vue de conduire une série d’analyses phylogénétiques, phylogéographique et de datation moléculaire. La phylogénie des séquences virales sera reconstruite en vue d’inférer et de comprendre les grandes étapes de l’histoire évolutive du VHD, dans son ensemble et par génotype, utilisant des approches de maximum de vraisemblance ou d’inférence Bayesienne, bien établies dans le champs de la recherche en évolution moléculaire. Des outils statistiques permettant de détecter les recombinaisons génomiques et l’adaptation moléculaire seront aussi employés en vue de caractériser plus en détail la diversité génétique du virus. Le taux d’évolution du VHD, la datation de son origine ainsi que des grands évènements de diversification qu’il a subi au cours du temps seront estimés par datation moléculaire par inférence Bayesienne. Des analyses phylogéographiques permettrons de déterminer l’histoire migratoire du virus au cours du temps, depuis son origine jusqu’au présent.

La tuberculose (TB) causée par Mycobacterium tuberculosis (Mtb) est un enjeu mondial de santé publique, dont l’importance sera accentuée par la crise sanitaire de la COVID-19. Des stratégies innovantes sont nécessaires pour améliorer l’efficacité des traitements antituberculeux actuels. Le décryptage de la réponse immunitaire anti-Mtb pourrait guider des approches dirigées vers l’hôte (HDT), afin de renforcer les traitements antibiotiques dont nous disposons. Les lymphocytes T spécifiques de Mtb sont essentiels pour la guérison des patients tuberculeux. Dans ce projet nous proposons une approche translationnelle pour caractériser le répertoire des récepteurs, les fonctionnalités et les spécificités antigéniques précises des lymphocytes T spécifiques de Mtb chez les patients traités pour la TB. Ce projet d’intitiation vise à mettre au point un flux de travail innovant basé sur l’utilisation des techniques de séquençage sur cellules uniques. Pour ce faire, les lymphocytes circulants spécifiques de Mtb seront sélectionnés de manière exhaustive et non-biaisée avec un large panel de peptides Mtb couplés aux molécules du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH), multimérisées et marquées avec des code-barres oligonucléotidiques. Chaque panel sera personnalisé en fonction des allèles du CMH du patient (au cours de ce projet l’allèle  fréquente A2 sera exploré) et de l’isolat clinique de Mtb correspondant. Par cette approche de médecine personnalisée de la TB nous allons promouvoir la détection d’antigènes rares de Mtb et de lymphocytes T spécifiques de Mtb rares, mais pertinents pour la réponse immunitaire protectrice contre la TB et pour des futurs vaccins.

Une fois mis au point et validé, ce flux sera appliqué afin d’explorer une plus large cohorte de patients. L’accomplissement d’une telle étude permettra de caractérises des lymphocytes T protectrices anti-Mtb et de nouveaux peptides immunogènes de Mtb, offrant ainsi de nouvelles perspectives de développement de HDT dans la tuberculose.

Le projet PROMET-PRIMO vise à caractériser les altérations métaboliques et immunitaires associées au vieillissement accéléré chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) ayant initié un traitement antirétroviral (ARV) lors de la primo-infection. Ses objectifs principaux sont :

• Identifier les signatures protéomiques plasmatiques associées à la restauration immunitaire, l'inflammation chronique et les troubles métaboliques précoces.
• Évaluer l’impact du schéma thérapeutique (BIC/TAF/FTC vs. DTG+TDF/FTC) et du sexe sur ces profils biologiques.
• Intégrer la quantification de l’ADN du Torque Teno Virus (TTV) et le statut sérologique CMV comme marqueurs dynamiques de l’activation immunitaire chronique.
• Corréler ces profils moléculaires aux issues cliniques (prise de poids, obésité, syndrome métabolique).
• Appliquer des méthodes d’inférence causale pour explorer les interactions entre traitement, profil protéogénomique et comorbidités à long terme.

Contexte
Les comorbidités non-SIDA (maladies cardiovasculaires, syndrome métabolique) sont devenues un enjeu majeur de santé publique. Ces complications résultent probablement d’une interaction complexe entre la toxicité des ARV, l’inflammation persistante, les co-infections virales chroniques (ex. : CMV) et la susceptibilité génétique individuelle. Malgré la suppression virale, des signes de sénescence immunitaire persistent chez de nombreux patients. Les marqueurs cliniques classiques ne permettent pas de prédire les complications à long terme. La protéomique à haut débit a révélé que les profils protéiques circulants peuvent refléter ces processus biologiques sous-jacents. Cependant, aucune étude n’a à ce jour examiné longitudinalement les trajectoires protéomiques depuis la primo-infection, ni intégré données protéomiques, virologiques, cellulaires et génétiques dans ce contexte.

Méthodes
Le projet s’appuie sur un sous-échantillon de la cohorte ANRS-MIE PRIMO (280 participants diagnostiqués lors de la primo-infection VIH, traités par BIC/TAF/FTC ou DTG+TDF/FTC). Les échantillons biologiques (plasma, PBMCs) sont déjà stockés à M0, M12 et M24, avec autorisation de réutilisation pour la recherche.

Le protocole inclut :

• Protéomique plasmatique (>5 000 protéines),
• ADN du TTV par qPCR à 3 temps,
• Statut CMV à partir de sérums stockés,
• Phénotypage cellulaire (activation/sénescence des LT),
• Analyses protéogénomiques avec données GWAS (cis/trans-pQTL),
• Phénotypes cliniques (sexe, prise de poids >2 kg ou >5 kg, IMC, obésité, syndrome métabolique).

Analyse

• Approche exploratoire : clustering non supervisé, modèles de classes latentes.
• Comparaisons guidées par hypothèses (traitement, sexe, phénotype).
• Inférence causale (modélisation structurelle, TMLE) pour estimer si les profils biologiques médiatisent les comorbidités chroniques.

Échéancier

• Année 1 : autorisations, sélection des participants, extraction et nettoyage des données cliniques et biologiques, QC des échantillons, dosage CMV/TTV, lancement des analyses protéomiques et génétiques.
• Année 2 : fin des analyses protéomiques, phénotypage cellulaire, analyses statistiques et bio-informatiques.
• Année 3 : modélisation longitudinale et causale, analyses stratifiées (sexe, CMV), valorisation et rédaction.

Résultats attendus
Nous anticipons l’identification de profils protéomiques et virologiques reflétant la restauration immunitaire, l’inflammation et les dysfonctionnements métaboliques précoces. Les taux d’ADN TTV refléteront probablement la fragilité immunitaire. Le statut CMV pourrait moduler les voies inflammatoires et de sénescence. L’intégration de ces données multi-omiques avec les données cliniques visera à définir des biomarqueurs prédictifs des complications métaboliques. Ce projet s’appuie sur une cohorte unique et des échantillons biobanqués, garantissant sa faisabilité et sa pertinence. Il contribuera à la compréhension des comorbidités liées au VIH et au développement de stratégies personnalisées de prévention.

Les anticorps neutralisants à large spectre (bNAbs) se développent chez des patients infectés par le VIH-1 (VIH) suivant un processus de co-évolution avec le virus se diversifiant. La génération des bNAbs par les cellules B nécessite plusieurs cycles de maturation d’affinité du récepteur des cellules B (BcR). Les cellules T CD4+ folliculaire (Tfh) contrôlent cette maturation du BcR. Les interactions entre les cellules B et les Tfh reposent sur la reconnaissance par les lymphocytes T de peptides présentés par les molécules du CMH-II exprimées par les lymphocytes B. Ainsi, la présentation de l’antigène par les cellules B est nécessaire pour qu’elles reçoivent de l’aide des Tfh spécifiques de l’antigène, et ainsi pour générer des bNAbs.

Nous proposons de caractériser les étapes limitantes de la présentation de l’antigène restreint par le CMH-II par les cellules B: de la capture de l’antigène par le BcR à l’activation des lymphocytes T. Nous étudierons l’impact de la spécificité et de l’affinité du BcR sur (i) la cinétique d’internalisation du virus entier et de Env, (ii) les voies de dégradation et la nature des compartiments de chargement des CMH-II et (iii) la qualité de l’activation des cellules T CD4 + spécifiques du VIH.

Pour cela, nous établirons deux modèles innovants pour étudier la présentation des antigènes par les lymphocytes B spécifiques du VIH aux cellules T CD4 + anti-VIH. Premièrement, nous créerons un panel de lignées de cellules B exprimant de manière stable des bNAbs recombinants ancrés à la membrane. Nous avons choisi des bNAbs ayant différentes spécificités et affinités pour Env. Afin de comprendre l’influence de la présentation de l’antigène par le BcR sur la sélection des cellules B par les cellules T, nous clonerons également sous forme de BcR des immunoglobulines de la lignée germinale. Deuxièmement, pour étendre les données obtenues avec des BcR recombinants, nous générerons une bibliothèque de clones de cellules B primaires spécifiques de Env. Ces cellules B spécifiques de Env seront triées à partir du sang de contrôleurs élites (ECs, de la cohorte Codex) et la spécificité et l’affinité de leurs BcR caractérisées. Sur la base de nos travaux antérieurs, nous sélectionnerons des ECs avec une fréquence élevée de cellules B mémoires spécifiques de Env et présentant un large potentiel de neutralisation croisée.

Plus spécifiquement, nous comparerons les cellules B exprimant des BcR ayant différentes affinités (y compris les BcR de la lignée germinale) dans leur capacité à activer des clones de lymphocytes T CD4 + spécifiques de Env et de Gag. Nous analyserons la capacité des BcRs reconnaissant différents domaines de Env à présenter des épitopes distincts aux clones T CD4 + spécifiques de Env. Nous étudierons si, en fonction de l’affinité et / ou de la spécificité, un seul BcR peut favoriser la présentation d’un épitope restreint au CMH-II tout en supprimant la présentation d’autres. Nous utiliserons des virus pseudotypés avec Env d’isolats primaires. En utilisant l’imagerie, la cytométrie de flux et des inhibiteurs spécifiques, nous définirons les mécanismes sous-jacents, notamment l’influence de l’affinité et / ou de la spécificité du BcR sur l’acheminement du complexe BcR-antigène dans différents compartiments de chargement (les endosomes précoces, tardifs ou autophagosomes). En fonction des compartiments de chargement de l’antigène, un répertoire différent d’épitope du CMH-II est probablement généré, avec un impact sur l’activation des cellules T.

Ces résultats permettront de concevoir de nouveaux immunogènes afin d’améliorer les interactions des cellules B et T, de soutenir l’aide des cellules T et in fine d’accélérer la génération de bNAbs. Les banques de clones de cellules B spécifiques au VIH offriront également la possibilité de sélectionner des vaccins candidats capables de fixer des BcR spécifiques du VIH et d’activer des réponses T auxiliaires CD4 + appropriées, fournissant de puissants moyens d’information pour concevoir des vaccins induisant des anticorps.

La transplantation rénale (TR) est le traitement de référence de la maladie rénale chronique terminale. En 2022, un traitement immunosuppresseur reste nécessaire pour la survie du griffon à long terme. The traitement se traduit par une moindre réponse vaccinale. L’exemple récent du SARS-CoV-2 a montré des différences de réponse vaccinale en fonction du traitement immunosuppresseur, lorsqu’on compare par exemple le tacrolimus et le belatacept.

La vaccination contre le virus de l’hépatite B (VHB) est recommandé dans l’insuffisance rénale chronique. Toutefois, post-transplantation, une perte de séroprotection est constatée chez ~30 % des patients. Un rappel vaccinal VHB est recommandé dans un tel cas, mais l’évaluation de la réponse à ce rappel vaccinal est limitée.

Dans l’étude Viral Immunity in TrAnsplanted patients depending on iMmunosuppressIoN (VITAMIN), nous investiguerons l’effet sur le système immunitaire d’un rappel vaccinal anti-VHB, en comparant les patients transplantés rénaux traités par belatacept et ceux traités par tacrolimus. L’étude VITAMIN est une étude prospective observationnelle qui recrutera des patients transplantés rénaux à partir d’un rappel de vaccination anti-VHB, sur une période de 6 mois. L’idée est de bénéficier de cet événement immunisant très particulier qu’est la vaccination, réalisé à un moment bien identifié, pour investiguer la réponse immunologique au VHB, chez des patients transplantés rénaux sous immunosuppression.

L’état immunologique sera décrit au travers de 1/ la mesure des anticorps anti-HBs, 2/ son phénotype (en explorant par cytométrie en flux à la fois le compartiment T et le compartiment B, notamment les cellules B mémoires) et 3/ la réponse fonctionnelle (au travers d’une évaluation ELISpot de la réponse T contre l’antigène HBs du VHB). Des prélèvements sanguins successifs seront réalisés, pour obtenir des cellules blanches mononucléées périphériques (PBMC). Nous évaluerons en particulier les cellules B mémoires spécifiques du VHB (antigène HBs) pour détecter de potentielles cellules productrices d’anticorps.

Ce projet fournira une description longitudinale de tous les compartiments immunologiques stimulés par la vaccination. Cette analyse longitudinale sera comparée entre les patients traités par tacrolimus et les patients traités par belatacept.

L’objectif principal de l’étude est de comparer la réponse sérologique (anticorps anti-HBs) entre les patients traités par tacrolimus et les patients traités par belatacept. L’objectif secondaire est de décrire et de comparer les phénotypes et les réponses fonctionnelles T et B entre les patients traités par tacrolimus et ceux traités par belatacept.

En comparant différents régimes d’immunosuppression au travers des réponses immunologiques, l’objectif est d’améliorer la personnalisation du traitement immunosuppresseur.

Ce projet consiste à étudier les caractéristiques épidémiologiques, radiologiques et histologiques du carcinome hépatocellulaire ou cholangiocarcinome (CHC/CC) au moment du diagnostic, chez des patients, d’une part, atteints de cirrhose virale C, ayant une réponse virologique soutenue après traitement antiviral C et d’autre part, chez des patients atteints de cirrhose virale B et contrôlés pour la réplication du VHB par des analogues nucléot(s)idiques. D’autres objectifs tels que les modalités thérapeutiques mises en place, la survie de ces patients, et les facteurs pronostiques seront étudiés. En effet, il existe actuellement très peu de données décrivant les caractéristiques des patients atteints de CHC, guéris du VHC ou contrôlés pour le VHB. Nous savons, en particulier à partir des données de la cohorte ANRS C012 CirVir qui a inclus entre 2006 et 2012, 1671 patients ayant une cirrhose virale B ou C compensée prouvée histologiquement (dont 1323 VHC+, 317 VHB+, 31 co-infectés VHB/VHC) actuellement suivis prospectivement, que l’incidence annuelle du CHC chez les patients ayant obtenu une RVS est de 0,6%. L’existence d’un syndrome métabolique semble particulièrement influencer le risque de survenue de CHC chez les patients infectés par le VHC et ayant obtenu une RVS. L’incidence annuelle de survenue de CHC chez les patients contrôlés pour le VHB est d’environ 1,3%. L’inclusion sera proposée aux patients chez qui le diagnostic CHC aura été porté au cours du suivi dans la cohorte HEPATHER et dans la cohorte CirVir  selon les critères EASL-AASLD ou histologiques et validés en réunion de concertation pluridisciplinaire spécialisée. Concernant l’effectif des patients étudiés, nous estimons en 2019, à environ 140 le nombre de CHC incidents chez des patients VHC+ ayant obtenu une RVS et à environ 70 le nombre de CHC en 2019 chez des patients VHB+ virologiquement contrôlés issus de la fusion des deux cohortes. Les caractéristiques  épidémiologiques, radiologiques et histologiques des patients atteints de cirrhose virale C et ayant obtenu une RVS (depuis au moins un an) seront comparés aux patients atteints de CHC et virémiques (estimation : n = 250).  Concernant les patients atteints de CHC et contrôlés pour le VHB, le niveau de contrôle (quantification AgHBs, quantification du cccDNA) sera analysé.

Les réponses aux objectifs posés permettront d’analyser d’éventuelles modifications de l’histoire naturelle du CHC/CC dans le cas d’une inhibition prolongée de la réplication virale du VHB ou d’une guérison virologique du VHC. A l’ère où la très grande majorité des patients ayant une cirrhose liée au VHB ou au VHC sont traités efficacement du fait de la puissance des nouveaux antiviraux, ce projet permettra d’envisager non seulement de nouvelles politiques de dépistage, mais aussi de nouvelles modalités de prise en charge des patients atteints de CHC/CC.